| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 2,111,259 | Δ1 bp | coding (718/900 nt) | rfbD ← | dTDP‑L‑rhamnose synthase, NAD(P)‑dependent dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,111,256 | 0 | G | . | 96.5% | 1917.7 / 70.8 | 436 | coding (721/900 nt) | rfbD | dTDP‑L‑rhamnose synthase, NAD(P)‑dependent dTDP‑4‑dehydrorhamnose reductase subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/10); new base . (197/220); total (204/232) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.31e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.23e-01 | |||||||||||
Only 100 of 457 total aligned reads displayed.
GAGCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCC > NC_000913/2111107‑2111401 | gAGCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAg < 5:50244/150‑1 (MQ=255) gCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAggga < 2:1124580/151‑2 (MQ=255) aTTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGCCGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAgggaat > 7:1407166/1‑148 (MQ=255) aTTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAgggaat > 7:1144760/1‑148 (MQ=255) cGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGcc > 3:676608/1‑151 (MQ=255) gTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCTCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCt < 5:1196555/151‑1 (MQ=255) gTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCt > 4:978108/1‑151 (MQ=255) ttCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTg < 2:1262080/150‑1 (MQ=255) tCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGc < 7:911763/150‑1 (MQ=255) cGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTg > 2:901264/1‑151 (MQ=255) ccAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTgcg < 7:441707/151‑1 (MQ=255) ccAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTATTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGAACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTgcg > 2:193459/1‑151 (MQ=255) cAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTgcgc > 2:1007088/1‑151 (MQ=255) aCCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTgcgcgc < 5:1685743/151‑1 (MQ=255) ccTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGcc > 7:744572/1‑151 (MQ=255) tGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCctc > 4:120149/1‑151 (MQ=255) gCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCctct < 4:331109/151‑1 (MQ=255) ccAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGCGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCtt < 6:1640490/151‑1 (MQ=255) cAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCtt < 7:154244/151‑1 (MQ=255) cAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTc > 1:1646594/1‑151 (MQ=255) cAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTc > 1:1250339/1‑151 (MQ=255) gTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCaa < 2:1201071/151‑1 (MQ=255) gTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCaa < 3:318736/151‑1 (MQ=255) cAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCaaa < 1:652861/150‑1 (MQ=255) gCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTTGGATATGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTAGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAAcc > 6:860864/1‑151 (MQ=255) aaGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAAcc > 6:493334/1‑149 (MQ=255) aGACAAGATCATAGTTCTTGTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACTAGGTGCTGTTGTAGGATAGGCTTTTGTTGTTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCTA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGGCTGTTCAAATACCAgc < 4:1674307/151‑1 (MQ=255) cAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAgcgc > 1:947714/1‑150 (MQ=255) cAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCgca < 1:1009906/151‑1 (MQ=255) gcAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCAt > 3:98942/1‑150 (MQ=255) cAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATa > 4:1300134/1‑150 (MQ=255) aGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCg < 6:31406/151‑1 (MQ=255) gTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGt < 4:877011/151‑1 (MQ=255) ttCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGt > 1:69739/1‑150 (MQ=255) tCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTa > 6:1674007/1‑150 (MQ=255) ctgctgAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTAcc > 7:252710/1‑151 (MQ=255) tgAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGt > 3:167165/1‑151 (MQ=255) aaaTTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTtg < 1:1083439/151‑1 (MQ=255) aaTTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTAGCAGGTtgt > 6:1086999/1‑151 (MQ=255) aTTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTtgtg < 3:1509253/151‑1 (MQ=255) tCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTa < 5:1124937/150‑1 (MQ=255) tCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTAcc > 2:1590240/1‑151 (MQ=255) tCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTAcc > 6:701485/1‑151 (MQ=255) 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aaGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCt > 2:688808/1‑150 (MQ=255) aGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTAc < 5:1464470/151‑1 (MQ=255) cGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCa > 4:1477575/1‑150 (MQ=255) gagaGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCaa > 3:1377958/1‑150 (MQ=255) gagaGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCaa > 2:976121/1‑150 (MQ=255) agagTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAAt > 7:172322/1‑151 (MQ=255) gagTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATg < 2:283319/151‑1 (MQ=255) tATGTGGACGACGAGCTTGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTa < 3:945797/150‑1 (MQ=255) tgGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACCGGCTACCAAATGGTACAAGc > 6:780718/1‑151 (MQ=255) ggACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGcc < 6:155933/151‑1 (MQ=255) 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aGTGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATcagc > 5:1382798/1‑151 (MQ=255) tGCAA‑GGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATcagcc > 5:94864/1‑150 (MQ=255) | GAGCATTCGTTTCACGCCAACCTGCCAGTCAGGCAAGACAAGCGCAAAGTTCTGCTGAAATTTTTCTGTATTAAGGCGAGAGTTATGTGGACGACGAGCTGGTGTAGGATAGGCTGTTGTTGGTACTGCGTTGAGCTTGTTGAGTGCAAGGGGAATGCCTGCTTTGCGCGCCTCTTCAAAAACCAGCGCAGCATAATCGTACCAGGTTGTGGTACCACTGGCTACCAAATGGTACAAGCCTGCGACATCCGGTTTATTCAGTGCGACACGAATGGCATGTGCTGTACAATCAGCC > NC_000913/2111107‑2111401 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |