| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | DH1 | 299568 = | NA (NA) | 245 (0.500) | 164/300 | 3.6 | 46.0% | noncoding (5/773 nt) | repeat_region | repeat region |
| ? | DH1 | 1971075 = | 288 (0.590) | coding (33/210 nt) | cspC | cold‑shock protein CspC | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 538 total aligned reads displayed.
GCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATT > DH1/299418‑299715 | cATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCgg > 6:1405649/1‑151 (MQ=255) ggTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTaa < 6:1612996/151‑1 (MQ=255) ggTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTC‑‑AAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATg > 7:945571/1‑151 (MQ=255) 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tttGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTa < 2:589048/150‑1 (MQ=255) gTTTACTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACAGAATATATTTTCTGTGACAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTg > 3:1197446/1‑150 (MQ=255) tCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGAt > 7:286801/1‑149 (MQ=255) cTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtg > 7:1131767/1‑151 (MQ=255) tttGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAgtgt < 2:1666761/150‑1 (MQ=255) tattatGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGt > 3:151567/1‑151 (MQ=255) tatGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTAAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTc > 5:1583383/1‑150 (MQ=255) atGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAg < 5:1796992/151‑1 (MQ=255) tGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTc > 5:847635/1‑148 (MQ=255) taacaacTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGGCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGa < 7:693625/149‑1 (MQ=255) 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aGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGtt < 8:425460/151‑1 (MQ=38) gTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTa < 2:187763/151‑1 (MQ=37) gTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTa < 3:1843981/151‑1 (MQ=37) tACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTAt < 1:1326697/150‑1 (MQ=35) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGc < 4:630783/150‑1 (MQ=33) ttAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCt > 2:262428/1‑151 (MQ=33) tAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTc > 4:1851929/1‑151 (MQ=33) aaTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTc > 6:1327628/1‑150 (MQ=32) aTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCaa < 2:1785900/151‑1 (MQ=31) aTGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCa > 2:1557093/1‑150 (MQ=31) gTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAAtt < 3:301481/151‑1 (MQ=11) gTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAAtt < 8:868684/151‑1 (MQ=11) | GCATGGTTTACAATGATTTTTGTTTCCTTTTGATTATTATGAACAACTGTCCATGATTTCGTTTAAGAATGAAGAGAAATCACTAAACGAACTGAATATATTTTCTGTGCCAATATTATCTCTAATTTCAAAAAAGTTACTTTTAATGTCGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATT > DH1/299418‑299715 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |