| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,380,469 | C→T | E17K (GAA→AAA) | frdB ← | fumarate reductase (anaerobic), Fe‑S subunit |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,380,469 | 0 | C | T | 96.0% | 1318.4 / 29.0 | 401 | E17K (GAA→AAA) | frdB | fumarate reductase (anaerobic), Fe‑S subunit |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (10/6); new base T (166/217); total (178/223) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.98e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.75e-01 | |||||||||||
Only 100 of 402 total aligned reads displayed.
CGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAATCTTCACGT > NC_000913/4380319‑4380616 | cAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCg < 7:603501/151‑1 (MQ=255) cAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCg > 4:853029/1‑151 (MQ=255) aGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCgg > 5:759146/1‑151 (MQ=255) aGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCgg < 7:1241541/151‑1 (MQ=255) aaCCAGAAATCGCCATACGGGAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGtt < 2:1479516/151‑1 (MQ=255) acaAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAg < 7:26132/151‑1 (MQ=255) acaAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAg < 1:23998/151‑1 (MQ=255) aaaTCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAgcg < 3:1414359/151‑1 (MQ=255) aaTCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATAgcgc > 1:514248/1‑151 (MQ=255) cGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGcac < 5:1417345/150‑1 (MQ=255) aTACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCt > 2:907202/1‑151 (MQ=255) tACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTc > 3:175824/1‑151 (MQ=255) aCGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTc < 1:1261224/150‑1 (MQ=255) aCGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCa < 1:1002970/151‑1 (MQ=255) ggCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAAt > 6:856058/1‑151 (MQ=255) cAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAAttt < 4:604249/151‑1 (MQ=255) aCCAGCGGTAGCGCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAg < 6:488558/151‑1 (MQ=255) ccAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAgg > 1:349651/1‑151 (MQ=255) cAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGt > 3:1515525/1‑151 (MQ=255) cAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGt < 7:1645761/151‑1 (MQ=255) aGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTGGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGtt < 5:193000/151‑1 (MQ=255) ggTAGCTCTGGTGCTGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCTCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAATGCACTTCATAGAATGCTCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCTGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGttttt < 8:1186563/151‑1 (MQ=255) ggTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGttttt > 3:287766/1‑151 (MQ=255) 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cATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGt < 5:453358/150‑1 (MQ=255) cATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGt < 2:1650397/150‑1 (MQ=255) aTAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGttt < 3:957437/151‑1 (MQ=255) tAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTAACGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGttt > 4:141972/1‑150 (MQ=255) aGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAg < 7:494869/151‑1 (MQ=255) 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cgcTATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTggcg > 4:1550470/1‑151 (MQ=255) tATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTggcggc > 2:634148/1‑150 (MQ=255) tATGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTggcggc > 3:1133258/1‑150 (MQ=255) aTGCGGTGCGGTATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTggcggc > 7:670919/1‑149 (MQ=255) gcggtgcggtATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCg < 5:12404/151‑1 (MQ=255) cggtgcggtATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCgt < 1:1077116/151‑1 (MQ=255) ggtgcggtAGCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCgta < 1:548729/151‑1 (MQ=255) cggtATCGACTTTCGGGTTATAGCGCGCCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTaa < 6:1166788/151‑1 (MQ=255) ggtATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAAt > 2:1237607/1‑151 (MQ=255) ggtATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTCGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTCGCGGCAGCGTAGTAAt > 6:1058726/1‑151 (MQ=255) tATCGACTTTCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGc < 7:369474/131‑1 (MQ=255) aTCGACTTTCTGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAATCt < 7:136562/150‑1 (MQ=255) | CGCAGGAACCACAAATCGCCATACGGCAGGACCAGCGGTAGCTCAGGTCCGGTGCCAGGTTGTCTTTGATGTAGCCCAGCGCATCCAGTAATGAGGTAGTTGCGTCATAAGGCACTTCATAGAATGCGCTATGCGGTGCGGTATCGACTTCCGGGTTATAGCGCACCACCTCAATTTTCAGGTTTTTCATCTCAGCCATTCGCCTTCTCCTTCTTATTGGCTGCTTCCGCCTTATCGGCTGCATCCGCTTCGCCACCGTAAACGCGTTTAGCTGGCGGCAGCGTAGTAATCTTCACGT > NC_000913/4380319‑4380616 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |