| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 936,278 | 1 | . | T | 32.7% | 109.2 / 94.6 | 55 | intergenic (‑12/+22) | ECDH1_RS04620/ECDH1_RS04625 | tRNA‑Met/tRNA‑Met |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (34/3); new base T (16/2); total (50/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.75e-03 | |||||||||||
TTTTACTTCATCAAATTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCTTTTTTT > DH1/936169‑936426 | ttttACTTCATCAAATTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCAGGAGTCG‑CTT‑ACTTCACCAAAGTATATTTGGTTGCcgggtggtgata > 3:632757/1‑142 (MQ=14) ggATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACACTAATCC‑ATT‑ACTTCAACAAAAATTAATTCCTTGAGGCGGCCGGATAAGACCCGACCACCTTAGGCTTAAGAGacctaac > 8:282292/1‑144 (MQ=2) cgacgaCCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTAGTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGAGGGGGCCGGATTTGAACCGCCGCGCTTAGGGTTATGAGGCCGACGAGCTACCAGgctg > 1:858426/1‑151 (MQ=14) ggTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCcg > 7:731011/1‑149 (MQ=40) acgaGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCCGTAGTGC‑GTG‑ACTTCATCAAATTTTAATTCCTTGCGGGGGCCGGATTTGACCCGCCGCCCTTCGGGTTATGAGCCCGCCGAGCTACCACGCTGCTCCCCCCCGCGTCCGTGG‑ATgctc > 1:76574/1‑149 (MQ=14) gaGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCCGTACTGC‑TTG‑TCTTCATCAAATTTTATTTGCTTGCGGGGGCGGGATTTGACCCGACGCCCTTCGGGTTATGAGTCCGCCGAGCGACCAGGCTCATGCACAGAGCGTCCGAGG‑ATGCTCAc > 7:1064806/1‑151 (MQ=14) ccAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCGGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACt > 8:1144498/1‑151 (MQ=255) atgctgctCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTcc > 5:361519/3‑151 (MQ=255) aGGCTGCTCCACCCCGCGTCACGGTAGTGC‑TAT‑AATTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCGGGATTTGAACCGCCGCCATTAGGGTTATTAGCCCGAAGAGCTACCAGGCTGCTCCAAACAGAGTCCGGGG‑ATGCGCACTATACTcc > 5:1104338/1‑151 (MQ=17) aGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAAGTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCGACCACGCTGCTCCACACCGCGTCCGTGG‑ATGAGCACTATACTcc > 7:314290/1‑151 (MQ=255) aGGCTGCTCCACCCCGCGTCACAGTAATGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCAGGATTTGAACCGAAGACCTTCGGGTTATGAGACCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACACCGCGTCCGTGG‑ATGATCACTATACTcc > 8:851400/1‑151 (MQ=17) gctgctCCACCCCGCGTCAGCGGAGTCC‑GTA‑AATTCAGCAAAATATAATTGGTTGCGGGGGCATTATTAGACCCGACGACCTTCGGCATATGAGACCGACGAACTACCAGGCTGCTCCACCCCGAGTCAGAGG‑AAGCTCACTATACTCCgg > 4:827458/1‑150 (MQ=9) cctggtgctcgtcgctTCTCCGTACTGC‑TTT‑TCCTGATTAAATTTTCATTGGGTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGc < 3:132370/139‑1 (MQ=17) ctgctCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑GTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTAGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGACCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGGACTATACTCCGcg > 2:312030/1‑150 (MQ=255) tgctCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGGGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTc > 5:1256571/1‑151 (MQ=255) gctCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTATTTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACACCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTcg > 3:136731/1‑151 (MQ=255) ccACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGt > 2:30809/1‑151 (MQ=255) aCCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGttt > 4:1121076/1‑151 (MQ=255) cctcccgatatcGTACTGC‑TTTAACTTAAT‑AAAATTTCATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGtttt < 2:276177/140‑1 (MQ=17) gcttcggatctgTACTGCTTTT‑ACTTCAT‑AAAATTTCATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTc < 6:844798/140‑1 (MQ=14) cccGCGTCACCGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCGGG‑AAGCCCACAATACAccccacgatatttc > 1:932124/1‑139 (MQ=11) cccGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTc > 4:6922/1‑151 (MQ=255) cccGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTc > 7:209642/1‑151 (MQ=255) ccGCGTCACCGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCCCACTATACACCGCTCGCGTTTTcg > 3:53362/1‑150 (MQ=14) ccGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTc > 7:961623/1‑150 (MQ=255) cgcgTCACCGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGGGG‑ATGCGCACTATTCTCCGCTcggtatttgat > 2:890606/1‑142 (MQ=11) gcgTCACCGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGGGG‑ATGCGCTATATACTACGATCTCGTTTTcctt > 5:1085089/1‑148 (MQ=11) gcgTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATg > 6:900644/1‑151 (MQ=255) cgTCACCGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGGGCACTATACTCCTCTCGCGTTTTCATGc > 3:913724/1‑151 (MQ=14) cgTCACCGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCCAACTATACTCCGATCGGGTATTCAttc > 1:743749/1‑149 (MQ=11) cgTCACCGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGGGG‑AAGGGGTATATACTGCCCTCGCGTTTTccttg > 1:414890/1‑147 (MQ=11) cgTCACCGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGAGG‑ATTCCCACTATACTACCCTCGCGATTTCATGc > 2:113739/1‑151 (MQ=11) cgTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGc > 4:1170461/1‑151 (MQ=255) tCACCGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACAAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGAGG‑ATTCGAAGTATACTACGCTCTAGTTttcattcac > 8:550309/1‑150 (MQ=1) tCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCa > 4:943696/1‑150 (MQ=255) tCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCa > 6:793376/1‑150 (MQ=255) aCCGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGAGG‑ATGCGCAGTATACACCGCTCGGGTTTTCATGCAAcc > 4:528518/1‑151 (MQ=14) aCCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAAcc > 1:205139/1‑151 (MQ=255) ccGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCCCTCTATACAGCTAACGCGTTTTCTTGGACCCt > 7:1256157/1‑151 (MQ=11) ccGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCAGG‑ATGCGAAATATACTCCACAAGGTTTTTCATTCAACCt > 6:548227/1‑151 (MQ=11) ccGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGCCGACCTTCGGGTTATGCGCCCGACGAGCTCCCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGGTTTCATGCacgct > 8:1157292/1‑147 (MQ=255) ccGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCt > 3:1039368/1‑151 (MQ=255) ccGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCt > 2:58726/1‑151 (MQ=255) cGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGGGGAATGC‑CACTATAcaacacactcttatt > 1:276701/1‑126 (MQ=11) cGTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGAGG‑ATTCGCAGAATACAGCGCACTATTATTCATGCCACCtt > 8:56454/1‑151 (MQ=11) cGTACTGCTTTT‑ACTTC‑TTAAATTTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCTCTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtt < 4:728022/151‑1 (MQ=17) cGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtt > 1:799085/1‑151 (MQ=255) cGTAATGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTACACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCGGTATACAGCGCTATAGTTTTCATGCCCCCtt > 3:729423/1‑151 (MQ=11) gTACTGCTTTT‑ACTTCATCAAA‑TTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATTCGCACTATACTCCGCACGCTTTTTc > 5:846189/1‑140 (MQ=11) cTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttt > 2:1168781/1‑151 (MQ=255) cTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCtttttt > 2:2478/1‑151 (MQ=255) tGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttttttt > 2:1052612/1‑151 (MQ=255) tGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttttttt > 7:630632/1‑151 (MQ=255) tGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttttttt > 2:84719/1‑151 (MQ=255) ggC‑TTT‑ACGTTATTAAAATTTTATTGGGTGCGGGGGGCGGATTTGATGCGACGACCTTCGGGTTATGACCCCGACGAGCTACCAGACTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCttttttt < 7:32255/150‑1 (MQ=255) | TTTTACTTCATCAAATTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCTTTTTTT > DH1/936169‑936426 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |