| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 1,287,217 | 0 | G | T | 21.6% | 720.8 / 121.9 | 351 | intergenic (‑41/+27) | tpr/tyrV | protamine‑like protein/tRNA‑Tyr |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (138/134); new base T (45/30); total (185/166) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 360 total aligned reads displayed.
GGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTG > NC_000913/1287067‑1287367 | gtggtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTgg < 3:1448442/151‑1 (MQ=37) ggtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTgggc > 6:328018/1‑150 (MQ=38) ggtggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTggg < 5:598417/150‑1 (MQ=38) tggGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCGCGAGTGGCCCCGTGGTCGGAGCTTCTCATCCGTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGTTTCGTTGGGa > 5:376604/1‑149 (MQ=14) gggggAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCGGCCGCAACCCACTCACGCGGGCGCTCCAGGGGCACCGTGGTCGCAGCATATCATACATGCCCCCAAGGGCAGCATATTTAATTTCGGGTTGGTTGGGAAGt > 1:578542/1‑151 (MQ=9) gAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAg < 8:415739/151‑1 (MQ=255) aaGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAgg < 5:1216033/151‑1 (MQ=255) gATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGAc < 2:807926/151‑1 (MQ=255) gATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTATAATACTTACCCCCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTAGTTTGGAAGTTAAGGGa > 3:732635/1‑150 (MQ=14) aCTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCAAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCGTGGGCAGCATATTTTATTGCGGATTCGTTGGGCAGTTCAGGGGCtttt > 6:372712/1‑151 (MQ=11) cTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTTCCTGCGGCAACCCTATCTAGCTGGCGCTGGACTCGAACCTTTGTGGAAGCATCTAATACATCCCCCCCAGGGCAGAATATTTAATTTCGGGTTAGTTGGGGAATTCAGGGACgtttt > 4:282795/1‑150 (MQ=9) tCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAAAGCTCTCTCGCTGGCGCGCGAGTCGAACATTGGTCGAAGCTTATAATCCGTAACCGCATGGGCAGAAAATTTAAATGCGGATTCGGTGGGTAGTTAAGGGACTTTTg > 8:248944/1‑150 (MQ=14) gcAGCGCGGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCTTTAACGCTCTCTCGCTGGCGATCGACGCGAACCTTTGGCGAAGCTTCTCATCATTCCCCGCATTGGCAGAATATTTCATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGa < 6:1008102/150‑1 (MQ=14) cAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGa < 2:623473/150‑1 (MQ=255) cgcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGTCGCTCGAGGCGAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtgg < 7:1276054/151‑1 (MQ=255) gcgcTTCGCCCTTCGGGTCGTTGGCTGGGGCCACCCTCTCTCGCGGGCGCGCGCGTCGCACCGTGGGCGCAGCGTGTCAGCCGTCCCCGCCGGGGGGGAATATTTAATTTGGGAGTGGGTGGGGAGGTGAGGGGCGTTTGTAATtggtggg > 2:383830/1‑150 (MQ=2) gccgagctccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGAtggt < 5:434589/142‑1 (MQ=255) ggCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGTAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTggg < 1:759730/150‑1 (MQ=255) ccTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCTAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGa < 7:374409/151‑1 (MQ=255) cTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGAGTTTTGAAAGTGATGGTGGTgggggt > 5:243062/1‑149 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGAtt > 1:657637/1‑150 (MQ=255) gTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGCCAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTc < 2:863212/151‑1 (MQ=255) gTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGGCGAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGaa < 6:1049758/151‑1 (MQ=255) 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gCGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGCCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGCAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGa < 4:1038936/151‑1 (MQ=255) cGGCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGGCGAACCTTTGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGGTGGCCAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGaa < 8:1055816/151‑1 (MQ=14) gCAACGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGGCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTCATTGCGGATTCGTTGGTCAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGt < 1:998764/151‑1 (MQ=255) aaCGCTCTCTCGCTGCCGCTCGAGGCGAACCTTCGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGCTGGCAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCg < 8:840481/151‑1 (MQ=255) aaCGCTCTCTCGCTGACGCTCGAGCCGAACCTTAGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTGGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGCTTCgtcactgcgcgcccg > 8:164877/1‑137 (MQ=14) 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4:1355542/1‑150 (MQ=2) ggCAGAATATTTTATTGCGGATTCGTTTGTAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCa < 4:476744/151‑1 (MQ=255) gCAGAATATTTGATTGCGGATTCGCTTGAGAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCCTCACATCGGAGAGCATCCCGGGTGCGTTACTTTCTGGGCCCTTGGGGCGCTCGGGACCCCCCCCA‑GGGGTAATTct > 6:1227155/1‑149 (MQ=2) gCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCTAACATTCGAAGACGATCACGCCACATTTACAGTCTGCTCCCTATGGACGCTCGGGAACCCAACAA‑TCGGTAATTCa > 4:1140283/1‑150 (MQ=21) cAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAcc > 6:596120/1‑132 (MQ=255) cAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAAcc < 7:598341/132‑1 (MQ=255) 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atTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTATAACATTCTAAGAAGATCACCCCAGATTAACATTCTGCTCCCTATGTACGCTCGGGAACCCAACAA‑GCGGAAATTAAAATTTTg > 1:1166239/1‑150 (MQ=18) aattatatGCCGATGCCTTCGGAAGTTCAGGGTCTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGaa < 5:49631/117‑1 (MQ=17) tttAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCTTCCATTCGAAGTCGATGACGGGTGGTTTCCATTCTGCTCCCTTTGGGCTCTCGGGATCCCCCCCA‑GGGGTAATTCGAATTTTg > 2:972354/1‑149 (MQ=21) tAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTGAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCACGGGGTAAt > 8:286800/1‑138 (MQ=255) tAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCa > 6:210182/1‑87 (MQ=255) tAATTGAGGATTCGTTTGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTTATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCa < 7:211676/87‑1 (MQ=255) 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ttGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCTAACATTCGAAGTCGATGACGGCACATTTACAGTCTGCTCCCTTAGTACGCTCGGGAACCCCCCCA‑GCGGAAATTCAAATATTGAGGTAATGCTTGACAtct > 1:27543/1‑149 (MQ=21) tGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACATTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGTACGCTCGGGAACGCCCCAA‑GGGGTAATTAAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGAtggt > 3:119506/1‑151 (MQ=21) | GGTGGTGGGGGAAGGATTACTCAGCGCTGCGCGCTTCGCCCTTCGGGTCGTTGCCTGCGGCAACGCTCTCTCGCTGGCGCTCGAGTCGAACCTTGGTCGAAGCTTCTCATCCTTCCCCGCATGGGCAGAATATTTAATTGCGGATTCGTTGGGAAGTTCAGGGACTTTTGAAAGTGATGGTGGTGGGGGAAGGATTCGAACCTTCGAAGTCGATGACGGCAGATTTACAGTCTGCTCCCTTTGGCCGCTCGGGAACCCCACCA‑GGGGTAATTCAAATTTTGAGGTAATGCTTGAGATGGTG > NC_000913/1287067‑1287367 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |