| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 286,569 | G→A | S392N (AGC→AAC) | yagG → | CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 286,569 | 0 | G | A | 96.9% | 1172.0 / 17.7 | 355 | S392N (AGC→AAC) | yagG | CP4‑6 prophage; putative sugar transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (3/8); new base A (165/178); total (169/186) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.26e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.57e-01 | |||||||||||
Only 100 of 364 total aligned reads displayed.
TGACGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAT > NC_000913/286423‑286716 | aCGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCcaacagcag < 2:1575835/151‑1 (MQ=255) gtggtgGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGGGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCg > 2:1457660/1‑151 (MQ=255) gtggtgGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCACCAGCAGCg > 6:1534435/1‑151 (MQ=255) gtggtgGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCg < 3:363198/151‑1 (MQ=255) ggtggACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTg < 8:1384203/151‑1 (MQ=255) gACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGc > 7:532643/1‑151 (MQ=255) gaggagAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTg < 8:248851/151‑1 (MQ=255) aggagAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGa < 3:1128737/151‑1 (MQ=255) cgagCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGTCCTGGCGATTGGCGGGGTGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGt < 5:1333071/150‑1 (MQ=255) gagCCGCAGCGGTCTCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGTATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTg < 6:989134/151‑1 (MQ=255) gagCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGGCGGTTGAGGTg > 2:569273/1‑151 (MQ=255) gagCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTg < 3:641203/151‑1 (MQ=255) gCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCt > 7:117491/1‑151 (MQ=255) gCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCt > 6:754243/1‑151 (MQ=255) gCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTcac > 5:1004929/1‑151 (MQ=255) aGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTcacc > 3:1181759/1‑150 (MQ=255) aGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTGCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTcacca < 1:636749/151‑1 (MQ=255) aGCGGTCGCCGCCTCGAAGGGCGGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTcacca < 6:1663897/151‑1 (MQ=255) gggTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGGGTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAAGTATTCCGCCTACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCaccacc < 7:301236/150‑1 (MQ=255) gTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCAt < 7:1231908/151‑1 (MQ=255) cgccgcCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGGTGAGGTGCTCACCACCATc < 8:1062860/150‑1 (MQ=255) ccgccTCGACGTGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTTGGCTGGATCCTTGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACATCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCaaa < 1:481322/151‑1 (MQ=255) ccgccTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCaaa < 8:1245655/151‑1 (MQ=255) ccgccTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCaa > 6:228811/1‑150 (MQ=255) tCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAAttct > 8:387328/1‑151 (MQ=255) ccGGGCTGGCGGTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTCGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAAttctgtt < 4:1075020/150‑1 (MQ=255) aCGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAAttctgtt > 6:694982/1‑151 (MQ=255) aCGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAAttctgtt > 4:51871/1‑151 (MQ=255) cGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAAttctgttc > 8:1149542/1‑151 (MQ=255) gCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGc > 8:1506648/1‑151 (MQ=255) ggTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCgt < 7:1359503/150‑1 (MQ=255) gtgtTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCgtgg > 5:657206/1‑151 (MQ=255) tgtTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCgtggt > 5:1610635/1‑151 (MQ=255) gtTCTCCTCCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTAATCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCgtggt < 8:545455/150‑1 (MQ=255) tctcCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGcc > 1:1471670/1‑151 (MQ=255) ccACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCg < 5:1173744/149‑1 (MQ=255) acctGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGgtggtg < 1:114911/149‑1 (MQ=255) cctGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGctc < 3:171631/151‑1 (MQ=255) 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tACGTCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGcc > 4:702059/1‑150 (MQ=255) cttCAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATc > 8:203092/3‑151 (MQ=255) cAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAg < 1:328373/150‑1 (MQ=255) cAACTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGc < 1:925531/151‑1 (MQ=255) aCTATTCCGCCAACAGCAGCGTGCAGCCTGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCg < 2:1204073/151‑1 (MQ=255) 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gCCAACAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGa < 3:71232/151‑1 (MQ=255) ccAACAGCAGCGGGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAt < 7:764992/151‑1 (MQ=255) | TGACGTGGTGGACTACGAGGAGAGCCGCAGCGGTCGCCGCCTCGACGGGCTGGTGTTCTCCACCTACCTGTTCAGCCTGAAGATTGGCCTGGCGATTGGCGGGGCGGTGGTGGGCTGGATCCTGGCG‑TACGTCAACTATTCCGCCAGCAGCAGCGTGCAGCCGGTTGAGGTGCTCACCACCATCAAAATTCTGTTCTGCGTGGTGCCGGTGGTGCTCTACGCGGGCATGTTCATCATGCTGTCGCTCTACAAGCTCACCGATGCCCGCGTGGAGGCCATCAGCCGGCAGCTGAT > NC_000913/286423‑286716 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |