| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 1104115 | 5 (0.010) | 363 (0.830) | 202/298 | 0.2 | 96.5% | coding (165/456 nt) | csgB | curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex |
| ? | NC_000913 | 1104420 = | 21 (0.050) | intergenic (+14/‑27) | csgB/csgA | curlin nucleator protein, minor subunit in curli complex/curlin subunit, amyloid curli fibers, cryptic | |||||
Only 100 of 373 total aligned reads displayed.
GTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCTCAAAACTTTTGGCGGTTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAACCTTGCATATATTGATCAGGCGGGCAGTGCCAACGATGCCAGTATTTC > NC_000913/1103965‑1104264 | gTTATTTATGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTAAT > 1:634682‑M1/1‑151 (MQ=255) ttatttatGATGTTAACAATACTCGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCACGCAGCCATAATAGGACAAGCTGCGACTAATt > 4:43173‑M1/1‑150 (MQ=255) tatttatGATGTTAACAATACTGGGTGCGCCTGGGATTGCAGCCGCAGCAGGTTATGATTTAGCTAATTCAGAATATAACTTCGCGGTAAATGAATTGAGTAAGTCTTCATTTAATCAGGCAGCCATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATtt > 4:260798‑M1/1‑149 (MQ=255) 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ccATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATtttaaatcaatccgatgggggttttacatgaaacttttaaaagtagcagcaattgcagcaatcgtattctccggtagcgctctggcaggtgttgttcctcagtacggcggcggcggtaaccacgg > 1:1053734‑M1/1‑26 (MQ=255) cATAATTGGTCAAGCTGGGACTAATtttaaatcaatccgatgggggttttacatgaaacttttaaaagtagcagcaattgcagcaatcgtattctccggtagcgctctggcaggtgttgttcctcagtacggcggcggcggtaaccacggt > 3:1372309‑M1/1‑25 (MQ=255) aaTTGGTCAAGCTGGGACTAATtttaaatcaatccgatgggggttttacatgaaacttttaaaagtagcagcaattgcagcaatcgtattctccggtagcgctctggcaggtgttgttcctcagtacggcggcggcggtaaccacggtggt < 3:1111464‑M1/151‑130 (MQ=255) aaTTGGTCAAGCTGGGACTAATtttaaatcaatccgatgggggttttacatgaaacttttaaaagtagcagcaattgcagcaatcgtattctccggtagcgctctggcaggtgttgttcctcagtacggcggcggcggtaaccacggtggt < 2:358088‑M1/151‑130 (MQ=255) aaTTGGTCAAGCTGGGACTAATtttaaatcaatccgatgggggttttacatgaaacttttaaaagtagcagcaattgcagcaatcgtattctccggtagcgctctggcaggtgttgttcctcagtacggcggcggcggtaaccacggtgg < 5:1136571‑M1/150‑129 (MQ=255) tGGTCAAGCTGGGACTAATtttaaatcaatccgatgggggttttacatgaaacttttaaaagtagcagcaattgcagcaatcgtattctccggtagcgctctggcaggtgttgttcctcagtacggcggcggcggtaaccacggtggtgg < 5:714335‑M1/150‑132 (MQ=255) tGGTCAAGCTGGGACTAATAATAGTGCTCAGTTACGGCAGGGAGGCTCAAAACTTTTGGCGGTTGTTGCGCAAGAAGGTAGTAGCAACCGGGCAAAGATTGACCAGACAGGAGATTATAACCTTGCATATATTGATCAGGCGGGCAGTGcc > 4:519642/1‑151 (MQ=255) cAAGCTGGGACTAATtttaaatcaatccgatgggggttttacatgaaacttttaaaagtagcagcaattgcagcaatcgtattctccggtagcgctctggcaggtgttgttcctcagtacggcggcggcggtaaccacggtggtggcggta < 3:1584501‑M1/151‑137 (MQ=255) aGCTGGGACTAATtttaaatcaatccgatgggggttttacatgaaacttttaaaagtagcagcaattgaagcaatcgtattctccggtagcgctctggcaggtgttgttcctcagtacggcggcggcggtaaccacggtggtggcggtaat < 2:223632‑M1/151‑139 (MQ=255) gCTGGGACTAATtttaaatcaatccgatgggggttttacatgaaacttttaaaagtagcagcaattgcagcaatcgtattctccggtagcgctctggcaggtgttgttcctcagtacggcggcggcggtaaccacggtggtggcggtaata < 8:1577246‑M1/151‑140 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |