| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,185,777 | C→T | S143F (TCC→TTC) | rpoC → | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,185,777 | 0 | C | T | 96.0% | 1408.0 / 29.3 | 426 | S143F (TCC→TTC) | rpoC | RNA polymerase, beta prime subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/6); new base T (205/204); total (216/210) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 3.23e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 426 total aligned reads displayed.
CAGACTAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATCCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGCTCTGCTGAAGAGCAT > NC_000913/4185629‑4185924 | cAGACTAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCt < 7:1088853/151‑1 (MQ=255) aGACTAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGGCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTa < 8:613173/151‑1 (MQ=255) gACTAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTAt < 6:1008867/151‑1 (MQ=255) gACTAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTAt > 8:1069864/1‑151 (MQ=255) tAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTAtgtg > 6:1439338/1‑151 (MQ=255) aaaGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTAtgtg < 2:966944/150‑1 (MQ=255) aaaGTAAGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCCAAAGCGTACTGTACTTTGAATTCTATCTgg > 2:570359/1‑151 (MQ=255) aGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGtt < 7:269172/151‑1 (MQ=255) aGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGtt < 7:1150555/151‑1 (MQ=255) aGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGtt > 4:391690/1‑151 (MQ=255) gTACGCCGTGTGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGGTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTa < 5:385959/151‑1 (MQ=255) gTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCGCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGGCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTa < 1:1453160/151‑1 (MQ=255) aCGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTAt < 4:468199/150‑1 (MQ=255) gCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCg > 7:1403265/1‑150 (MQ=255) gCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGa < 3:895365/151‑1 (MQ=255) cGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGa > 6:446328/1‑149 (MQ=255) cGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAg < 5:688558/151‑1 (MQ=255) gTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCTGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAgg < 1:445237/151‑1 (MQ=255) 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aTGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATg < 1:48767/150‑1 (MQ=255) tGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGAc > 1:1175775/1‑151 (MQ=255) gggCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGAc < 8:311598/150‑1 (MQ=255) gCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCaa < 7:395992/151‑1 (MQ=255) cacaTCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAAcc < 8:482451/151‑1 (MQ=255) acaTCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCt < 1:1663452/151‑1 (MQ=255) caTCGAACTGGCTTCCCCTACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCtt < 4:1318706/151‑2 (MQ=255) aTCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATCCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTgg > 2:255193/1‑151 (MQ=255) cGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGaa < 2:1605459/151‑1 (MQ=255) gAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAAc < 7:714741/151‑1 (MQ=255) gAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAAc < 7:1575059/151‑1 (MQ=255) tGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTCTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTc > 3:412900/1‑150 (MQ=255) ggCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTcag < 5:1011748/151‑1 (MQ=255) ggCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTc > 7:1053191/1‑149 (MQ=255) ttCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTcagc > 8:810955/1‑149 (MQ=255) gtCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTcagcag < 7:892293/150‑1 (MQ=255) aCTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCctga < 4:1418004/151‑1 (MQ=255) tGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCctgact > 5:291136/1‑151 (MQ=255) cacaTCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCctgactga > 1:304713/1‑149 (MQ=255) acaTCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAaga < 7:489953/151‑1 (MQ=255) 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ggTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGt > 1:703476/1‑150 (MQ=255) ggTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTa < 4:878004/151‑1 (MQ=255) ttCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTAt > 3:1211540/1‑150 (MQ=255) tCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCt > 3:1476494/1‑151 (MQ=255) ccTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTg < 3:638213/151‑1 (MQ=255) 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gCCGCTGCGCGATATCGAACACGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATg > 8:684067/1‑151 (MQ=255) ccGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATgg > 1:1084839/1‑151 (MQ=255) gCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATgggg < 1:845696/151‑1 (MQ=255) gCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATgggg < 8:266077/151‑1 (MQ=255) gtgcgATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGTGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATggggg < 2:1553747/147‑1 (MQ=255) 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aaCGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATcc > 7:1202988/1‑150 (MQ=255) aaCGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCa < 7:780310/151‑1 (MQ=255) aaCGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCGGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCa < 1:961895/151‑1 (MQ=255) aCGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATcc > 7:583845/1‑149 (MQ=255) aCGCGTACTGTACTTTGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAg < 6:978505/151‑1 (MQ=255) 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tGAATTCTATGTGGTTATGGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGAAGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGCTCTGCTGAagag < 7:37374/150‑1 (MQ=255) tGAATTCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGCTCTGCTGAAGAGc > 2:767594/1‑151 (MQ=255) | CAGACTAAAGTACGCCGTGAGCGTATGGGCCACATCGAACTGGCTTCCCCGACTGCGCACATCTGGTTCCTGAAATCGCTGCCGTCCCGTATCGGTCTGCTGCTCGATATGCCGCTGCGCGATATCGAACGCGTACTGTACTTTGAATCCTATGTGGTTATCGAAGGCGGTATGACCAACCTGGAACGTCAGCAGATCCTGACTGAAGAGCAGTATCTGGACGCGCTGGAAGAGTTCGGTGACGAATTCGACGCGAAGATGGGGGCGGAAGCAATCCAGGCTCTGCTGAAGAGCAT > NC_000913/4185629‑4185924 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |