| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,560,996 | 0 | G | T | 24.4% | 753.1 / 89.6 | 412 | intergenic (+98/‑372) | yffL/yffM | CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein/CPZ‑55 prophage; uncharacterized protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (168/142); new base T (43/57); total (213/199) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.53e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 414 total aligned reads displayed.
AAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCCG > NC_000913/2560846‑2561145 | aaaGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCg > 1:1155674/1‑151 (MQ=255) aGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 8:282101/151‑1 (MQ=255) gCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTg < 4:876247/150‑1 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCATAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt > 4:918694/1‑151 (MQ=255) aaCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGt > 4:1653478/1‑151 (MQ=255) aCGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc < 2:1121922/151‑1 (MQ=255) cGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTTGGGTAAAAATTTGACTTTAAGGAGTGTc > 2:370660/1‑150 (MQ=255) gAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCAGTTTAGGAGTGTCa > 2:288942/1‑150 (MQ=255) aaTACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa < 8:738078/151‑1 (MQ=255) tACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCaaa > 6:1686348/1‑149 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt < 3:1387282/151‑1 (MQ=255) ccAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGtt > 6:1021644/1‑151 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATGAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTg < 3:1589738/151‑1 (MQ=255) cAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTGTCAAAAGTTg > 4:690658/1‑151 (MQ=255) gTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTGAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGcc > 7:1272154/1‑151 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGACg > 7:1379634/1‑151 (MQ=255) ttattaTTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTga > 7:238113/1‑148 (MQ=255) tattatTCAAGCCGTACAACATGATATAACGGAATCAGGCGTGCAATGTTGCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTGCATGTATTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGGGGGTCAAAAGTTGcgg < 2:493655/150‑3 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAATTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGtt < 6:936699/151‑1 (MQ=255) attattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGCTGGGTAATAATTTGCCTTTAAGGCGGGTCTAATGTTGACGtt > 1:706215/1‑151 (MQ=255) tattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGTCTCAAAAGTTGCCGTAAAGGGGGGTCAAAAGTTGACGtgt > 3:1028986/1‑148 (MQ=255) tattCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTa < 8:523744/150‑1 (MQ=255) attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTaa < 8:1501684/150‑1 (MQ=255) attCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGAGGGTAAAAATTTGCCGTAAAGGAGGGTCAAAAGtttaagtgaac > 3:1725733/1‑142 (MQ=255) cAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTGGGTCAAAAGTTGCATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTgaagtgaacggg > 5:1322533/1‑140 (MQ=39) gCCGTACAACATGAAATAACGGACTCAGGCGGGCACTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGGGGGGCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGGCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGt < 5:667807/151‑1 (MQ=255) gCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCAGTTAAGGTgggg > 6:479894/1‑150 (MQ=255) gCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCCTTAGAGAAGGGTCAAAAGATGCCGTAAAGCAGCCTCAAATGTTGAAGTAAaggtaggt > 5:1865967/1‑151 (MQ=255) ccGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTc < 1:1406366/151‑1 (MQ=255) cGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTATTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCCAAAGTTGCCGTGTAGGTggggcg > 2:1641561/1‑148 (MQ=255) tACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATAGTGGTGGGTCAAATTTTGCCGTTTAGGAGGGGGAACAGTTTCCGCTTAGGGGGCTcta > 4:1449495/1‑148 (MQ=255) acaacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaaa < 6:58451/151‑1 (MQ=255) acaacaTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCaaa > 6:1869502/1‑150 (MQ=255) aTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGAGGCTCAAAATTTGCAGTGAACGGGTCTCAAAATTTg > 3:1063011/1‑150 (MQ=255) aTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGc < 1:1683670/151‑1 (MQ=255) aTGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTACTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTAAAATTTTGGCTTAAAGGTGGGTGAAAAGTTGc > 1:885570/1‑151 (MQ=255) aaaTAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGa < 7:827932/151‑1 (MQ=255) cGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCAGTTAAGGGGGGGGAAAAGTTGCGGAGTAAgc > 7:712817/1‑150 (MQ=37) ggactcgtgCGGGCAATGTGCCCGGATTTTCTTTGCGTTCATTTCATGAATTCTTTTGGGTTAAAAGTTGGCCTTACTGGTGGGTAAAATCTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGaa < 4:624844/143‑1 (MQ=19) aaTCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTGAAATTTTGCCGAGTAAGAAtt > 4:1682542/1‑151 (MQ=255) gccggagggCAATGTTCCCGCCTTTTCTATGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTct < 4:792392/145‑1 (MQ=255) cAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGTGTAAAAATTTGCAGTTAAGGGGGCGCAAATGTTGGAGAGTAAGCATTcgt > 1:311951/1‑149 (MQ=37) aGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGTCAAAAGTTTCCGAGTAAGAATTcta > 4:1364072/1‑150 (MQ=255) tggCATTGTTCCAGTCTTTTGTTTTCCTTAATTAAATGAATTCATTGTGCTAAATATTTGCCTTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTAt < 8:1383750/149‑1 (MQ=16) cAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGCTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGACTAGTAAGAATTCTACTATTaa > 7:1600714/1‑150 (MQ=38) aaTGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTGAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAACTTTGAATAGTAAGATTTCTACTATTa > 6:683329/1‑148 (MQ=38) aaTGTTCCAGCGTTTACTTTTCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGTGTCAAAAGATCCCGTTACTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGa < 6:1152814/151‑1 (MQ=25) ttttCCCGCCTTTTCTTTTCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGACAAAAGTTGCCTTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGaa < 5:1351388/148‑1 (MQ=255) tttcgagCCTTTTGTTTGCCTTAAATCAATGAATTCAGGTGGGACAAAAGCCGCCGTTAGTGGGGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAAt < 1:477559/144‑1 (MQ=37) ttCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGACGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAttt > 7:1078300/1‑150 (MQ=255) ttCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTAAAAATTTGGCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAAtt < 5:862725/150‑1 (MQ=255) atCCAGCCTTTTGTTTCCCATTATTCCATGAATTCCTTGGGGTCAAAAGAAGCCATTATTGGTGGGTAATATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAAtt < 1:211415/149‑1 (MQ=21) tCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTCAGTTAAGGTGGGTGAAAAGTTGACGAGTAAGAATTGTACAATTAAGAtttat > 4:36785/1‑149 (MQ=37) cGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGAGTGTGAAAAGTTGACGTGAAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGAGCAACCAGTGTACAATTATGAATtatatg > 6:33950/1‑149 (MQ=25) gCCTTATCTATTCCTTAATTCAATGAATTCAGGTGGGTCTAAAGTTGCCTTTACTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGc < 3:621583/151‑1 (MQ=37) ttttCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGAc > 4:154810/1‑151 (MQ=255) cTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGGCAAAAGTTGACGCGTAAGAATTGTACAATTAAGAATTATACGCGACggg > 4:1094485/1‑150 (MQ=37) ttccTTAATTCCATGAATTCAGGGTGGTCAAAAGTTGGCGTTAGTGGTGGGTCAATAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGt < 8:810731/148‑1 (MQ=38) gCCTTAATTCCATGAATTCAGGGGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGttt < 5:1036389/151‑1 (MQ=255) ccTTTATTTCATGAATTCAGTGGGCTCCAAATTTGGGGTTAGTGGGGGGTCTATAGGTGCCGTTACGTTGGGTCAAATGTTGCCGTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGttt < 6:1521049/150‑1 (MQ=255) ccTTAATTCCATGAATTCAAGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGATTTCTAGGCGACGGGAGtttt > 7:1455646/1‑151 (MQ=255) cTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAATGGTTTGTCAAAAGTTGCAGTGAAGGAGTGTCAAAATTTTGAGAGAAGGAGGCTGAAAAATAGCCAAGAAACAATACTAAAATAAAAAATAATAGGCGTCGAGAGatttt > 3:193853/1‑151 (MQ=255) ttAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAATTTGCCGGTTAGGTGGGTCAAAATTTGCCGAGTAAGAATTCTACTTTTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGtgtttt > 2:1378222/1‑151 (MQ=37) aaTTCCATGAATTCATGTTGGACAAAAGTTGGCTTTATTGGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAg < 5:1613145/151‑1 (MQ=37) aatacATGAATTCAGTTGGCTCTAAATTTGGCTTTATTGGTGGGTAAAATCTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGc < 5:428252/147‑1 (MQ=25) aatCCATGAATTCATGTGGGTAAAAATGTCGCGTTTCTGGTGGGTAAATAGGTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGc < 5:952540/149‑1 (MQ=25) aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGCTCAAAAGTTGCCGAGTAAGGATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGc > 4:1237754/1‑151 (MQ=255) aTTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGc > 4:1830676/1‑151 (MQ=255) aTTCAATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGGCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGc < 7:1888054/151‑1 (MQ=255) ccATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAATTTGCCGTGAAGGTGGGTCAAAATTTGACGAAAAGCTGGCTCAAATGTTGCCGAGAAACAATTCGACTATTATGAATTCTACGCGCCGGGAGATTTTTacactc > 4:541854/1‑146 (MQ=21) aTGAATTCCGGGGGGTCAACAGGTGCCGTTCGGGGTGGGTCAAACGCTGCCGTTACGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTCAGGTGGGGCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTccc < 1:1431944/151‑1 (MQ=255) tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTTACGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTAATATTAAGAATTATAGGCGACGGGAGTTTTATAgtgtgccg > 2:637916/1‑144 (MQ=37) tGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGATAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGAGGGGCAAAAGTTTACGTTTAGGGGGCTCAAATGTTGACGAGTAAGAATTCTACTATTATGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCttcgg > 4:1171938/1‑147 (MQ=37) gaattcatttgcccaaaaaGCTGGCGTTCGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcgg < 5:1103501/136‑1 (MQ=37) aTTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCcggtc < 7:1721913/151‑1 (MQ=255) gTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGCTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGcataaagatcggtaat > 8:1861622/1‑136 (MQ=37) gggcAAAAGTCGCCCTTACGGGTGGCTCAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATaga < 4:196763/148‑1 (MQ=37) ggTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTAAAAAGTTCCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGCTGAAAAGTTTCCGAGAAAGAATTCTACTATAAAAAAATCAAAGCGACGCGAGTTATTTAGACTACCGCTCCGTCaa > 2:801238/1‑147 (MQ=21) gTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATag > 7:438734/1‑149 (MQ=255) gTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGACTCCCGGTCGGTCATag > 6:1355210/1‑149 (MQ=255) ataaaTTTGGCTTTATTGGTGGGTAAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATagagag < 8:237800/149‑1 (MQ=37) atattttGGCGTTATTTGTGGGTCAATTGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCAGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGt < 5:590976/146‑1 (MQ=38) aaaaTTTGGCTTTAGTGGTGGGTCAATAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAATGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGt < 2:838468/151‑1 (MQ=38) aatgTTGGCTTTATTGTTGGGTAAATAGTTGCCTTTAAGTTGGTTCAAAAGTTGCATTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTc < 3:378835/148‑1 (MQ=255) aatttgggtttATTGGTGGGTATATTGTTGCCGTTTAGGTGGGTTAAATGTTGGCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCg < 2:1790338/142‑1 (MQ=255) aatttGCCGTTATTGTTGGGTAAAAAGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCg < 8:1159423/148‑1 (MQ=255) aaGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCg > 7:1759129/1‑151 (MQ=255) ttGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGGCATAGAGAGGCGGCt > 1:1542341/1‑151 (MQ=255) gccttACTGGTGGCTAAAATGTTGCATTTAATGTGGGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTaga < 2:1021881/148‑1 (MQ=38) ccGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCt > 6:140516/1‑148 (MQ=255) gTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGt > 1:597279/1‑151 (MQ=255) gTTAGTGGTGGGTCAAAAGGTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGt < 7:489751/151‑1 (MQ=255) ttATTGGTGGGTAAATAGTTTCCTTTAATTTGGGTCAAATGTTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTagag < 3:729937/149‑1 (MQ=38) ttgtggtgGCACAATAGTAGCCGTTAATTTGGGTCAAATGTTGCCGTTTAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGtt < 1:181099/148‑1 (MQ=255) gtggGTAAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag < 5:1667568/151‑1 (MQ=255) gggggTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACag < 1:101051/149‑1 (MQ=255) ggggtaatttgTTGCCGTTTAGGTGGGTCAATAGGTGGAGTTAAGGTGTGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACaga < 3:1217250/141‑1 (MQ=255) ggggTCAAAAGCTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGGTGCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACaga < 6:1762491/150‑1 (MQ=255) aggtGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattatt < 7:959333/148‑1 (MQ=255) aGTTGCCTTTAATGTGGGTCAAATGTTTCCTTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAattatt < 3:83202/151‑1 (MQ=255) | AAAGGGAGTGCAACGAATACCAGTTATTATTCAAGCCGTACAACATGAAATAACGGAATCAGGCGGGCAATGTTCCCGCCTTTTCTTTGCCTTAATTCCATGAATTCAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAGTGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGTTAAGGTGGGTCAAAAGTTGCCGAGTAAGAATTCTACTATTAAGAATTCTAGGCGACGGGAGTTTTTTAGCCTCCCGGTCGGTCATAGAGAGTCGCCTAGAGTTAAACAGAAGAATTATTTCGCCG > NC_000913/2560846‑2561145 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |