| New junction evidence | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | reads (cov) | reads (cov) | score | skew | freq | annotation | gene | product | ||
| * | ? | NC_000913 | = 781446 | 242 (0.570) | 56 (0.150) | 40/260 | 28.3 | 17.4% | intergenic (+2/‑131) | lysZ/lysQ | tRNA‑Lys/tRNA‑Lys |
| ? | NC_000913 | 2521487 = | 323 (0.880) | intergenic (+159/+106) | lysV/xapR | tRNA‑Lys/transcriptional activator of xapAB | |||||
| Rejected: Coverage evenness skew score above cutoff. | |||||||||||
| Rejected: Frequency below cutoff threshold. | |||||||||||
Only 100 of 166 total aligned reads displayed.
GGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/781277‑781446‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atcctgcacgacccaccaatGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGC‑AATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGTCA > NC_000913/2521487‑2521636 GGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAA < 8:560087/151‑1 CCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC > 8:1483953/1‑151 GTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATagtg > 7:337120/1‑147 AGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAATATATTTCAGGTAACACCCGTATGTGTCGTTAGATCAGTTTGTATAGCATTTTACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCA < 6:1192884/151‑1 GCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGGCGGTCGCGCAGTTGGTAGAGCAGTTGCCTTTTAATCACTTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACG > 3:585051/1‑150 GCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAAGCTTTCAGGTAACACCCGTATGGCTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGCCTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACG > 3:584346/1‑150 CGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTATCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGAGTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGAC > 8:901433/1‑151 GAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGACCCGAGTAAAAATCTTTGAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGGTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACC > 8:1596164/1‑151 AGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCC > 4:273255/1‑151 GCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTTGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGAGTTTTAATCAATTGGTAGAAGGTTCGAATCCTGCACGACCC > 1:902197/1‑150 AAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATATTTCATTTAACACCCGTATGTGTCGTTAGATCAGTTGGTAGATCAGTTTACTTTTAATCAATTGTTCTCAGCTTCGAATCCTGCACGACCCACCA < 4:130957/151‑1 AGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGCGCAGTGGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGCATCCTGCACGACCCACaa > 6:640335/1‑148 AGTGATACTCCACGAACCAAGAATCTAACAGATTGGATCCGATTAAAAATCTTTAAGCTAATACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC < 1:1307472/132‑1 AGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCC > 5:1304531/1‑132 TCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGAATTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAc > 3:838590/1‑149 CTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGACGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAAAAGC > 4:1417059/1‑151 ttcctatatcaatAATCTTATAGATTGGCCCCGTGTATATTTCTTTCTGGTAATACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGC < 2:927609/137‑1 GCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCAC > 6:562637/1‑135 cgcacgaacacTCTTAAAGACTGGCCCCTAGTAAAAATCTTTCAGCTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCT < 5:552338/110‑1 CGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCGGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGT < 3:414508/138‑1 CGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGT > 2:416427/1‑138 GACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAATAGCGCCCT > 8:606943/1‑150 ACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCCGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTA > 1:828038/1‑150 catatctTTAAATATTGGACCCTACTAAATATCTTTCTGTTAAAACCGGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGG < 1:1657580/143‑1 ACCAATCTTAAAGACTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTA < 8:253893/133‑1 CAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTA > 4:994959/1‑131 ATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAAAAGCGAACTAAAGGCGCTT > 3:1582965/1‑151 TTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCA > 3:167558/1‑118 ATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCTGACTTAAGGCGCTTTTTTGGTAT > 3:871796/1‑151 CCCTAGTAAATATCTTTCAGTTAACACCGGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAAT < 3:121885/93‑1 CCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTTCT > 7:1343082/1‑143 CCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCT < 4:1349314/143‑1 CGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCTAACTAAATGAGCATTTTTTCTATaacctat > 2:1110499/1‑143 tTAAATATCTTTCTGGTAAGACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATact < 2:874775/149‑4 TAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTTCTATATCCGATactc > 2:1227933/1‑146 taatATCTTTCTGTTAACACCGGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATactca < 2:1592651/146‑6 AAAATTCTTTCAGTTAACACCGGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATactca < 4:740649/150‑6 AAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATTTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCATTTTTGCTATCTCCGATactcaa > 2:1505115/1‑144 AAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCTCACTAAAGGCGATGTTTTGCTATCTGCTATacttaa > 7:852654/1‑144 AAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGGCCTA > 3:206937/1‑118 aCTTGCAGGTAACACCGGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATactcaaagatt < 5:1094571/150‑12 TCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGAC > 2:607833/1‑91 TCAGTTAACCCCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATactcaaagattcga < 7:303215/150‑15 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CCAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGC‑AATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGC < 4:90941/151‑1 CAATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGC‑AATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCG > 6:891691/1‑151 AATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGC‑AATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGT > 7:989549/1‑151 AATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGC‑AATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGT < 6:1525008/151‑1 AATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGC‑AATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGT > 1:1324566/1‑151 ATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGC‑AATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGTC < 8:163016/151‑1 ATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGC‑AATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGTC < 5:1597266/151‑1 ATGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGC‑AATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTATCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGTC > 5:179406/1‑151 TGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGC‑AATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGTCc > 3:1442653/1‑150 TGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGC‑AATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGTC > 2:476017/1‑150 GGCCCGTAGGGCGAGCGAAGCGAGTCATCCTGCACGACCCACCAATCTTAAAGATTGGCCCCGAGTAAAAATCTTTCAGGTAACACCCGTATGGGTCGTTAGCTCAGTTGGTAGAGCAGTTGACTTTTAATCAATTGGTCGCAGGTTCGAATCCTGCACGACCCACCAAT‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑ > NC_000913/781277‑781446‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑atcctgcacgacccaccaatGTAAAAAAGCGCCCTAAAGGCGCTTTTTTGCTATCTGCGATTTGCGAAATTGCCTGATGCGCTTCACTTAGCAGACTACTATTTCCGGC‑AATTCCTGTCTCCTCACCTACTGTGTCAATGCAGCCAACAGCTTAACCATCGCGGGCGTCA > NC_000913/2521487‑2521636 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |