| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,815,883 | +C | pseudogene (667/669 nt) | rph ← | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 3,815,879 | 1 | . | C | 98.1% | 798.5 / 6.0 | 213 | pseudogene (3/48 nt) | rph | ribonuclease PH (defective);enzyme; Degradation of RNA; RNase PH |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/1); new base C (105/102); total (109/104) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.22e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.78e-01 | |||||||||||
Only 100 of 236 total aligned reads displayed.
AAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTC > NC_000913/3815730‑3816024 | aaGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCGTCTGCGTCGCTACAATGgattcgatt‑c > 6:1050304/1‑151 (MQ=255) aGCGCAATTTCATAAAACTGGGGGTGATTTGTTTTCATGCCTTCGGTCGTCATCTTATTTTTCTACACAAAAAAATAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑c‑c < 3:1030918/151‑1 (MQ=255) cAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑c‑cc‑cct > 5:1251012/1‑149 (MQ=255) 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cgccgcCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCg < 8:1546891/151‑1 (MQ=255) cgccgcCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCg < 5:629421/151‑1 (MQ=255) ccgccTTCTGCGTCGCTACAATTGATTCGATTCC‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGt < 3:1667733/151‑1 (MQ=255) cgccTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGtc < 8:101593/151‑1 (MQ=255) gccTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGtct > 4:925689/1‑151 (MQ=255) tCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGc > 7:1320603/1‑151 (MQ=255) cTGCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGCACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCGTCGGTCATCCCTACGTTCATGTCGGTCTCTGCg > 3:1999665/1‑151 (MQ=255) gCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGc < 5:310218/148‑1 (MQ=255) gCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGc < 1:1409100/148‑1 (MQ=255) gCGTCGCTACAATGGATTCGATTCC‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCg < 7:1458508/149‑1 (MQ=255) 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gattcgattcC‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGt < 4:1548956/151‑1 (MQ=255) ttcgattcC‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTa < 4:1942420/150‑1 (MQ=255) | AAGCGCAAATTCAATAAACTGGCGCTGATATGGTTTCATGCCTTCGCTCCTCATCTTACTTTTCTACAGACAAAAAAAAGGCGACTCATCAGTCGCCTTAAAAATCAGTTTGCCAGCGCCGCCTTCTGCGTCGCTACAATGGATTCGATT‑C‑CC‑CTCGGGCCAGAGCCAACAAGATGAGTAGCTCTTCATGGGTGAACGGCTCGCCTTCTGCCGTCCCCTGCACTTCAATGATGCGCCCGTCTTCGGTCATCACTACGTTCATGTCGGTCTCTGCGGCAGAGTCTTCAACGTATTC > NC_000913/3815730‑3816024 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |