| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (42/2); new base . (28/0); total (74/5) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.18e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.05e-01 | |||||||||||
TTTTACTTCATCAAATTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGCTCGCGTTTTCATGCAACCTTTTTTTTACCCCGATCACGGATT > DH1/936169‑936443 | ttttACTTCATCAAATTTGATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCCAGGAGTCG‑CTT‑ACTTCACCAAAGTATATTTGGTTGCcgggtggtgata > 3:632757/1‑142 (MQ=14) ggATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACACTAATCC‑ATT‑ACTTCAACAAAAATTAATTCCTTGAGGCGGCCGGATAAGACCCGACCACCTTAGGCTTAAGAGacctaac > 8:282292/1‑144 (MQ=2) cgacgaCCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTAGTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGAGGGGGCCGGATTTGAACCGCCGCGCTTAGGGTTATGAGGCCGACGAGCTACCAGgctg > 1:858426/1‑151 (MQ=14) ggTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCcg > 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aGGCTGCTCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑TTT‑ACTTCATCAAAGTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCGACCACGCTGCTCCACACCGCGTCCGTGG‑ATGAGCACTATACTcc > 7:314290/1‑151 (MQ=255) aGGCTGCTCCACCCCGCGTCACAGTAATGC‑TTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCAGGATTTGAACCGAAGACCTTCGGGTTATGAGACCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACACCGCGTCCGTGG‑ATGATCACTATACTcc > 8:851400/1‑151 (MQ=17) gctgctCCACCCCGCGTCAGCGGAGTCC‑GTA‑AATTCAGCAAAATATAATTGGTTGCGGGGGCATTATTAGACCCGACGACCTTCGGCATATGAGACCGACGAACTACCAGGCTGCTCCACCCCGAGTCAGAGG‑AAGCTCACTATACTCCgg > 4:827458/1‑150 (MQ=9) cctggtgctcgtcgctTCTCCGTACTGC‑TTT‑TCCTGATTAAATTTTCATTGGGTGCGGGGGCCGGATTTGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGCCCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGCACTATACTCCGc < 3:132370/139‑1 (MQ=17) ctgctCCACCCCGCGTCACCGTACTGC‑GTT‑ACTTCATCAAATTTTAATTGGTTGCGGGGGCCGGATTAGAACCGACGACCTTCGGGTTATGAGACCGACGAGCTACCAGGCTGCTCCACCCCGCGTCCGTGG‑ATGCGGACTATACTCCGcg > 2:312030/1‑150 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |