Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 1,862,476 | T→C | intergenic (‑47/‑295) | msrB ← / → gapA | methionine sulfoxide reductase B/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase A |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 1,862,476 | 0 | T | C | 94.5% | 1512.3 / 47.6 | 436 | intergenic (‑47/‑295) | msrB/gapA | methionine sulfoxide reductase B/glyceraldehyde‑3‑phosphate dehydrogenase A |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base T (13/11); new base C (227/184); total (240/196) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.13e-01 |
Only 100 of 436 total aligned reads displayed.
CGACCCGTAAATGGCGGCTCTGTCCCATGATTCTGCGTCACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAACATTAACACCAACTGGCAAAATTTTGTCCTAAACTTGATCTCGACGAAATGGCTGCACCTAAATCGTGATGAAAATCACATTTTTATCGTAATTGCCCTTTAAAATTCGGGGCGCCGACCCCATGTGGTCTCAAGCCCAA > NC_000913/1862329‑1862623 | gACCCGTAAATGGCGGCTCTGTCCCATGATTCTGCGTCACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTACAGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTATAATCGTGCTCACATTACGTCACTGATTCCAAc > 2:1004151/1‑150 (MQ=255) cccGTAAATGGCGGCTCTGTCCCATGATTCTGCGTCACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCCAACaaa < 4:1152074/151‑1 (MQ=255) cGTAAATGGCGGCTCTGTCCCATGATTCTGCGTCACGTAAAACTGCATCTCGGACAAATTTTTTTTCAGTTCTTCTGCCGAAGGTTTATTAGCCATTTGCTCACATCTCACTTTAATCGTGCTCACATTACGTGACTGATTCTAACAAAAc > 6:350473/1‑151 (MQ=255) 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Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |