| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (90/63); new base C (109/88); total (200/152) | |||||||||||
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| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.02e-01 | |||||||||||
Only 100 of 383 total aligned reads displayed.
TAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCC > NC_000913/3815729‑3816025 | aaGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGgattcgatt‑c > 8:857350/1‑151 (MQ=255) aGCGCAAATTCAATAACCGGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACACACAAAAAAACGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑c‑c < 1:653696/151‑1 (MQ=255) cgcAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑c‑c‑cc > 6:654599/1‑151 (MQ=255) 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aGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑C‑CCTCGGGCCAGACCCAACAAGATGAGTAGCTCTACATGGGTGAACGCCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATCATGCGCCCGTCTTCGCTCATCACTACGTTCATGTc > 2:725308/1‑151 (MQ=255) cgccTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGtct > 6:515544/1‑151 (MQ=255) ccTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTctct > 1:166825/1‑151 (MQ=255) ccTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTctct < 5:786993/151‑1 (MQ=255) tCTGCGTCGCTACTATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTctct < 8:919369/149‑1 (MQ=255) tGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGc > 8:1661162/1‑151 (MQ=255) gCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCgg < 8:535742/150‑1 (MQ=255) cGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCa < 1:79242/151‑1 (MQ=255) gTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑CGCCTCGTGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCTGTCTCTGCGGCag < 5:1180827/151‑1 (MQ=255) cGCTACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCagag < 3:128915/151‑1 (MQ=255) tACAATGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCt > 6:995389/1‑151 (MQ=255) aCAATGGATTCGATT‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCGCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTc < 5:1595627/151‑1 (MQ=255) cAATGGATTCGATT‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCa < 1:162058/151‑1 (MQ=255) aaTGGATTCGATTCC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTc > 6:199300/1‑150 (MQ=255) aTGGATTCGATT‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAAc < 5:1383411/151‑1 (MQ=255) gattcgattcC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCATCGt > 4:1458451/1‑151 (MQ=255) tcgattcC‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGCTGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGGTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTAtt > 4:1175663/1‑151 (MQ=255) | TAAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑C‑CCTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTCC > NC_000913/3815729‑3816025 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |