| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | DH1 | 4,191,976 | 0 | A | G | 53.1% | 111.9 / inf | 581 | pseudogene (626/788 nt) | phnD | phosphonate ABC transporter permease |
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| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.45e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.18e-03 | |||||||||||
Only 100 of 588 total aligned reads displayed.
GGTGGAAGCGATTGAGCCCGGCCCGGTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCAACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAGCGATTCGCGGTTTCCAGTTCCAACAAACCTGCGCCCTGATGGTGCTTATCATCGTCACGGTCAGCCTGCTGGATTTCCTCTCTCAACGGTTGCGTAAG > DH1/4191826‑4192126 | tGGAAGCGATTGAGCCCGGCCCGGTGGAAGGCATTCGCGCCCCCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCAAc > 1:103878/1‑151 (MQ=255) gggAAGCGATTGAGCCCGGCCCGGTGGAAGGCATTCGCGCCACCAGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGAc < 7:1204056/150‑1 (MQ=255) aaGCGATTGAGCCCGGCGCGGTGGATGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCAACcgt < 4:1699886/151‑1 (MQ=255) aaGCGATTGAGCCCGGCCCGGTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACcgt > 5:123747/1‑151 (MQ=255) aGCGATTGAGCCCGGCCCGGTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACcgtc > 8:395163/1‑151 (MQ=255) cGATTGAGCCCGGCCCGGTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGCCcgtcgt > 2:53676/1‑151 (MQ=255) cGATTGAGCCCGGCCCGGTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACcgtcgt > 8:519885/1‑151 (MQ=255) gATTGAGCCCGGCCCGGTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACCgtcgtc < 1:1960130/151‑1 (MQ=255) tGAGCCCGGCCCGGTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGc > 7:530997/1‑151 (MQ=255) gAGCCCGGCCCGGTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGCTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGc > 4:278992/1‑150 (MQ=255) ccggcccggTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGACACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCAAACGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGCATGGt > 1:1607842/1‑151 (MQ=255) cggcccggTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGCATGGTc > 8:1402563/1‑151 (MQ=255) cggcccggTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGCATGGTc < 8:1688227/151‑1 (MQ=255) ggcccggTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGCATGGTCg > 1:1869197/1‑151 (MQ=255) ggcccggTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCAACCGTCGTCGGCATGGTCg > 2:4192/1‑151 (MQ=255) ccggTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCAACCGTCGTCGGCATGGTCGgcg > 5:169851/1‑151 (MQ=255) ggTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCAAAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCAACCGTCGTCGGCATGGTCGgcgc > 8:1177426/1‑150 (MQ=255) cATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATc < 5:82771/151‑1 (MQ=255) 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aacaaGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCAACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAg < 1:1247199/151‑1 (MQ=255) acaaGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAGc < 5:1763857/151‑1 (MQ=255) aaGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAGCGa < 2:1799372/151‑1 (MQ=255) aaGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATAGGCGTCACCCTGTGGGAAGCg > 5:1040524/1‑150 (MQ=255) aGCTCGAAGAGATCCTGTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCAACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAGCGAt < 3:1708047/151‑1 (MQ=255) 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aaTCCAACGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAGCGATTCGCGGTTTCCAGTTCCAACAAACCTGCGCCCTGATGGTGCTTATCATCGTCACGGTCAGCCTGCTGGATTTCct > 1:864406/1‑151 (MQ=255) tCCAACGTCCGCTCGGCAACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAGCGATTCGCGGTTTCCAGTTCCAACAAACCTGCGCCCTGATGGTGCTTATCATCGTCACGGTCAGCCTGCTGGATTTCctct > 7:987220/1‑151 (MQ=255) aCGTCCGCTCGGCAACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAGCGATTCGCGGTTTCCAGTTCCAACAAACCTGCGCCCTGATGGTGCTTATCATCGTCACGGTCAGCCTGCTGGATTTCCTCTCTCa < 4:1988146/151‑1 (MQ=255) cGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAGCGATTCGCGGTTTCCAGTTCCAACAAACCTGCGCCCTGATGGTGCTTATCATCGTCACGGTCAGCCTGCTGGATTTCCTCTCTCaa < 3:1154976/151‑1 (MQ=255) cGTCCGCTCGGCGACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAGCGATTCGCGGTTTCCAGTTCCAACAAACCTGCGCCCTGATGGTGCTTATCATCGTCACGGTCAGCCTGCTGGATTTCCTCTCTCaa < 3:1620213/151‑1 (MQ=255) 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cGGCGACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAGCGATTCGCGGTTTCCAGTTCCAACAAACCTGCGCCCTGATGGTGCTTATCATCGTCACGGTCAGCCTGCTGGATTTCCTCTCTCAACGGTTGCg < 6:276791/151‑1 (MQ=255) cGGCAACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAGCGATTCGCGGTTTCCAGTTCCAACAAACCTGCGCCCTGATGGTGCTTATCATCGTCACGGTCAGCCTGCTGGATTTCCTCTCTCAACGGTTg < 7:804137/149‑1 (MQ=255) | GGTGGAAGCGATTGAGCCCGGCCCGGTGGAAGGCATTCGCGCCACCGGTGCCAACAAGCTCGAAGAGATCCTCTACGGCGTGCTGCCACAGGTGATGCCACTGCTGATCTCCTACTCCCTCTATCGCTTCGAATCCAACGTCCGCTCGGCAACCGTCGTCGGCATGGTCGGCGCAGGCGGGATCGGCGTCACCCTGTGGGAAGCGATTCGCGGTTTCCAGTTCCAACAAACCTGCGCCCTGATGGTGCTTATCATCGTCACGGTCAGCCTGCTGGATTTCCTCTCTCAACGGTTGCGTAAG > DH1/4191826‑4192126 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |