| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 781446 | 232 (0.580) | 74 (0.210) | 39/260 | 23.0 | 22.5% | intergenic (+2/‑131) | lysZ/lysQ | tRNA‑Lys/tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 2521487 = | 310 (0.890) | intergenic (+159/+106) | lysV/xapR | tRNA‑Lys/transcriptional activator of xapAB | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
Only 100 of 155 total aligned reads displayed.
GGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/781277‑781446‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atcctgcacgacccaccaatGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGTC > NC_000913/2521487‑2521635 GGCCCGTAGGTCGAGCGAATCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGGCCCGAGTAAAAATCTTTCATGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAA < 4:82869/151‑1 GCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAGATCATACAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTAAGTAGGTAGATCAATTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAA > 2:1383488/1‑150 CCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACGTTTAATCAATTGGTAGCAGGTTCGAATCC > 5:1024152/1‑151 CCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTATCAGGTAACACCCGAATGAGTCGTTACCTAAGTAGGTAGAACAGTTGAATATTAATCAATTGCTAGCACGTACGAATC > 4:604491/1‑150 CGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCGCGAGTAAAAATCATTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGCCTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGACTCCT > 8:169828/1‑151 CGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTAAGGTAACACCCGTATGGGGCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGGAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGACTCCT > 5:359785/1‑151 GTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCGTACAGGTAACACCCGGATGGGTGGTTAGCTCAGTTGGGAGAGCAGTTGACATTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTG > 4:514846/1‑151 AGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCA < 8:1566570/151‑1 AGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTAAGTAGGTAGAGAAGTTGAATTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATaatga > 3:1085625/1‑145 AGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATATTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTAGGTAGAGCAGTTGACTTTAAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGC > 3:1567213/1‑150 ggtcgtGCGAAGGGAGTCAGCGTGCACGCCACACCAATCTTAACGAGTGGGCCGGAGTAAACATCTCTCACGTAACACCCGCACGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCAC < 7:677785/145‑1 gtCGAGCGAAGCCAGTCATCCTGCACTACCCCCCAATCATAACGATTGGCGCGGAGTTAAAATCACTCAGGCACCACCCGTAGGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACG < 5:1001287/149‑1 GGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCACTCATAACGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCATGAAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACG < 8:650925/151‑1 GAATCGCGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTAAAAGATGGGCCCCGAGTAAAAATCATTCCGGAAACACCCGTATGGGTCTTTAGCTCAGTGGGTAGAGCAGTTGACCTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACC < 7:59283/151‑1 AAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAAGTAAAAACCGTATGGGTCGTCAGCTCAGTTGGTATATAAGTTGAATTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACC > 3:355675/1‑150 AGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTACCACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTACAGCAGTTGCCTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGT > 7:1219557/1‑150 AGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGACTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACATTTAATCAAATGGTCGCAGGTTCGAATCCTCGACGACCCACCAATat > 7:1428224/1‑148 GTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAGAAATCTTTCGGGTACCAGCCGTAAGGGGCGTAAGGTCAGGTGGTAGAGCATTTGCCGTTTAATCAATTGCTCGCAGGTTGGACTCCTGCCCGCCCCACCAATGTA > 5:1437147/1‑150 TCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTATCAGTTAACACCCGTAAGGGTCGTTAGCTAAGTTGGTAGAGCATATGAATTTTAATCAATTGGTCGCATGGTCGAATAATTAACGACCCACCAATGTAA > 2:11415/1‑150 TCATCCTGCACGACCCACCAATCTAAAAGATTGGCCGCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACGAGCGTATGGGTCGTTAGCTCTGTTGGTACAGCAGTTGAATTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAA > 7:1056975/1‑150 cctatctttggcgCACGAATCTTAAAGATTGGCGCCTTGATAATTTCTTTCTGCTAACCCCGGTAGGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAA < 5:805861/138‑1 ATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGGTGGTAGAGCAGTTGAATTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGCCCCCCCAATGTAAAgg > 6:837326/1‑149 acctccCGAACCACCAATCTTAAACAGAGCACCCTCCTAAAAATCTTTCCGCTAACCCCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAG < 6:428031/145‑1 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1:147944/1‑147 GACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTt > 5:1049403/1‑150 CCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAAAAGagaactgct > 7:1384375/1‑141 CACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCACTAAAGG > 8:897374/1‑151 acgAATCTTATAGATTGGAGCCTAGTAAAATTCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGC < 1:894450/148‑1 ACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAA > 3:1407128/1‑137 CAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAAAAGAGAACTAAAag > 3:587229/1‑146 AATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAATCAGCGACCTGAAGGCGa > 5:365190/1‑149 AATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGAACTAAAGGCGCT > 2:969683/1‑151 CTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCTCCCTAAAGGAGCTTTT > 8:968301/1‑151 TAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGGCCTAGAGGCGCTGTTTT > 5:483367/1‑151 atAGATTGGACCCGAGTAAAAATCTTTCAGTTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTG < 2:1046418/149‑1 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6:1414938/1‑151 CACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCCCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACC > 4:922176/1‑151 CACGACCCACCAATCTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACC < 6:197735/151‑1 CGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCAT < 1:1140786/151‑1 GACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATC > 6:1333629/1‑151 GACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATC < 6:1399181/151‑1 GACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATC > 2:1484924/1‑151 GACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATC < 6:475050/151‑1 ACCCACCAATGTAAAAATGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCG < 2:200466/151‑1 CCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGC < 1:110152/151‑1 CCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCG < 5:677869/151‑1 CCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCG > 3:892847/1‑151 ACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGG < 6:516907/151‑1 CCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCATTTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGC > 4:69044/1‑151 CCAATGTAAAAAAGCGACCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGC < 1:475847/151‑1 CAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCG > 3:231730/1‑151 ATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGTC > 1:95709/1‑151 TGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGTC > 8:594855/1‑150 GGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/781277‑781446‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atcctgcacgacccaccaatGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGCAATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGTC > NC_000913/2521487‑2521635 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |