Predicted mutation | ||||||
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RA | NC_000913 | 4,301,071 | C→T | A670T (GCA→ACA) | mdtO ← | membrane translocase (MDR) of MdtNOP efflux pump, PET family |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 4,301,071 | 0 | C | T | 97.0% | 1299.3 / 19.1 | 403 | A670T (GCA→ACA) | mdtO | membrane translocase (MDR) of MdtNOP efflux pump, PET family |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/6); new base T (203/181); total (211/192) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 4.92e-01 |
Only 100 of 403 total aligned reads displayed.
CTGTTGATGAGGTGCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGCCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTTCAAGCGTTATTTGAGGAGAACGGCTGAGTGCGGTTGCCAGACCGGCAGC > NC_000913/4300923‑4301218 | gTTGATGAGGTGCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCggg < 8:1471551/151‑1 (MQ=255) gTTGATGAGGTGCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCggg < 3:1198526/151‑1 (MQ=255) gggCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAg < 2:419708/149‑1 (MQ=255) gCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGt < 5:77180/150‑1 (MQ=255) gCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTc < 1:1276922/151‑1 (MQ=255) cAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCt < 4:42608/151‑1 (MQ=255) aGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTg > 4:73972/1‑151 (MQ=255) aGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTg > 3:268492/1‑151 (MQ=255) aaTCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCACACGGGAAAGTTGACCATTGAACATTGCGTGGCGCCTTGTGCCGGTTCCTTGCCGGGCGTTAATGACGGGGCTGACCAGTCTgcc > 1:1209037/1‑149 (MQ=255) ccTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCaa < 3:90113/150‑1 (MQ=255) ccTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTCGGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCa > 8:738082/1‑149 (MQ=255) ttACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCg > 8:942174/1‑151 (MQ=255) tACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGc < 4:807167/149‑1 (MQ=255) 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agaATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGt > 1:1562220/1‑151 (MQ=255) aaTGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTgg > 7:33491/1‑151 (MQ=255) aTGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTggg > 6:456223/1‑151 (MQ=255) gctgcACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGGCGGGGCTGGCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCa < 7:973519/151‑1 (MQ=255) gctgcACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTCTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTCTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGc > 6:386561/1‑150 (MQ=255) 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tGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTTCAAGCGTTAttt > 4:303411/1‑151 (MQ=255) tGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTTCAAGCGTTAttt > 7:580009/1‑151 (MQ=255) tGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTTCAAGCGTTAtt < 6:898241/150‑1 (MQ=255) gCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTGTTCAAGCGTTATTTg > 7:125658/1‑151 (MQ=255) gTGGGTCCGTGTGCCTGATCCGTGGCGGGCGTTAATGTCGGGGCTGGCCAGTCTCGGAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTTCAAGCGTTATTTgag < 6:1092007/151‑1 (MQ=255) 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cgTTAATGTCGGGGCTGTACAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTTCAAGCGTTATTTGAGGAGAACGGCTGAGTGCGGTTGCCAGAccc > 4:1428030/1‑150 (MQ=255) gTTAATGTCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTTCAAGCGTTATTTGAGGAGAACGGCTGAGTGCGGTTGCCAGACCgg < 5:1433044/151‑1 (MQ=255) | CTGTTGATGAGGTGCAGAATCCTTACGTACCAGGGCACAGCCGGAAATCAGCGTCGTGCTGCCGAGAATGCTGCACAACAGCAGACGTGAAAGTTGACGATTGATCATTGCGTGGCTCCTTGTGCCTGTTCCGTGGCGGGCGTTAATGCCGGGGCTGTCCAGTCTGGCAAGCGGGCGAAAAGCTGGCAGACGTGTTGCTCCTGTTTTAATAAGGTGGGCAGGATGGCCTGAGAGGCGGGTGTCTCTTCAAGCGTTATTTGAGGAGAACGGCTGAGTGCGGTTGCCAGACCGGCAGC > NC_000913/4300923‑4301218 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |