| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,407,045 | C→T | A131V (GCT→GTT) | rnr → | exoribonuclease R, RNase R |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,407,045 | 0 | C | T | 96.5% | 1411.9 / 26.3 | 428 | A131V (GCT→GTT) | rnr | exoribonuclease R, RNase R |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/9); new base T (213/198); total (219/209) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.36e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 5.07e-01 | |||||||||||
Only 100 of 430 total aligned reads displayed.
GCCTCGACCTGGTGAAAGGTACCGTTATTGGCCACCGTGATGGCTACGGCTTTCTGCGGGTTGAAGGGCGTAAAGATGATTTGTATCTCTCCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCC > NC_000913/4406895‑4407192 | cGACCTGGTGAAAGGTACCGTTATTGGCCACCGTGATGTCTACGGCTTGCTGCGGGTTGAAGGGCGTAAAGTTGATTTGTATCTCTCCAGCGAGCAGATGAAAACATGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGTTGAc < 4:1325966/151‑1 (MQ=255) cGACCTGGTGAAAGGTACCGTTATTGGCCACCGTGATGGCTACGGCTTTCTGCGGGTTGAAGGGCGTAAAGATGATTTGTATCTCTCCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGTTGa < 2:478781/150‑1 (MQ=255) gACCTGGTGAAAGGTACCGTTATTGGCCACCGTGATGGCTACGGCTTTCTGCGGGTTGAAGGGCGTAAAGATGATTTGTATCTCTCCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGTTGAcc > 5:939466/1‑151 (MQ=255) 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aaaGGTACCGTTATTGGCCACCGTGATGGCTACGGCTTTCTGCGGGTTGAAGGGCGTAAAGATGATTTGTATCTCTCCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGTTGACCGTAAAGgtc < 8:1606228/151‑1 (MQ=255) aaaGGTACCGTTATTGGCCACCGTGATGGCTACGGCTTTCTGCGGGTTGAAGGGCGTAAAGATGATTTGTATCTCTCCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGCGTGTTGACCGTAAAGgtc > 8:1213274/1‑151 (MQ=255) aGGTACCGTTATTGGCCACCGTGATGGCTACGGCTTTCTGCGGGTTGAAGGGCGTAAAGATGATTTGTATCTCTCCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGgtcgt < 5:30562/151‑1 (MQ=255) ggTACCGTTATTGGCCACCGTGATGGCTACGGCTTTCTGCGGGTTGAAGGGCGTAAAGATGATTTGTATCTCTCCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGTTGACCGTAAAGgtcgtc > 6:1374650/1‑151 (MQ=255) ggTACCGTTATTGGCCACCGTGATGGCTACGGCTTTCTGCGGGTTGAAGGGCGTAAAGATGATTTGTATCTCTCCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGTTGACCGTAAAGgtcgtc < 5:857952/151‑1 (MQ=255) 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cGCTGGGTGTTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAAt > 7:512734/1‑151 (MQ=255) cGCTGGGTGTTGACCGTAAAGGTCGTCGGGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAAt < 6:1205603/151‑1 (MQ=255) | GCCTCGACCTGGTGAAAGGTACCGTTATTGGCCACCGTGATGGCTACGGCTTTCTGCGGGTTGAAGGGCGTAAAGATGATTTGTATCTCTCCAGCGAGCAGATGAAAACCTGCATTCATGGCGATCAGGTGCTGGCTCAGCCGCTGGGTGCTGACCGTAAAGGTCGTCGTGAAGCGCGTATTGTCCGCGTACTGGTGCCAAAAACCAGCCAGATTGTTGGTCGCTACTTTACCGAAGCGGGCGTCGGCTTTGTGGTTCCTGACGACAGCCGTCTGAGCTTCGATATCTTAATCCCGCC > NC_000913/4406895‑4407192 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |