Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | DH1 | 4,078,681 | 0 | A | G | 59.5% | 323.1 / inf | 497 | pseudogene (1442/1959 nt) | cpdB | 2', 3'‑cyclic nucleotide 2'‑phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (112/88); new base G (159/135); total (271/226) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.13e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.93e-03 |
Only 100 of 500 total aligned reads displayed.
CGTAATGCCGCCGATCTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGATTAAGAACCTGACCTTTAATGGCAAGCCGA > DH1/4078533‑4078830 | aTGCCGCCGATCTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATgg > 7:1678198/1‑151 (MQ=255) aTGCCGCCGATCTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATgg > 3:1510436/1‑151 (MQ=255) gccgccGATCTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGtt > 2:2112660/1‑151 (MQ=255) ccgccgATCTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGttt < 4:364742/151‑1 (MQ=255) gccgATCTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTcc < 5:1078447/151‑1 (MQ=255) gATCTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGc > 7:2222765/1‑150 (MQ=255) gATCTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTGTCCGc > 6:660265/1‑150 (MQ=255) aTCTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCAc > 8:1341184/1‑151 (MQ=255) cTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACtt > 4:1034678/1‑151 (MQ=255) cTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACtt > 5:1498195/1‑151 (MQ=255) cTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCACCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGCAAGGTTTCCGCACtt > 2:1009606/1‑151 (MQ=255) ttATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACtt < 8:413327/149‑1 (MQ=255) ttATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTtat > 8:1573504/1‑151 (MQ=255) tATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTtat > 2:638935/1‑150 (MQ=255) tATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTtat > 5:1820326/1‑150 (MQ=255) aTCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTtata > 7:103737/1‑150 (MQ=255) tcactATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAAc > 1:724257/4‑151 (MQ=255) tctATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACtt > 5:667384/1‑151 (MQ=255) tctATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACtt > 1:1791010/1‑151 (MQ=255) ctATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTTATAAc < 4:909546/148‑1 (MQ=255) aTCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTg > 1:818385/1‑150 (MQ=255) cccAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGAt < 3:554690/150‑1 (MQ=255) cAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGtt > 6:1374458/1‑151 (MQ=255) aTACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTAt > 5:92148/1‑151 (MQ=255) aCGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTAtt < 6:1217743/150‑1 (MQ=255) gCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATACCTTTGAGGTTTTTg > 6:410689/1‑149 (MQ=255) gCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGAt > 2:1798210/1‑151 (MQ=255) tGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATgg > 2:563268/1‑151 (MQ=255) gATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGgt > 3:1326427/1‑151 (MQ=255) ggtgAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCTGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAAt < 1:1511674/151‑1 (MQ=255) ggtgAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAAt < 2:236513/151‑1 (MQ=255) ggAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTa < 7:823867/150‑1 (MQ=255) gAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTa < 8:1892847/150‑1 (MQ=255) aaGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAAGCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGTTGTTATTGATGGTGTGAATTATCa < 5:292037/151‑1 (MQ=255) gCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTTGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGa < 8:781135/151‑1 (MQ=255) ccAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATc > 4:2021097/1‑147 (MQ=255) ccAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGAt < 3:1842400/151‑1 (MQ=255) cAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAATCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGAtt > 7:2022676/1‑151 (MQ=255) 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gagGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTACGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTAcc > 7:431349/1‑150 (MQ=255) gTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAgc > 5:2122894/1‑151 (MQ=255) aaaGAGTGGCTGGAGTGCGCCGCGGGACAGTTTAACCAGATGGAGCCCCACAGCACGCAACCACAGTCACGCATCAACTAGGATGGTGTCCGCACTTAGAACGTTGAGGTTAGTGAGGGTGTGAATTATCAGATTGAGGGTACCCCgcccc > 5:1267886/1‑150 (MQ=255) cagTGCCTGGACTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAgtccgccc < 4:84195/150‑1 (MQ=255) gCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTAt < 8:1132506/151‑1 (MQ=255) cTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATg > 2:1846330/1‑151 (MQ=255) ggcgtggtgcgcgGGACAGTTTTACCCGATTGGTCCCAACCGCACGCAACCCCAGTGACGGCTGAACGAGGATGGTTTGCGCCCTTTTAACGTTTAAGTTATTGAAGGTGTGAATTTTGAGCTTGATGTTACCCAGCCCGCCCGGTAttcc > 2:1460246/10‑148 (MQ=255) gAGTGCTCCGCTGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACACTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACg < 3:2168997/151‑1 (MQ=255) gTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCCCTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGc > 3:125114/1‑151 (MQ=255) gCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGa < 4:1326419/151‑1 (MQ=255) 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cAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAgg < 2:1063610/151‑1 (MQ=255) aCAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGAt > 3:1089415/1‑151 (MQ=255) cAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGAtt < 4:624192/151‑1 (MQ=255) gCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGATTaa < 3:269143/151‑1 (MQ=255) cACGAAACCACATTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCATATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCATATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGATTAAg < 7:1454083/151‑1 (MQ=255) 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caGTCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGATTAAGAACCTGACCt < 7:554138/151‑1 (MQ=255) aGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGATTAAGAACCTGACCtt < 1:260679/151‑1 (MQ=255) tCACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGATTAAGAACCTGACCttt > 8:1271034/1‑150 (MQ=255) cACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGATTAAGAACCTGACCTTTaa < 7:1251354/151‑1 (MQ=255) cACTCATCAACTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGATTAAGAACCTGACCTTTa < 7:1342222/150‑1 (MQ=255) 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atcaACTAGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGAATGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGATTAAGAACCTGACCTTTAATGGc > 4:1240526/1‑150 (MQ=255) aaCTGGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGATTAAGAACCTGACCTTTAATGGCAAGc < 1:1069380/151‑1 (MQ=255) | CGTAATGCCGCCGATCTTTATCTCTATCCCAATACGCTGATTGTGGTGAAAGCCAGCGGTAAAGAGGTGAAAGAGTGGCTGGAGTGCTCCGCGGGACAGTTTAACCAGATTGATCCCAACAGCACGAAACCACAGTCACTCATCAACTAGGATGGTTTCCGCACTTATAACTTTGATGTTATTGATGGTGTGAATTATCAGATTGATGTTACCCAGCCCGCCCGTTATGACGGCGAGTGCCAGATGATTAATGCCAATGCGGAAAGGATTAAGAACCTGACCTTTAATGGCAAGCCGA > DH1/4078533‑4078830 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |