| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (134/116); new base T (148/139); total (282/255) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.65e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 544 total aligned reads displayed.
GTTATGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGG > NC_000913/2703953‑2704253 | aTGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGaaa < 7:1286107/151‑1 (MQ=255) aTGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGAGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCCCACTaa > 8:1109558/1‑150 (MQ=255) tACTGCTGTCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACTAAACAGa < 8:92577/150‑1 (MQ=255) 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acaaTTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCtata < 8:325938/151‑1 (MQ=255) atgcAGCACACTAACCAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATacac < 6:1858045/148‑1 (MQ=255) aTTCAGCACACTAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATacac > 2:1768023/1‑151 (MQ=255) ttCAGCACTCTAAACAGACATGATATACATGGTTATGCTTAATGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACAGGTTTATGTGGACCAAGGGTGTTTCGTGTGCCGTGGAAAACTGGAGGAGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATagac > 6:1663384/1‑150 (MQ=255) cAGCACACTAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGATTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGATGTGACAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACaa > 5:984668/1‑150 (MQ=255) cAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAac < 7:779980/151‑1 (MQ=255) cAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAac < 1:1000904/151‑1 (MQ=255) acacTAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAacgacg > 2:1815320/1‑151 (MQ=255) acacTAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAacgacg < 1:78491/151‑1 (MQ=255) cacTAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACgg > 4:666819/1‑151 (MQ=255) cacTAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACgg < 1:1730521/151‑1 (MQ=255) cacGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACAAACGATGTTTCGTGTGACGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCGTAAACATCGGGGGAATATTCTATACACAACTACgg > 4:1645994/1‑151 (MQ=255) | GTTATGTTTACTGCTGGCACTACGATGAGTTAATGCCTGCTGCAACAGTTCCTGATGATTAAAAGTGTAGCCCAGCTTCCGTTGAAGCCGATTAATTACGATGGGGTTCATGCGATACCAATAAATAAATGCGTCAACAATTCAGCACACGAAACAGACCTGATATACATGGTTCTGCTAACTGCTTCGCTGCAGTTTCAGTTTACCGGTATATGGGGACCAACGCTGTTTCGTGTGCCGTGGCAACCTGGAGGTGCCAACCTTAAACTTCGGGGGAATATTCTATACACAACGACGGGGG > NC_000913/2703953‑2704253 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |