Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | DH1 | 3,876,104 | 0 | G | C | 55.3% | 199.0 / inf | 458 | P77R (CCC→CGC) | creC | two‑component sensor histidine kinase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (114/90); new base C (145/107); total (260/198) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.76e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.78e-01 |
Only 100 of 471 total aligned reads displayed.
AACGTTAGCCAGACGTCATTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGGGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGCACGCCCGGTTTAACTTCTTTG > DH1/3875954‑3876253 | gTTAGCCAGACGTCATTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGGGAt < 2:851740/151‑1 (MQ=255) ttAGCCAGACGTCATTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGAtg > 7:1044354/1‑151 (MQ=255) aGCCAGACGTCATTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTTCCCTGAGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGACACAGATATTGGCGCGAAACGGGAGAtgtt > 7:159909/1‑151 (MQ=255) aGCCAGACGTCATTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGAtgtt > 8:1484346/1‑151 (MQ=255) gCCAGACGTCATTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACTGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGGGAtgttg < 6:618732/151‑1 (MQ=255) cAGACGTCATTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGGGATGTTGTa < 1:497731/151‑1 (MQ=255) cAGACGTCATTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTa < 1:143167/151‑1 (MQ=255) aCGTCATTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGc < 4:1189392/150‑1 (MQ=255) gTCATTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGGGATGTTGTAGCTGa < 5:1438792/151‑1 (MQ=255) cATTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGAt < 8:1065411/150‑1 (MQ=255) aTTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGAtt > 7:1414111/1‑150 (MQ=255) ttCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTa > 3:534872/1‑150 (MQ=255) ccAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAAc < 6:228434/151‑1 (MQ=255) ccAGCGCGAATAATCCAGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAAc < 2:1766945/151‑1 (MQ=255) cAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACg > 2:325222/1‑151 (MQ=255) aGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGGGATGTTGTAGCTGATTAAACGc > 1:862933/1‑151 (MQ=255) gcgcGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGATGATTAAACGcc < 7:623630/151‑1 (MQ=255) gcgAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTg > 7:313970/1‑151 (MQ=255) 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taatCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGcc > 3:771702/1‑150 (MQ=255) ccTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTg > 6:1499073/1‑151 (MQ=255) tGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGcc > 5:523404/1‑151 (MQ=255) gTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGcc < 6:732470/150‑1 (MQ=255) ggCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCGTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGtt < 2:412522/151‑1 (MQ=255) cTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTgg > 8:270654/1‑151 (MQ=255) ttATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGGATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGGGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTggg < 4:927410/150‑1 (MQ=255) ttATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGGGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGt > 6:1730615/1‑151 (MQ=255) tATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTCCCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATCCGTTGGGTc > 8:1815816/1‑151 (MQ=255) tATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGAACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTc > 5:749922/1‑151 (MQ=255) 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tGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGAcgcg < 8:934001/150‑1 (MQ=255) tGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACgcgc > 5:990566/1‑151 (MQ=255) cccTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGccc > 5:1985349/1‑150 (MQ=255) ccTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGGGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGATGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGcc > 5:699195/1‑149 (MQ=255) tGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGGGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCt > 2:765184/1‑151 (MQ=255) 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cACCGATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCg > 6:1162410/1‑151 (MQ=255) ccGATATTGGCGCGAAACGGGGGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGcc > 1:1196967/1‑150 (MQ=255) gATATTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGCACg > 1:312990/1‑151 (MQ=255) atatTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGCACGc > 5:1017320/1‑151 (MQ=255) atTGGCGCGAAACGGGGGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGCACGccc > 7:210094/1‑151 (MQ=255) atTGGCGCGAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGCACGccc < 1:1955542/151‑1 (MQ=255) ttGGCGCGAAACGGGGGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGCACGCCCg > 7:508639/1‑151 (MQ=255) gcgcGAAACGGGGGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGCACGCCCGGtt < 1:1328156/151‑1 (MQ=255) cgcgAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGCACGCCCGGttt < 7:1561847/151‑1 (MQ=255) cgcgAAACGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGCACGCCCGGttt > 7:1928652/1‑151 (MQ=255) 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aCGGGCGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGCACGCCCGGTTTAActtc > 7:797255/1‑151 (MQ=255) cGGGGGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGCACGCCCGGTTTAActtct > 7:1646414/1‑151 (MQ=255) | AACGTTAGCCAGACGTCATTCCAGCGCGAATAATCCTGTCCAACGGCTTTATTTGCCGAATCGAACAATACTTTGCCCTGCGCATCGGTCATATAGACATGATATTCATTGCGCACTTTGTTAATGCCACCGATATTGGCGCGAAACGGGGGATGTTGTAGCTGATTAAACGCCTGCGCCAGTTGCCCATGCGTTGGGTCCCCAGAGAGCAAATCGGGACGCGCCAGCTCCGCCAGCAACGTTGCGGTGTCGATCAACGTCCCCTCCGTTGCTCTTCGCACGCCCGGTTTAACTTCTTTG > DH1/3875954‑3876253 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |