Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,176,625 | 0 | G | A | 54.6% | 117.8 / inf | 476 | S70F (TCC→TTC) | cpdA | 3',5' cAMP phosphodiesterase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (113/103); new base A (130/130); total (243/233) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.46e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.61e-01 |
Only 100 of 481 total aligned reads displayed.
TCACCAATAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAA > NC_000913/3176475‑3176775 | tCACCAATAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAgg > 1:1536462/1‑151 (MQ=255) aCCAATAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGAt < 2:497212/151‑1 (MQ=255) cAATAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTg < 8:1720160/151‑1 (MQ=255) aTAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGAt > 8:554919/1‑151 (MQ=255) tAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATc > 4:46498/1‑151 (MQ=255) aaaCACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATcc > 7:613156/1‑151 (MQ=255) acacGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTg < 3:1277404/151‑1 (MQ=255) acGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTgcg > 6:641645/1‑151 (MQ=255) gcgcTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCt < 1:574217/151‑1 (MQ=255) cgcTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCt > 4:210607/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAAt > 7:302702/1‑151 (MQ=255) cGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCa < 1:1007748/151‑1 (MQ=255) cGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATGGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCAGCt < 2:583320/151‑1 (MQ=255) cGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCt > 6:8793/1‑151 (MQ=255) cGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCt > 7:1456578/1‑151 (MQ=255) gggAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGt > 1:330810/1‑151 (MQ=255) ggAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTc > 2:89436/1‑151 (MQ=255) gaTACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTcgcg > 5:1604999/1‑151 (MQ=255) gaTACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTcgcg > 1:424147/1‑151 (MQ=255) gaTACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTcgcg < 1:687492/151‑1 (MQ=255) aTACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTcgcg > 2:1352528/1‑150 (MQ=255) tACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGAc > 3:1090492/1‑151 (MQ=255) ccGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAAt > 3:444827/1‑151 (MQ=255) 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gTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGa < 6:1554792/150‑1 (MQ=255) tAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAAt > 4:564338/1‑151 (MQ=255) tAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAAt > 8:312584/1‑151 (MQ=255) aaCGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAAtt < 1:1270818/151‑1 (MQ=255) aaCGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAAt < 7:1081948/150‑1 (MQ=255) cgcgCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCg > 6:1229526/1‑151 (MQ=255) cgcTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTg > 3:366373/1‑151 (MQ=255) tGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTg > 3:1202653/1‑151 (MQ=255) gTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTgg < 5:1496465/151‑1 (MQ=255) cgGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCg < 8:1332148/151‑1 (MQ=255) 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tCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTg < 7:695605/149‑1 (MQ=255) tCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGc < 4:1360001/150‑1 (MQ=255) cAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCt < 3:1477722/150‑1 (MQ=255) aGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTCACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCttt > 7:1283627/1‑151 (MQ=255) aGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCAAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTAGTGCttt > 2:385156/1‑151 (MQ=255) aGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCttt > 3:646035/1‑151 (MQ=255) gCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCtttt < 1:1665157/151‑1 (MQ=255) gCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCtttt < 4:687656/151‑1 (MQ=255) gAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGATTACCCCTAACAGGCCTTCGTGCTTTtgt > 2:235085/1‑151 (MQ=255) gAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTtgt > 1:1088345/1‑151 (MQ=255) aaaTGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTtgtg > 4:1629844/1‑151 (MQ=255) gCTGGTAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCaa < 7:508383/150‑1 (MQ=255) tGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAAc > 3:1554919/1‑150 (MQ=255) gATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAg < 2:750569/151‑1 (MQ=255) aTAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAgg < 5:1109258/151‑1 (MQ=255) tAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCAGTCGCGACAATCAGGTCCAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCACGTGTTTACCCCAAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGt > 3:979777/1‑151 (MQ=255) aGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTg > 5:691621/1‑151 (MQ=255) cGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAgtg > 5:994997/1‑151 (MQ=255) cGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCACCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAgtg > 2:825130/1‑151 (MQ=255) gagGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCgg > 8:1175007/1‑151 (MQ=255) agGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGt > 3:1619183/1‑151 (MQ=255) ggATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGt > 5:21277/1‑150 (MQ=255) | TCACCAATAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAA > NC_000913/3176475‑3176775 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |