| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,134,263 | G→A | A45T (GCC→ACC) | yghT → | putative ATP‑binding protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,134,263 | 0 | G | A | 96.8% | 1550.4 / 25.3 | 469 | A45T (GCC→ACC) | yghT | putative ATP‑binding protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/10); new base A (218/235); total (223/246) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.02e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.32e-01 | |||||||||||
Only 100 of 469 total aligned reads displayed.
ATTAAAGGATATATTCATGCAGTCAATAACACCTCCATTAATTGCCGTTATTGGTAGCGATGGTTCAGGCAAGTCAACGGTGTGTGAACATCTTATTACCGTTGTCGAAAAATATGGTGCTGCCGAAAGAGTTCATTTAGGAAAACAGGCCGGAAATGTCGGTCGTGCAGTGACAAAATTACCGTTGATGGGAAAATCCTTACATAAAACAATTGAACGAAATCAGGTGAAAACAGCAAAAAAATTGCCTGGACCAGTTCCGGCGCTGGTAATTACAGCGTTTGTCGCCCGTCGCT > NC_000913/3134115‑3134410 | taaaGGATATATTCATGCAGTCAATAACACCTCCATTAATTGCCGTTATTGGTAGCGATGGTTCAGGCAAGTCAACGGTGTGTGAACATCTTATTACCGTTGTCGAAAAATATGGTGCTGCCGAAAGAGTTCATTTAGGAAAACAGACCgg > 3:1233119/1‑151 (MQ=255) taaaGGATATATTCATGCAGTCAATAACACCTCCATTAATTGCCGTTATTGGTAGCGATGGTTCAGGCAAGTCAACGGTGTGTGAACATCTTATTACCGTTGTCGAAAAATATGGTGCTGCCGAAAGAGTTCATTTAGGAAAACAGACCgg > 6:1045930/1‑151 (MQ=255) taaaGGATATATTCATGCAGTCAATAACACCTCCATTAATTGCCGTTATTGGTAGCGATGGTTCAGGCAAGTCAACGGTGTCTGAACATCTTATTACCGTTGTCGAAAAATATGGAGCTGCCGAAAGAGTTCATTGAGGAAAACAGACCgg > 8:891891/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |