Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | DH1 | 236,086 | 0 | A | G | 52.7% | 82.4 / inf | 553 | intergenic (+28/+26) | ECDH1_RS01120/gor | hypothetical protein/glutathione reductase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (121/137); new base G (139/148); total (262/291) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.51e-01 |
Only 100 of 579 total aligned reads displayed.
AAGCGGATGCATTCTCACTCCATCGCATGGAGAAAACGGGTGATTGATAAAGCAATCATCGTTCTAGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGGAACTGATCCGCTTTCTGCTTCAGCTTCTGAACTGATAGCGGAAACGTAATTAAGGGCTAAGAACACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGCATTGTCACGAACTCTTCTGCCGCCGTTGGGTGAATGGCGACGGTATTGTCGAAGTCTTTTTTGGTTGCCCCCATCTTCAGCGCCACCGCGAAGCCCTGCAACATTTCGTCCATACCAA > DH1/235936‑236236 | gCGGATGCATTCTCACTCCATCGCATGGAGAAAACGGGTGATTGATAAAGCAATCATCGTTCTAGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGGAACTGATCCGCTTTCTGCTTCAGCTTCTGAACTGATAGCGGAAACGTAATTAAGGGCTAAGAaca < 4:1667644/151‑1 (MQ=255) ggATTCATTCTCACTCCATCGCATGGAGAAAACGGGTGATTGATAAAGCAATCATCGTTCTTGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGGAACTTATCCGCTTTCTGCTTCAGCTTCTTAACTGATAGCGGAAACGTAATTAAGGGCTAAGAacaca < 5:1628815/151‑1 (MQ=255) ggATGCATTCTCACTCCATCGCATGGAGAAAACGGGTGATTGATAAAGCAATCATCGTTCTAGGGCCGTTAATTGCGCTGCTGGAACTGATCCGCTTTCTGCTTCAGCTTCTGAACTGATAGCGGAAACGTAATTAAGGGCTAAGAacac > 3:407206/1‑150 (MQ=255) 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agagCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGCATTGTCACGAACTCTTCTGCCGCCGTTGGGTGAATGGCGACGGTATTGTCGAAGTCTTTTTTGGTTGCCCCCATCTTCAGCGCCACCGCGAAGCCCTGCAACATTTCGTCCATAc < 5:295959/151‑1 (MQ=255) agagCACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGCATTGTCACGAACTCTTCTGCCGCCGTTGGGTGAATGGCGACGGTATTGTCGAAGTCTTTTTTGGTTGCCCCCATCTTCAGCGCCACCGCGAAGCCCTGCAACATTTCGTCCATAc < 1:852004/151‑1 (MQ=255) | AAGCGGATGCATTCTCACTCCATCGCATGGAGAAAACGGGTGATTGATAAAGCAATCATCGTTCTAGGGGCGTTAATTGCGCTGCTGGAACTGATCCGCTTTCTGCTTCAGCTTCTGAACTGATAGCGGAAACGTAATTAAGGGCTAAGAACACACTACTCTTAGCCCTTTAACATTTAACGCATTGTCACGAACTCTTCTGCCGCCGTTGGGTGAATGGCGACGGTATTGTCGAAGTCTTTTTTGGTTGCCCCCATCTTCAGCGCCACCGCGAAGCCCTGCAACATTTCGTCCATACCAA > DH1/235936‑236236 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |