| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 3,176,625 | G→A | S70F (TCC→TTC) | cpdA ← | 3',5' cAMP phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,176,625 | 0 | G | A | 96.8% | 1489.0 / 22.8 | 442 | S70F (TCC→TTC) | cpdA | 3',5' cAMP phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/5); new base A (231/197); total (240/202) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.88e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.53e-01 | |||||||||||
Only 100 of 447 total aligned reads displayed.
CACCAATAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAA > NC_000913/3176476‑3176775 | aCCAATAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAAt > 6:429440/1‑151 (MQ=255) ccAATAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAAtt < 7:454406/151‑1 (MQ=255) cAATAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTg < 3:315977/151‑1 (MQ=255) cAATAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTg < 1:279624/151‑1 (MQ=255) cAATAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTg > 4:1560101/1‑151 (MQ=255) aaTAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTg > 4:393036/1‑150 (MQ=255) aTAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGAt > 8:1230777/1‑151 (MQ=255) aaCACGCGCTTCGCCTGGTAGATACCCGCATCCTGTAACGCGTTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCt < 4:989466/151‑1 (MQ=255) aaCACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGCACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCt < 4:1430119/151‑1 (MQ=255) cgcgCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTgcgc < 8:308996/151‑1 (MQ=255) gcTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTa > 5:692345/1‑150 (MQ=255) ttCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTGCATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAAt > 1:1211895/1‑151 (MQ=255) tCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAAt < 8:1008575/150‑1 (MQ=255) cGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATc < 8:965288/150‑1 (MQ=255) cGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATc < 1:422469/150‑1 (MQ=255) gCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCAc > 3:106606/1‑151 (MQ=255) cGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCt > 1:1651322/1‑151 (MQ=255) ggggAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGAAGCCCCCGCCAGGGGGCCCGAAAAGTTGCGATGCATTCGGCGAAATCGTGATAGCCCGCGGCGAATTGAGCCTCCGGTaaagcccggg > 8:644993/1‑144 (MQ=255) 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gAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTtgt > 6:1620536/1‑151 (MQ=255) gAAATGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTtgt > 7:82077/1‑151 (MQ=255) aaaTGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTCTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTtgtg < 7:568113/151‑1 (MQ=255) tGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCGGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCa > 5:912875/1‑150 (MQ=255) tGCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCa > 8:664480/1‑150 (MQ=255) gCTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCaa > 3:706567/1‑150 (MQ=255) cTGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAAc > 3:822890/1‑151 (MQ=255) tGATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTATGTGCAAAc > 6:1341404/1‑150 (MQ=255) gATAGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAAc > 5:1153446/1‑149 (MQ=255) aGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGt < 4:1631412/150‑1 (MQ=255) aGGCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGt < 8:429531/150‑1 (MQ=255) ggCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTg > 2:141441/1‑150 (MQ=255) gCCGCAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAg < 7:1552371/151‑1 (MQ=255) cAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTc > 2:17717/1‑151 (MQ=255) cAGAGAATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGAGAGTGTc > 7:275544/1‑151 (MQ=255) gagaATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCgg > 5:48326/1‑151 (MQ=255) gagaATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCgg < 4:913876/151‑1 (MQ=255) | CACCAATAAACACGCGCTTCGCCGGGGAGATACCCGCATCCTGTAACGCGCTGTACATCGCGGGCTGGAAATCGTGGTTGCCCGGCAGCCAGACGCAGGGCGCACGAAAACTTGCGATGCCTTCAGCGAAATGCTGATAGGCCGCAGAGGATTGATCCTGCGCTAAATCACCTGTCGCGACAATCAGGTCGAATTCGTGCTGGTGTGGCCGAATCGCCTCCAGCACCGCCTGGTAACTCTCCCAGGTGTTTACCCCTAACAGGGCTTCGTGCTTTTGTGCAAACAGGTGAGTGTCGGTAA > NC_000913/3176476‑3176775 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |