| Predicted mutation | ||||||
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| RA | NC_000913 | 4,487,022 | C→T | R269C (CGT→TGT) | lptF → | lipopolysaccharide export ABC permease |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
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| * | NC_000913 | 4,487,022 | 0 | C | T | 96.4% | 1295.2 / 21.5 | 395 | R269C (CGT→TGT) | lptF | lipopolysaccharide export ABC permease |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (6/8); new base T (191/188); total (197/198) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.00e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 399 total aligned reads displayed.
ACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATC > NC_000913/4486874‑4487170 | aCGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGgtgt > 6:439216/1‑151 (MQ=255) gTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTAt < 8:1364408/151‑1 (MQ=255) gATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATc < 7:1609361/150‑1 (MQ=255) tttCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACg > 5:5787/1‑151 (MQ=255) ttacGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTGGACCCGAACGATACCCACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAAGACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACg < 1:101520/147‑1 (MQ=255) tCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGtt > 1:1134373/1‑151 (MQ=255) tCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGtt > 7:1513602/1‑151 (MQ=255) ccGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGTGTATCACGTTg > 8:396345/1‑151 (MQ=255) 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tgGTGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAAt > 5:1059736/1‑151 (MQ=255) tgGTGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAAt > 3:607356/1‑151 (MQ=255) | ACGTGATTTCCGCATTACGGACTTCCAGGATTATCAGGCGATCATTGGTCACCAGGCGGTGGCGCTCGACCCGAACGATACCGACCAGATGGACATGCGCACATTGTGGAACACTGACACCGATCGTGCTCGCGCAGAACTGAACTGGCGTATCACGTTGGTATTCACCGTGTTTATGATGGCACTTATGGTCGTACCGCTGAGCGTGGTTAACCCACGTCAGGGACGCGTACTGTCGATGCTGCCAGCCATGCTGCTGTATCTACTTTTCTTCCTGATCCAGACCTCCCTGAAATC > NC_000913/4486874‑4487170 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |