| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,304,522 | 0 | G | T | 28.9% | 126.7 / 76.3 | 115 | intergenic (+129/+586) | eco/mqo | ecotin, a serine protease inhibitor/malate dehydrogenase, FAD/NAD(P)‑binding domain |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (42/39); new base T (21/12); total (64/51) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 118 total aligned reads displayed.
AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATC > NC_000913/2304376‑2304672 | aaCGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCAc < 1:289313/151‑1 (MQ=255) aCGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAcc < 1:749244/151‑1 (MQ=255) aCGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAcc < 2:1333292/151‑1 (MQ=255) cgcgGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAccc > 1:1234640/1‑151 (MQ=255) cgcgGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAccc > 6:751561/1‑151 (MQ=255) gcgGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCAcccc > 8:1612654/1‑151 (MQ=255) gcgGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGACCGAGCCGGTTACCTGATAAGACCCTCGAGAGTCTAATCAGTCATACACAGATGTTAACTGCTCCAccac > 2:664095/1‑149 (MQ=14) ggTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTCCACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGt > 5:683007/1‑151 (MQ=255) gTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTa < 3:1404154/151‑1 (MQ=255) tAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATAAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCga > 1:193319/1‑148 (MQ=255) aGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAgg < 1:1062117/151‑1 (MQ=25) aGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAg < 5:19317/150‑1 (MQ=25) aGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAg < 1:484559/150‑1 (MQ=25) aGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGAGCTACTAATCACGACTACAACGCTATGAATTGCGCCaaaactta > 4:875332/1‑142 (MQ=14) gTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCCTCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCNAGNTGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCCCAGTGAAGTGCGGCACCCCGTAggg > 8:1705744/1‑150 (MQ=255) ttCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACAGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTc > 6:1180838/1‑151 (MQ=19) ttCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTAGAAGCAGGCCTACACCGCTATGAAGTGCTACACCCAGTAGGtg > 6:232588/1‑150 (MQ=11) tCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCTCCCCGTAGGTcg > 7:75010/1‑150 (MQ=16) 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gAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATAAATCCTACACCCCTCTGAAGTGCTCAAACACGTCCGTCAGATAAAGCGGTAAcg > 4:922473/1‑151 (MQ=11) aaGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTATGTCGGATAAGGCGGTTAcgc < 6:1397364/151‑1 (MQ=255) aaGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCAGTGAACGCCTACACCCCGTAGCTCGCTTAACGCGGTTCcgc > 8:543402/1‑151 (MQ=11) aaGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACCCGCGCGCGTCTGAGCAGCCCGACACCGCTGTGAAGTCCTCGCCCCCGTAGGTAGGATAAGGCGGGTAcgc > 3:494945/1‑151 (MQ=14) cgagcgcCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgcc < 1:1467661/148‑1 (MQ=255) aGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCCCGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTCGGATAAGGCgggggcggc > 8:1161252/1‑144 (MQ=255) aGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTTGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTCcgcc > 8:1627546/1‑151 (MQ=255) aGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgcc < 8:39999/151‑1 (MQ=40) gTGCGGCACCCCGTCGGTCAGAGAAGTCGGTCACGCCGCATCCGAGATCCATCGCGCGAGCGGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATGAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccg < 4:1171785/151‑1 (MQ=14) gTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACCAGGCGGGCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccg < 7:789415/151‑1 (MQ=255) gTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccg < 6:54286/151‑1 (MQ=40) gTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGCTCACGCCGCATCCGACATCCAACTCCCGAGACGGTTGTCTGATGCGACTCGGGCTTGTCTTATCATGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccg < 6:1708946/151‑1 (MQ=11) tGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccg > 2:802925/1‑150 (MQ=40) tGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGATAAACCAAGAAGGTCGGATAAGGCGATAAcgacgc > 4:13250/1‑151 (MQ=11) tGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCAGACATACAACGACCGAGCCGGTTTCCTGATAAGACTATGGCTCGTCTTATCAGGCCTACACAGATGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcggatc > 6:103696/1‑147 (MQ=14) ggCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccgc < 1:1351296/150‑1 (MQ=40) gCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTGCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccgcc > 3:255183/1‑150 (MQ=25) gCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccgc < 7:818126/150‑1 (MQ=40) gCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCa < 1:252686/151‑1 (MQ=40) gCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGGCACGCCTCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTAcgccgc < 7:390396/150‑1 (MQ=255) gCGGCACCACGTATGTGAGAGATAGCCGTCAGTCATTATCCGACTTCCATAGCGCGAGCGGGTTGCGGTATTGTACGCTGGCGCGTCTTTTCAGGGCTAAACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCa < 4:573577/151‑1 (MQ=2) cGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACCCCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCa > 5:1218433/1‑150 (MQ=255) cGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCNTATCAGGCCTNCACCGCTGTNAAGTGCTCCANCCCGTAGGTCNGATAAGGCGGTTACGCCGCAt < 5:154842/151‑1 (MQ=255) cGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGAGACGCTGGCGCGTCTTATCAGTCCTACCCCGCTGTGAAGTGCTCCCCCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCAt > 3:580268/1‑151 (MQ=255) cGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGACCGAGCCGGTTGCCTGATACAACGCAAGCGCGTCTTATAAGGAAAAAAACTCACTCAATTGCTACAACACGTAGGTCGGATaatcaatataaaaaaaa > 6:1687460/1‑135 (MQ=2) ggCACCGCGTAGGGGAGACTAGGCGGTCAGGCCGCATCGGTCTTCCATCGCGCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATc < 4:42975/151‑1 (MQ=14) ggCACCCCGTAGGTCAGACAAGCCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATc < 2:590533/151‑1 (MQ=255) | AACGCGGTAGTTCGCTAAACTGCCGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCGGCACCCCGTAGGTCAGACAAGGCGGTCACGCCGCATCCGACATCCAACGCCCGAGCCGGTTGCCTGATGCGACGCTGGCGCGTCTTATCAGGCCTACACCGCTGTGAAGTGCTCCACCCCGTAGGTCGGATAAGGCGGTTACGCCGCATC > NC_000913/2304376‑2304672 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 15 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |