Predicted mutation | ||||||
---|---|---|---|---|---|---|
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RA | NC_000913 | 306,023 | G→A | T265T (ACC→ACT) | ecpD ← | polymerized tip adhesin of ECP fibers |
Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 306,023 | 0 | G | A | 95.4% | 1414.2 / 37.0 | 432 | T265T (ACC→ACT) | ecpD | polymerized tip adhesin of ECP fibers |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (9/11); new base A (196/216); total (205/227) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 432 total aligned reads displayed.
AGTAATAGGCGGTATTGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGGGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGAGTGGGTATTTATCAACCGTAGATTTG > NC_000913/305875‑306171 | agtaATAGGCGGTATTGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGt < 2:1276333/151‑1 (MQ=255) aaTAGGCGGTATTGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGtata < 6:458210/151‑1 (MQ=255) aaTAGGCGGTATTGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGtat > 1:239455/1‑150 (MQ=255) aGGCGGTATTGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGtt < 6:393826/151‑1 (MQ=255) aGGCGGTATTGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGtt < 5:1265297/151‑1 (MQ=255) ggCGGTATTGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGtt > 7:1049936/1‑150 (MQ=255) ggggTATTGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGATTGCAGAGTATAGTTaa < 2:601425/149‑1 (MQ=255) cGGTATTGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAAc > 6:1216372/1‑151 (MQ=255) cGGTATTGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGGCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAAc < 1:1527113/151‑1 (MQ=255) gTATTGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAAcc > 6:287318/1‑150 (MQ=255) gTATTGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGAAGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAAcc > 7:674358/1‑150 (MQ=255) tGCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCtt > 5:1646696/1‑151 (MQ=255) gCTCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCtt > 8:1341697/1‑150 (MQ=255) tCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTAc > 2:241841/1‑150 (MQ=255) tCACCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTAc > 8:229460/1‑150 (MQ=255) aCCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGCCGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAAACATCTTACAAc > 4:700234/1‑151 (MQ=255) aCCGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAAc > 7:1613348/1‑151 (MQ=255) ccGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACt > 2:1141922/1‑151 (MQ=255) cGGTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACtt > 7:469364/1‑151 (MQ=255) gTTTCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTa > 2:390923/1‑150 (MQ=255) tttCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTCAAt > 3:406650/1‑151 (MQ=255) ttCCATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAAt < 8:1655979/150‑1 (MQ=255) ccATGAACTGCCATTCAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCt < 2:697805/151‑1 (MQ=255) 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cAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATg > 4:835265/1‑151 (MQ=255) cAGACTGAACTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATg < 5:394197/151‑1 (MQ=255) aaCTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCg < 2:1626951/151‑1 (MQ=255) aCTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGt > 1:525295/1‑151 (MQ=255) cTGCATATCGTACGCCCCGACGGCCGAGGCTAACGACGAGTTGGCGATCGCCGGGAATATATGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTc > 2:1355870/1‑151 (MQ=255) 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tatatGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACt > 7:1268264/1‑151 (MQ=255) tatatGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACt > 2:168309/1‑151 (MQ=255) atatGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACt < 4:1664949/150‑1 (MQ=255) atatGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACt < 2:933772/150‑1 (MQ=255) atGGATTGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGTTAAATACTTc < 1:1313502/150‑1 (MQ=255) 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tGAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAg < 4:878196/150‑1 (MQ=255) gAGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGGTTGCAGAGTATAGTTACCCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCg < 3:825199/151‑1 (MQ=255) aGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGa < 1:1553352/151‑1 (MQ=255) aGGTGTTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGa < 7:1221814/151‑1 (MQ=255) gtTGCTGAGTCCGTTTGTTTGCAGAGTATAGTTAACCATCTTACAACTTAATCCTGAACGGCTGCCGATGGTTTGCGTCCGGCAGTCGGCGTTCCCTTCGCCCAGAGTCGGTACTCCGTCGCTGTTGATAAATACTTCCGCCAGCGAGTgg < 4:98858/151‑1 (MQ=255) 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Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |