| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base A (102/114); new base C (59/0); total (180/116) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.49e-16 | |||||||||||
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Only 100 of 308 total aligned reads displayed.
CCACACGAACCGTTGTTTACGCCAATTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGT > NC_000913/935402‑935701 | cacTAAGCGTTCTATACGCCAATTGGTGCACCAGTAGAGCAGCCCGTTCATCCGGTTGGACCGCTGCAGCTATATCAGCTGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCTCAat < 8:30203/151‑1 (MQ=18) gAACCGTTGTTTACGCCAATTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATc < 1:1336846/151‑1 (MQ=255) aaCCGTTGTTTACGCCAATTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCATCcccacgaccc > 4:140923/1‑145 (MQ=255) 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gTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCAGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCACTTCCGCcacac > 5:1740487/1‑150 (MQ=255) catcacgatccacaTCCGATTGCGCTGCAGCAACAATATCAGCAGCATCAACAACCGCTTGCTCCTCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGc < 2:1541853/140‑1 (MQ=18) cagcagCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACACCCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGACGCAACAACCGCATGCGCCGCAGCAGCAGGATCAGGAGCAACCACAGCCACTGGCGCCACAACCGc > 4:669211/1‑151 (MQ=255) gcagcCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGTAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACGGCCAGTTGCGCCACAACCGc > 7:1147934/1‑149 (MQ=255) cccACAACAGCCGGCTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGAt < 4:1248141/150‑1 (MQ=255) accaGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCTCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCt < 5:1292153/149‑1 (MQ=255) aacaGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCt > 6:166281/1‑151 (MQ=255) gctgattGCGCGGCTGCAACATTATCAGCACCCGCAACACCCGAGTGCAACTCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCtt < 6:765654/146‑1 (MQ=18) gccgcAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTg > 2:636613/1‑151 (MQ=255) cgcAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGtt < 5:1262532/151‑1 (MQ=255) cgcAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGtt > 4:1007733/1‑151 (MQ=255) cgcAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGtt > 2:312202/1‑151 (MQ=255) cAGGCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACATCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGa < 6:1936/151‑1 (MQ=255) cAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATCCCCTGCTTCATCCGCTGTTgg > 2:1694427/1‑150 (MQ=255) ccACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGc > 5:856035/1‑151 (MQ=255) cacaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCg > 8:1262188/1‑151 (MQ=255) acaATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGt > 8:1014652/1‑151 (MQ=255) | CCACACGAACCGTTGTTTACGCCAATTGTTGAACCTGTACAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCACCGCAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCAGTTCCGCCGCAGCCGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCGGTTGCGCCGCAGCCACAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCACAGCAGCAATATCAGCAGCCGCAACAACCGGTTGCGCCGCAGCAGCAGTATCAGCAGCCACAACAGCCAGTTGCGCCACAACCGCAGGATACCCTGCTTCATCCGCTGTTGATGCGT > NC_000913/935402‑935701 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |