| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 26.5% | 543.6 / 75.9 | 298 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (99/120); new base T (32/47); total (131/167) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.10e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 301 total aligned reads displayed.
AAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCCGC > NC_000913/2560846‑2561146 | aaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 6:478314/151‑1 (MQ=255) aaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:134989/151‑1 (MQ=255) aGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACTACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 7:278601/151‑1 (MQ=255) ggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 3:1148755/151‑1 (MQ=255) ggAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 6:988334/151‑1 (MQ=255) gAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGTTCAATGTTCCAGCCTTTTATTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAg < 4:1400868/151‑1 (MQ=255) gTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGt > 2:886607/1‑151 (MQ=255) gTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTAAAAAGTTGCAGTGAAgg > 1:632670/1‑150 (MQ=255) gTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGt < 7:659763/151‑1 (MQ=255) ggCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 1:327557/150‑1 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 5:639313/150‑1 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGCTTTCTAAAAATTTGCCGTTAAGGTgcctc > 3:353094/1‑146 (MQ=255) gAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTTGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGTTGGGTCaa < 5:178508/151‑1 (MQ=255) aCCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAg < 7:1596151/150‑1 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 8:1431837/151‑1 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTCAAAAGTTGACTTTAAGGAGGCTCAAAAGttt > 6:453290/1‑150 (MQ=255) gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc < 3:226091/151‑1 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCg > 7:585561/1‑151 (MQ=255) attattCAAGCCTTACAAGATGAAATATCGGACTCAGGATGGCAATGTTGCCGCCTTTTCTTTTCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGt < 1:1646989/150‑1 (MQ=37) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCTTTTAGGAggggtaatatttggagt > 8:1051684/1‑136 (MQ=255) tattCTAGCAGTACAACATGAAATAACGGAAGAAGGCGTGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTACATGTATTCAGGTGGGTCAATTGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGGCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 2:256179/150‑1 (MQ=37) attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGTCGTGCAATTTTCCCGCATTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 4:797838/150‑1 (MQ=255) tCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAATTAGCATTGAAGGTGGCTCAAATTTTGCAGTGTAGGt > 2:722940/1‑151 (MQ=255) aaGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATACAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTTAGTCAAAATAAGCATTTAAGGTGAGTCAAAAtttcaaatatacgtgt > 6:271978/1‑138 (MQ=255) gCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 8:1145324/151‑1 (MQ=255) gCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTGTAGGTggcg > 3:487564/1‑149 (MQ=255) ccGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCCAAATTTTCAGTTTAGggggctg > 3:1397985/1‑148 (MQ=255) cGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTCTGATGGCTAAAATGTTGCCTTAAAGGAGTCTCAAAAGTTGAAGTTAAGGTGTGTc > 6:1465392/1‑150 (MQ=255) cGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAgggggggc > 3:751368/1‑148 (MQ=255) acaacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 3:669126/150‑1 (MQ=255) atcaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCATTGTTCCCGCCTTATCTTTGCCTTAATTACATGAATTCAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGt < 6:186060/149‑1 (MQ=255) acaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 6:1049838/151‑1 (MQ=255) caTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAAGGTGGCGCAAATGTTGCCGGTAAgggggggctcaaggtg > 3:260216/1‑141 (MQ=255) aaaTAACGGAATCCGGCGGGCAATGTTGCCGCCTTTTCTTTCCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 5:77813/151‑1 (MQ=255) cGGAATCTGGCGGGCAATTTTCCCGCATTTTGTTTGCCTTATATGCTTGAATTCAGGTGGTTCAATAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGa < 2:1445086/151‑1 (MQ=25) taaTCAGAAGGGCATTATTCCAGCCTTTTGTTTGCCTTAAATCAATGAATTCTTGTGGGTCAAAATTTGGCCTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGaa < 7:973405/149‑1 (MQ=21) gAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGTCTAAAAATTTGAAGTTAACGTGGGTCAAAAGTTGACGAGTaaacat > 6:800764/1‑147 (MQ=255) gctggcggcCAATGTTCACGCGTTATCTTTCCCTTTATTGCATGAATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGGCTTTTGTGTTGGGTCAAAACTAGCATTTCAGGTTGGTGAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct < 7:1333742/148‑1 (MQ=19) cGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGCTCAAAAGTTGCGGTTAGTGGGGGGTCAAAAGATGGCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAATAATTCTACTAt < 3:547410/151‑1 (MQ=38) gggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGCATTCTACTAtt > 5:21722/1‑151 (MQ=255) gggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAtt > 5:1212175/1‑151 (MQ=255) gggCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTGAAATTTTGACGAGTAAGAATTCTAATAtt > 8:699880/1‑151 (MQ=38) tgcatttttCCAGCCTTTTGTTTTCCTTAATTTAATGAATTCAGTTGTGTAAAAATTTGGCGTTATTTGTGGGTAAATTGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAtt < 4:710769/143‑1 (MQ=21) cacttttCCCGCCTTTTCTTTGCCATTATTACATGAATTCCGGTGGGTCAAAAGTTCCCGTTAGTGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAg < 1:1068027/146‑1 (MQ=37) aaTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGAGGGTAAATAGTTGGAGTATACGGGGGTGAAAATTAGTCTAGTAAGCATTCTACAATTaat > 5:613336/1‑149 (MQ=21) aaTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGAGTAAGCATTCTACTATTa > 3:100081/1‑148 (MQ=255) aaTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTAAGGTGGGGCTAAAGTTGCCGAGTAAGCATTCTAATATTa > 5:1081088/1‑148 (MQ=255) aaTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAATTTGAATTTAAGGTGGGTCGAAATTTTGAGTGAAGGTGTCTGAAAAGTTGACGAGTAAATATTGTACTATTa > 8:861247/1‑148 (MQ=255) gTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGACGTTTAGGAGGGTGAAAAGTTTGCGTTTACGTGGCTCAAAAGTTCACGAGTAAGAATTCAAAAATTAACAAt > 1:894227/1‑150 (MQ=255) gTTCCCGCCTTTGCTTTGCCTTAAATGAATGAATTCCGGAGGGTCAAAAGTGGCCGTTTGTGGTGTGTCAAAAGTTGCCGTTACGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTGGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAAtt < 8:31328/151‑1 (MQ=25) taccGCCTTTGCTATGCCTTAAATCCATGAATTCAGGGGGGTAAAAAGTAGCCTTTAGTGTTGGGTAAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGaa < 7:1209261/145‑1 (MQ=25) tCCCTCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGTGTCAAAATTTGGCGTTTTTGGTGGGTCAATAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTc < 1:1000593/150‑1 (MQ=37) tCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTc < 8:14812/150‑1 (MQ=255) tCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGCCGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTc < 4:278104/150‑1 (MQ=255) tCCAGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCAATGAATTCAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGGGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTc < 5:887890/150‑1 (MQ=255) cccGCCTTATCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGGGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTa < 8:131067/151‑1 (MQ=255) ccGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAACTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAg < 5:739679/151‑1 (MQ=255) cagCCTTTACTTTTCCATAAATCAATGAATTCATGCGGCTAAAAAGACGCACTTAGTGGTGCGTCAAAAGTAGCCGTTAAGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAg < 7:1111516/149‑1 (MQ=255) gttttGTTTTCCTTAATTTAATGAATTCTTTGGTGTCATAATTTGGCTTTTCTGTGGGGTAAAATCTTGCCGTTAATGTGGGTTAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCg < 2:1638717/149‑1 (MQ=16) cTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTGGGGAAAAATTTGCCGTTAAGGAGGCTCAAAATTTGAATTATAGGGGGGGCAAATTTTTACGAGTAAGGATGCTACAATTAAGATTTCTAAGCgt > 1:1498480/1‑150 (MQ=255) tCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACggg > 3:933399/1‑151 (MQ=255) cTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTGGGTAAAAATTTGCCTTTAAGGTGTCTCAAAATTTGAAGTTAAGCTGTCGCAAAATTTGAAGAGAAACAATTATAAAATTAAGAATTATACGCGACgta > 4:1580211/1‑148 (MQ=16) ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGAGGGTCAAAATTTGGAGTTTAGGTGTGTGAAATGTTGCGTAGAAAGAATTGTAAAATTAAGAATTATACGCGAAGTGAGatttat > 1:49316/1‑149 (MQ=255) tAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGATGCCTTTAGTGGTGGGTAAATTGATGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGttttt < 4:1260369/149‑1 (MQ=38) aataaaTGAATTCAGTGTGGTATAAAGTAGCCTTTATTGTTGGGTAAATTGTTGCCTTTAAGTTGGGTCAAAAGTTTCATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGc < 4:355910/146‑1 (MQ=255) aaTGAATTCAGGGTCGTATAAATTTGCCGTTAATGTTGGGTAAAAATCTGCCTTTAAGTTGGGTCAAAAGTTGGCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTcc < 1:1204120/150‑1 (MQ=37) gAATTCTGGTGTGTATAATGTTGCCGTTATTGGTGGGTAAATTGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcgg < 1:863951/151‑1 (MQ=37) aaTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGGGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTAATATTAAGAATTCTAGGCGTCGGGAGTTTTTTAGCGTACcggt > 3:148163/1‑151 (MQ=37) agttGGCTCAAAAGTCGGCCTTACTGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCggtcggtc < 1:937249/148‑1 (MQ=37) ggTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCa < 5:513581/151‑1 (MQ=255) gtataaattagCCATTACTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTTATGTGGGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 4:1097260/140‑1 (MQ=37) gTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAACGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGACTCCCGGTCGGTCAt > 2:352038/1‑147 (MQ=255) tCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAGTTGCCGAAAACGGGGCGCACAAGTTGCAGCGAAACCAGTATACAATTAAGAATACTAGGCGCCGGGAGGGTTTGAGAATCACGGTCCGTCAAagagc > 6:1348357/1‑150 (MQ=9) gcAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagaga < 7:812261/150‑1 (MQ=255) gcAAAAGTAGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagaga < 3:828419/150‑1 (MQ=255) aatatttGGCGTTAGTGTTGGGTAATATGTTGCCTTTTAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGt < 2:1208089/146‑1 (MQ=38) aaaaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTGATAGAGAGt > 3:1236524/1‑151 (MQ=255) aattttcccttATTGGTTGGTAAAATGTTGCCGTTTATGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCg < 2:549860/142‑1 (MQ=37) gTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGcc < 7:870223/151‑1 (MQ=255) gggtttagtttttgttCATAAGTTGCATTTAAGTTGGGTAAAAAGTTGCCTTTTAGGTGTGTCAATAGTTGCCGAGTAAGAATTGTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCTGGTGGGTCATAGAGAGTCGCCTa < 6:1154090/135‑1 (MQ=255) gCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGTTGGGTAAATAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCTGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTa < 4:1454003/150‑1 (MQ=38) cccttAGTGGGGGGTCAATAGCTGCCTTTCAGTTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 4:560632/148‑1 (MQ=38) ccttcggggtggGTCAATAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag < 5:1142650/144‑1 (MQ=255) ttAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGtt > 7:1518698/1‑151 (MQ=255) ttAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGGCGCCTagaggt > 8:402839/1‑149 (MQ=255) gtggtgGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCGTAGAGTTaa > 6:281688/1‑150 (MQ=255) ggTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACTGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACagaag < 8:228797/151‑1 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 1:1097473/136‑1 (MQ=255) cAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAat > 2:466790/1‑151 (MQ=255) aaaaGTTGACGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAATAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGAGACGGGAGTTTTTTAGAATCCCGGTCGGTCATATAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatt > 8:609108/1‑151 (MQ=38) aatggtGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatta < 7:917369/146‑1 (MQ=255) aaaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAatt > 7:241422/1‑150 (MQ=255) aagcttccGTTATGGTCTGTTAAATGTTGGATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattat < 2:1029091/145‑1 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattat > 6:756480/1‑151 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattat > 7:1406306/1‑151 (MQ=255) aGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTCTTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattatt < 5:1440429/151‑1 (MQ=255) gTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTAttt > 1:1175606/1‑151 (MQ=255) gtGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTc < 3:188880/150‑1 (MQ=255) gCCTTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcg < 5:996094/150‑1 (MQ=255) gCCTTTAATGTGGGTAAAATGTTGGCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTcgc < 3:1584408/151‑1 (MQ=255) | AAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCCGC > NC_000913/2560846‑2561146 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |