| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | 3393149 = | 259 (0.590) | 242 (0.550) | 158/300 | 3.0 | 48.3% | coding (3110/3801 nt) | yhdP | DUF3971‑AsmA2 domains protein |
| ? | NC_000913 | = 3584195 | NA (NA) | noncoding (768/768 nt) | IS1 | repeat region | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 242 total aligned reads displayed.
ACTTCCGTGGCTGGCCGGACGCCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3393296‑3393149‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCG < NC_000913/3584195‑3584046 CCGTGGCTGGCCGGACGCCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAAT < 4:573305/150‑1 CGTGGCTGGCCGGACGCGCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGGTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACTCTGACAAATGGACTGATTTATACTGGGTTCTCGCGGCTGGTAATta < 8:24215/151‑3 CGTGGCTGGCCGGACGCCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGA < 3:425154/151‑1 GCTGGCCGGACGCCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCC > 5:649234/1‑151 TGGCCGGACGCCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCA > 7:1688518/1‑150 ACGCCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGTCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAAGGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTG < 6:763980/151‑1 ACGCCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTG < 7:860051/151‑1 CGCCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTG > 4:753476/1‑150 GCCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGAT > 1:308826/1‑151 GCCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGAT < 4:511307/151‑1 CCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATA < 4:1427790/151‑1 CCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGAT > 2:1235523/1‑150 CCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGAT > 6:158134/1‑149 ATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTT < 8:1479138/151‑1 CGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGGTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTT > 5:975440/1‑150 ATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATG < 1:1073801/151‑1 GCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT < 1:1386260/151‑1 GCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT < 1:494727/151‑1 GCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTT < 7:555935/151‑1 ACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTC > 6:890117/1‑150 GAGTGGTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGAGAGTGATTTCACCATTTGTGGCGATACGTTAACGGTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCGAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGAT < 3:142317/151‑1 GTGCTGGTTCTGGGGTCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATTTTCAGATAA < 7:1471757/151‑1 GTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAA < 2:1591835/151‑1 GCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAAT < 8:10545/150‑1 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8:1603640/150‑1 TGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATG > 6:1181100/1‑150 GGGGGCAAACATTCGGTCGCATTGCCAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAT < 8:135162/148‑1 GGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGA < 5:1487919/150‑1 GGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGA < 2:757123/150‑1 GGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGAT < 8:397670/148‑1 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7:1250466/1‑151 AAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGACCGATGACTTTGTC > 4:1555794/1‑150 AAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCAT < 2:1136269/151‑1 AATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATG < 7:1400748/151‑1 AATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGACCGATGACTTTGTCATG > 8:1001701/1‑151 ATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGC < 1:40678/151‑1 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AATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCT < 2:1207366/151‑1 GGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCC > 7:401089/1‑151 GACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCT < 1:1240580/151‑1 TTGATACTGTTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGAT < 6:1257019/150‑1 ATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAG < 8:1691498/151‑1 ATACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTC > 3:130859/1‑149 ACTGGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGG < 6:385147/150‑1 GGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTAT < 6:736714/151‑1 GGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTAT > 5:1393498/1‑151 GGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTAT > 1:46692/1‑151 GGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTT < 5:1151970/149‑1 GGTTTCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTT < 1:1678849/149‑1 GTTGCTCGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATG < 7:943549/151‑1 CGCGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTC > 4:178327/1‑151 CGGCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAA < 5:792444/151‑1 CGGCTGGTAATGACTCAAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCA > 5:561740/1‑150 GCTGGTAATGACTCCTACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCTCCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATT < 3:552547/151‑1 GCTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATT < 6:554243/151‑1 CTGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTC > 5:427107/1‑151 TGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCG > 5:949473/1‑151 TGGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCG > 7:252851/1‑151 ACTTCCGTGGCTGGCCGGACGCCCAAATACGATGCACAGAGTGCTGGTTCTGGGGGCAAAAATTCGGTCGCATTGACAGTGATATCACCATTTCTGGCGATACGTTAACGCTGACCAATGGACTGATTGATACTGGTTTCTCGCGGCT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ < NC_000913/3393296‑3393149‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑GGTAATGACTCCAACTTATTGATAGTGTTTTATGTTCAGATAATGCCCGATGACTTTGTCATGCAGCTCCACCGATTTTGAGAACGACAGCGACTTCCGTCCCAGCCGTGCCAGGTGCTGCCTCAGATTCAGGTTATGCCGCTCAATTCG < NC_000913/3584195‑3584046 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |