| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,269,449 | C→T | C12C (TGC→TGT) | aphA → | acid phosphatase/phosphotransferase, class B, non‑specific |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,269,449 | 0 | C | T | 95.4% | 1417.2 / 34.9 | 440 | C12C (TGC→TGT) | aphA | acid phosphatase/phosphotransferase, class B, non‑specific |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/10); new base T (215/204); total (225/215) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 450 total aligned reads displayed.
CACAAAAACCGCAGATAATCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGCTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGTTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCACCGCTTAACCCTGGGACTAACGTTGCCAGGCTTGCTGAACAGGCACCCATTCATTGGGTTTCGGTCGCACAAATTGAAAATAGCCTCGCAGGGCGT > NC_000913/4269299‑4269596 | caAAAACCGCAGATAATCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGCtt < 8:376961/151‑1 (MQ=255) aaaCCGCAGATAATCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTAtt > 2:338064/1‑151 (MQ=255) aaaCCGCAGATAATCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTAtt < 7:328445/151‑1 (MQ=255) aaaCCGCAGATAATCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTAtt > 2:1038020/1‑151 (MQ=255) aaCCGCAGATAATCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTg < 7:657245/151‑1 (MQ=255) ccGCAGATAATCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGtt < 8:456841/151‑1 (MQ=255) gCAGATAATCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCg < 2:1331845/151‑1 (MQ=255) aGATAATCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGct > 2:1225717/1‑151 (MQ=255) aTAATCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGctct > 3:1071756/1‑151 (MQ=255) tAATCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGctct > 5:661201/1‑150 (MQ=255) aTCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGCTCTaaa < 7:1601146/151‑1 (MQ=255) tccttcctTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGCTCTAAAc > 4:159164/1‑151 (MQ=255) cttccttTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGCTCTAAAc > 5:1518358/1‑149 (MQ=255) 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aacaaATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGCTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGGTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCACCGCTTAACCCTg < 3:754572/151‑1 (MQ=255) caaATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGCTCTAAACACTTCCCCTGTTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCAACGCTTAACCCTggg > 5:376015/1‑151 (MQ=255) aaaTCTCAGAATATAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCATTCAGTGGCGTTTGTTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGTTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCACCGCTTAACCCTGGGa < 3:65975/151‑1 (MQ=255) aaaTCTCACAGTAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGTTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCACCGCTTAACCCTGGGa < 3:1532134/151‑1 (MQ=255) aaaTCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGTTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCACCGCTTAACCCTGGGa < 3:522465/151‑1 (MQ=255) 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cacacaGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGTTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCACCGCTTAACCCTGGGACTAACGTTGCCAGGCTTGCTGAACAGGCACCCATTCATTGGGTTTCGGTCGCACAAAtt > 3:1426986/1‑151 (MQ=255) cacacaGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGTTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCACCGCTTAACCCTGGGACTAACGTTGCCAGGCTTGCTGAACAGGCACCCATTCATTGGGTTTCGGTCGCACAAAt < 1:100117/150‑1 (MQ=255) acacaGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGTTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCACCGCTTAACCCTGGGACTAACGTTGCCAGGCTTGCTGAACAGGCACCCATTCATTGGGTTTCGGTCGCACAAATTg > 7:792404/1‑151 (MQ=255) acacaGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGTTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCACCGCTTAACCCTGGGACTAACGTTGCCAGGCTTGCTGAACAGGCACCCATTCATTGGGTTTCGGTCGCACAAATTg > 2:421998/1‑151 (MQ=255) cacaGGCAATCAGTGCCGTTTGTTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGTTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCACCGCTTAACCCTGGGACTAACGTTGCCAGGCTTGCTGAACAGGCACCCATTCATTGGGTTTCGGTCGCACAAATTg > 3:308444/1‑150 (MQ=255) 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cGTTTGTTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGTTGCCCTGGCCTTATCTCCTTCACCGCTTAACCCTGGGACTAACGTTGCCAGGCTTGCTGAACAGGCACCCATTCATTGGGTTTCGGTCGCACAAATTGAAAATAGCCTCGCAggg < 3:1548469/151‑1 (MQ=255) ttGCTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGTTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCACCGCTTAACCCTGGGACTAACGTTGCCAGGCTTGCTGAACAGGCACCCATTCATTGGGTTTCGGTCGCACAAATTGAAAATAGCCTCGCAGGGCGt > 1:1223974/1‑151 (MQ=255) | CACAAAAACCGCAGATAATCCTTCCTTTCCCCGGCAGCTGGCGTTATGGTCAGATGGTTTTTGCAACAAATCTCACAATAAAAAGTTTCAACATACTGACTATTTAGGGAAAAATATGCGCAAGATCACACAGGCAATCAGTGCCGTTTGCTTATTGTTCGCTCTAAACAGTTCCGCTGTTGCCCTGGCCTCATCTCCTTCACCGCTTAACCCTGGGACTAACGTTGCCAGGCTTGCTGAACAGGCACCCATTCATTGGGTTTCGGTCGCACAAATTGAAAATAGCCTCGCAGGGCGT > NC_000913/4269299‑4269596 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |