Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,133,175 | G→A | T13I (ACC→ATC) | yghR ← | putative ATP‑binding protein |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 3,133,175 | 0 | G | A | 95.5% | 1385.0 / 34.8 | 422 | T13I (ACC→ATC) | yghR | putative ATP‑binding protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (7/12); new base A (190/212); total (197/225) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.82e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.58e-01 |
Only 100 of 423 total aligned reads displayed.
TCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAGTGTTGTTGCAGCGATTTCACCAGGTCGGTGGTCAGTGTGGATTTACCGGTGCCATCACACCCGACCACCGCAATCAGCCCCGGAATGTAGTTGGGCTGCGGCGCGGTTGTACTATTAACAGTTTGAGTTTGTAGTGCATCCATTCGTTAAATCATCCCCTATCCATTTTGGTGATCAGGAAAGCGCGGCGTGAATTGCGCGTAGTGACGCTTGCAGAATTTCATCGGCGGGGTGTCGCCCATCCAGTTCAAGG > NC_000913/3133025‑3133322 | tCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAGTGTTGTTGCAGCGATTTCACCAGGTCGGTGGTCAGTGTGGATTTACCGGTGCCATCACACCCGACCACCGCAATCAGCCCCGGAATGTAGTTGGGCTGCGGCGCGAtt < 2:514111/150‑1 (MQ=255) tCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAGTGTTGTTGCAGCGATTTCACCAGGTCGGTGGTCAGTGTGGATTTACCGGTGCCATCACACCCGACCACCGCAATCAGCCCCGGAATGTAGTTGGGCTGCGGCGCGAtt < 8:186609/150‑1 (MQ=255) ccGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAGTGTTGTTGCAGCGATTTCACCAGGTCGGTGGTCAGTGTGGATTTACCGGTGCCATCACACCCGACCACCGCAATCAGCCCCGGAATGTAGTTGGGCTGCGGCGCGATTGTAc < 5:1179622/151‑1 (MQ=255) agagCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAGTGTTGTTGCAGCGATTTCACCAGGTCGGTGGTCAGTGTGGATTTACCGGTGCCATCACACCCGACCACCGCAATCAGCCCCGGAATGTAGTTGGGCTGCGGCGCGATTGTACTAtt < 3:693693/151‑1 (MQ=255) agagCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAGTGTTGTTGCAGCGATTTCACCAGGTCGGTGGTCAGTGTGGATTTACCGGTGCCATCACACCCGACCACCGCAATCAGCCCCGGAATGTAGTTGGGCTGCGGCGCGATTGTACTAtt > 1:166808/1‑151 (MQ=255) agagCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAGTGTTGTTGCAGCGATTTCACCAGGTCGGTGGTCAGTGTGGATTTACCGGTGCCATCACACCCGACCACCGCAATCAGCCCCGGAATGTAGTTGGGCTGCGGCGCGATTGTACTAtt < 1:212964/151‑1 (MQ=255) agagCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAGTGTTGTTGCAGCGATTTCACCAGGTCGGTGGTCAGNGTGGATTTACCGGTGCCATCACACCCGACCACCGCAATCAGCCCCGGAATGTAGTTGGGCTGCGGCGCGATTGTACTAtt > 4:532071/1‑151 (MQ=255) gagCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAGTGTTGTTGCAGCGATTTCACCAGGTCGGTGGTCAGTGTGGATTTACCGGTGCCATCACACCCGACCACCGCAATCAGCCCCGGAATGTAGTTGGGCTGCGGCGCGATTGTACTATTa < 1:501457/151‑1 (MQ=255) 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tGTAGTTGGGCTGCGGCGCGATTGTACTATTAACAGTTTGAGTTTGTAGTGCATCCATTCGTTAAATCATCCCCTATCCATTTTGGTGATCAGGAAAGCGCGGCGTGAATTGCGCGTAGTGACGCTTGCAGAATTTCATCGGCGGGGTGTc > 7:1599401/1‑151 (MQ=255) gTTGGGCTGCGGCGCGGTTGTACTATTAACAGTTTGAGTTTGTAGTGCATCCATTCGTTAAATCATCCCCTATCCATTTTGGTGATCAGGAAAGCGCGGCGTGAATTGCGCGTAGTGACGCTTGCAGAATTTCATCGGCGGGGTGTCGccc < 3:1278873/151‑1 (MQ=255) gTTGGGCTGCGGCGCGATTGTACTATTAACAGTTTGAGTTTGTAGTGCATCCATTCGTTAAATCATCCCCTATCCATTTTGGTGATCAGGAAAGCGCGGCGTGAATTGCGCGTAGTGACGCTTGCAGAATTTCATCGGCGGGGTGTCGccc < 6:631373/151‑1 (MQ=255) gTTGGGCTGCGGCGCGATTGTACTATTAACAGTTTGAGTTTGTAGTGCATCCATTCGTTAAATCATCCCCTATCCATTTTGGTGATCAGGAAAGCGCGGCGTGAATTGCGCGTAGTGACGCTTGCAGAATTTCATCGGCGGGGTGTCGccc < 2:1007715/151‑1 (MQ=255) gggCTGCGGCGCGGTTGTACTATTAACAGTTTGAGTTTGTAGTGCATCCATTCGTTAAATCATCCCCTATCCATTTTGGTGATCAGGAAAGCGCGGCGTGAATTGCGCGTAGTGACGCTTGCAGAATTTCATCGGCGGGGTGTCGCCCAt < 7:1246723/150‑1 (MQ=255) 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gcgGTTGTACTATTAACAGTTTGAGTTTGTAGTGCATCCATTCGTTAAATCATCCCCTATCCATTTTGGTGATCAGGAAAGCGCGGCGTGAATTGCGCGTAGTGACGCTTGCAGAATTTCATCGGCGGGGTGTCGCCCATCCAGTTCAAgg < 2:1492860/151‑1 (MQ=255) gcgATTGTACTATTAACAGTTTGAGTTTGTAGTGCATCCATTCGTTAAATCATCCCCTATCCATTTTGGTGATCAGGAAAGCGCGGCGTGAATTGCGCGTAGTGACGCTTGCAGAATTTCATCGGCGGGGTGTCGCCCATCCAGTTCAAgg < 1:1172318/151‑1 (MQ=255) | TCTTCGCCGGAGAGCAGCCCCAGATAGCGCCGCTCGGTTTGCCAGTGTTGTTGCAGCGATTTCACCAGGTCGGTGGTCAGTGTGGATTTACCGGTGCCATCACACCCGACCACCGCAATCAGCCCCGGAATGTAGTTGGGCTGCGGCGCGGTTGTACTATTAACAGTTTGAGTTTGTAGTGCATCCATTCGTTAAATCATCCCCTATCCATTTTGGTGATCAGGAAAGCGCGGCGTGAATTGCGCGTAGTGACGCTTGCAGAATTTCATCGGCGGGGTGTCGCCCATCCAGTTCAAGG > NC_000913/3133025‑3133322 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |