| New junction evidence | |||||||||||
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| ? | NC_000913 | 1199869 = | 231 (0.450) | coding (938/1128 nt) | intE | e14 prophage; putative integrase | |||||
Only 100 of 765 total aligned reads displayed.
TGATAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATGTATTGGCTTTAACCTGCGCTCCGCGCTCTGCTTGTGAAGTTGAACGAAAAAAATGCACTAAGTATGCACTGACTGCATAGTCACGGCAGCGGGCTACTACATCGCGTAAACTCCAGTTAATCGCAT > NC_000913/1199719‑1200019 | gggaaataatgcgggcaacggtgtttaattatatcgaatgtgattacaatcggtggcggcggcacagttggtgtggcggcctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaGc > 3:84297‑M2/150‑151 (MQ=255) tAACGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTAGCTt < 1:1736282‑M2/151‑2 (MQ=255) aaataatgcgggcaacggtgtttaattatatcgaatgtgattacaatcggtggcggcggcacagttggtgtggcggcctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaGCttt > 8:668893‑M2/147‑151 (MQ=255) aCGATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGATCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCttt > 6:189456/1‑150 (MQ=255) aCGATCGGATTGTTGTTTTGTTTTATGACGAAGTAGTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTATTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATTGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTa < 6:554879/151‑1 (MQ=255) gATCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTACTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTtgatc < 6:1115621‑M2/151‑6 (MQ=255) aTCGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTTTACTa < 3:1183608/151‑1 (MQ=255) cGGTTTGTTGTTGTGTTTTATGACCAAGTAGTTTTTGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTAAGATAAAGACCTTTGCTAATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATATCTCGCTTTACTaa > 4:775383/1‑150 (MQ=255) 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gtgattacaatcggtggcggcggcacagttggtgtggcggcctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaGCTTTACTAAAATTCATCGCCAATGTATTGGCTTTAACCt < 3:1366915‑M2/40‑1 (MQ=255) ttttGTGTGTCTAACCCCTGTTCTTTATACAGACGTTCAGATAAAGACCTTTGCTCATGGAATGTCGCAGGTGAACCCTCTCCCCAGTCAATTCTTGCTAAATCTCTCGCTtgatcttacccagcaatagtggacacgcggctaagtgagt < 6:1722659‑M2/151‑41 (MQ=255) acaatcggtggcggcggcacagttggtgtggcggcctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATGTATTGGCTTTAACCTGCGCTcc < 8:527606‑M2/47‑1 (MQ=255) caatcggtggcggcggcacagttggtgtggcggcctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgtgggtaggatcaGCTTTACTAAAATTCATCGTCAATGTATTGGCTTTAACCTGCGCTCcg > 3:1638560‑M2/104‑151 (MQ=255) aatcggtcgccccggcacagttggtgtggcggcctcagtccggaacaatttgaaaacaagaacctcgcttaggcctgtgtccatattacgacggtagcatcaGCTTAACTAAAAATCATCGTCAATGTATTCGCTTTAACATGCGctcctc > 6:299246‑M2/103‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |