| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 1,704,610 | 0 | A | G | 55.0% | 147.9 / inf | 397 | Q277Q (CAA→CAG) | ECDH1_RS08300 | galactitol permease IIC component |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (104/74); new base G (104/114); total (209/188) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.44e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 6.56e-01 | |||||||||||
Only 100 of 410 total aligned reads displayed.
GGGTTTTGTGATGGGGCTGATTATCGGCATCCTCGCGGGTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAAGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTGCTGTTTGTGTGCCGGGTAA > DH1/1704460‑1704759 | ttttGTGATGGGGCTGATTATCGGCATCCTCGCGGGTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGTTTTAACGCCCATCGCTaagcaggcg > 7:1000714/1‑150 (MQ=255) ttGTGATGGGGCTGATTATCGGCATCCTCGCGGGTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTc < 8:1964277/150‑1 (MQ=255) gtgATGGGGCTGATTATCGGCATCCTCGCGGGTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGt > 3:316948/1‑150 (MQ=255) 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ggggCTGATTATCGGCATCCTCGCGGGTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGt > 6:1204721/1‑151 (MQ=255) ggggCTGATTATCGGCATCCTCGCGGGTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAAGCTCGTAGTCGt < 8:430310/151‑1 (MQ=255) gggCTGATTATCGGCATCCTCGCGGGTTACGATGTCAAAGGGGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAAGCTCGTAGTCGtt < 6:1309236/151‑1 (MQ=255) gCTGATTATCGGCATCCTCGCGGGTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAAGCTCGTAGTCGTTTa < 6:1526112/151‑1 (MQ=255) gATTATCGGCATCCTCGCGGGTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTAc < 5:937699/149‑1 (MQ=255) 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cTCGCGGGTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTcggcg > 1:968/1‑151 (MQ=255) cgcgGGTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAAGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGt > 2:1897312/1‑151 (MQ=255) gggTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTACAGCCGAAGTTCGGCGGTc > 4:38649/1‑149 (MQ=255) gTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGa < 8:78796/151‑1 (MQ=255) tACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGt > 5:1539738/1‑151 (MQ=255) 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catcatGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTAGAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTc < 4:316893/151‑1 (MQ=255) atcatGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTc > 1:1065981/1‑150 (MQ=255) atggatggTTTAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCAcc > 1:1780652/1‑150 (MQ=255) atggatggTTTAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCa < 7:929104/151‑1 (MQ=255) atggatggTTTAACGCCCATCGCTAAGCAAGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCa < 8:1582743/151‑1 (MQ=255) 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ttAACGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAAtt < 7:608346/150‑1 (MQ=255) cGCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCTGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTGCTGt < 4:1451101/151‑1 (MQ=255) gCCCATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTGCTGtt < 7:1368614/151‑1 (MQ=255) cccATCGCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCAGATTGGCCTTGATCAGGCGATGATGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTTCTGttt > 3:682436/1‑151 (MQ=255) ccATCGCTAAGCAAGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTGCTGtttt > 2:155812/1‑150 (MQ=255) cATCGCTAAGCAAGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTGCTGTTtgt < 8:600490/151‑1 (MQ=255) gCTAAGCAGGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTGCTGTTTGTGTGc > 7:1145549/1‑151 (MQ=255) agcaagcTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTGCTGTTTGTGTGCCggg < 6:1763850/151‑1 (MQ=255) agcaagcTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTGCTGTTTGTGTGCCggg < 6:674729/151‑1 (MQ=255) gcaagcTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTGCTGTTTGTGTGCCGGGt > 5:193937/1‑151 (MQ=255) aagcTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTGCTGTTTGTGTGCCGGGTaa < 8:1446454/151‑1 (MQ=255) aagcTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTAGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTGCTGTTTGTGTGCCGGGTaa < 6:1101463/151‑1 (MQ=255) | GGGTTTTGTGATGGGGCTGATTATCGGCATCCTCGCGGGTTACGATGTCAAAGGTGTATTGCAGCTGGCGGTAAAAACGGCGGCAGTGATGCTGCTAATGCCACGGGTGATTAAACCCATCATGGATGGTTTAACGCCCATCGCTAAGCAAGCTCGTAGTCGTTTACAGGCGAAGTTCGGCGGTCAGGAGTTCCTGATTGGCCTTGATCCGGCGTTGCTGCTGGGACATACGGCGGTGGTATCGGCAAGCCTGATTTTTATCCCACTCACCATTTTAATTGCTGTTTGTGTGCCGGGTAA > DH1/1704460‑1704759 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |