| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | ? | DH1 | = 3970042 | 336 (0.670) | 335 (0.710) | 190/282 | 0.5 | 51.6% | intergenic (‑128/‑86) | fimA/ECDH1_RS19620 | type‑1 fimbrial protein, A chain/hypothetical protein |
| ? | DH1 | = 3970338 | 313 (0.660) | intergenic (+22/+58) | ECDH1_RS19620/fimE | hypothetical protein/tyrosine recombinase | |||||
Only 100 of 675 total aligned reads displayed.
AGAAACGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGCAC > DH1/3970188‑3970488 | gAAACGTTATCTTTACATTTAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTt > 2:980375‑M2/1‑150 (MQ=255) gAAACGTTAGCTTTACATATAGCGGATGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTt > 2:1478659‑M2/1‑150 (MQ=255) aaaCGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTtg > 8:170919‑M2/1‑149 (MQ=255) tAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTtggcccc > 5:51741‑M2/1‑143 (MQ=255) ttACATATTGCTGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAAtt < 8:1488039/149‑1 (MQ=255) ttACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTtggccccaaatg > 8:210351‑M2/1‑138 (MQ=255) cATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTtggccccaaatgttt < 7:1300299‑M2/150‑16 (MQ=255) cATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCACCAATTGTCtt > 4:485425/1‑151 (MQ=255) tataGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTtggccccaaatgtttcat < 2:1198205‑M2/151‑19 (MQ=255) ataGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGta < 1:994881/151‑1 (MQ=255) aGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTtggccccaaatgtttcatct > 8:567486‑M2/1‑130 (MQ=255) gCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAACCAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTtggccccaaatgtttcatcttt > 1:1639247‑M2/1‑129 (MQ=255) cGGATGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAATCAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGtattta < 6:1053438/151‑1 (MQ=255) 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gTTtggccccaaatgtttcatcttttgggggaaaactgtgcagtgttggcagtcaaactcgtttacaaaacaaagtgtacagaacgactgcccatgtcgatttagaaatagttttttgaaaggaaagcagcatgaaaattaaaactctggc < 3:353084‑M2/151‑149 (MQ=255) gTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGc < 3:1802174/151‑1 (MQ=255) | AGAAACGTTAGCTTTACATATAGCGGAGGTGATGTGAAATTAATTTACAATAGAAATAATTTACATATCAAACAGTTAGATGCTTTTTGTCGTTTTTTAATATTTTTATGCTTGAGAAAAAATACGTAACTTATTTATGATATGGACAGTTTGGCCCCAATTGTCTTGTATTTATTTGTTTTTTTAACTTTATTATCAATAAGTTAAATCAAACCTCTTCTCTTTTTAATTTTTCGTTTATGAGATTATTTCTTTCCCATAATCCGGCAAAACGAGCAGCATTACTGGCGGTATAACGCAC > DH1/3970188‑3970488 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |