| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 4,553,671 | C→T | F257F (TTC→TTT) | uxuB → | D‑mannonate oxidoreductase, NAD‑dependent |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,553,671 | 0 | C | T | 95.5% | 1365.7 / 33.9 | 421 | F257F (TTC→TTT) | uxuB | D‑mannonate oxidoreductase, NAD‑dependent |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (11/8); new base T (203/197); total (215/206) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 6.41e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 421 total aligned reads displayed.
CGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGCAGACGTTGTGCCGTTCGAAATGATGAAGCTGCGTATGCTGAACGGCAGCCACTCTTTTCTGGCGTACCTCGGT > NC_000913/4553523‑4553818 | gCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTc > 3:1178427/1‑149 (MQ=255) ggcggcATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGt < 8:19007/149‑1 (MQ=255) gcATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGa < 3:690016/151‑1 (MQ=255) tGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGa > 1:1501848/1‑147 (MQ=255) tGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGa > 2:1011582/1‑147 (MQ=255) gaagaaAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGAt < 8:942682/150‑1 (MQ=255) aaaTGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTc > 6:1006669/1‑151 (MQ=255) aaaTGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTc > 4:426892/1‑151 (MQ=255) aaaTGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTc < 3:1095680/151‑1 (MQ=255) aaTGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCg > 1:1193258/1‑151 (MQ=255) gTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTa < 8:1064758/151‑1 (MQ=255) cACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAAt < 3:284818/151‑1 (MQ=255) cACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAAt < 2:755215/151‑1 (MQ=255) 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aCCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGAtt < 1:440088/151‑1 (MQ=255) aCCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGAtt < 3:1276495/151‑1 (MQ=255) cATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTgg > 4:34363/1‑151 (MQ=255) ggTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGGTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGAt < 7:962409/151‑1 (MQ=255) ggTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGAt > 6:1609040/1‑151 (MQ=255) 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ccTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGCAGACGTTGTGCCGTTCGAAATGATGAAGCTGCGTATGCTGAACGGCAGCCACTCTTTTCTGGc < 5:1316141/151‑1 (MQ=255) cTGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGCAGACGTTGTGCCGTTCGAAATGATGAAGCTGCGTATGCTGAACGGCAGCCACTCTTTTCTGGCg > 1:1315478/1‑151 (MQ=255) tGCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGAATGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGCAGACGTTGTGCCGTTCGAAATGATGAAGCTGCGTATGCTGAACGGCAGCCACTCTTTTCTGGCGt > 5:1679016/1‑151 (MQ=255) gCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGCAGACGTTGTGCCGTTCGAAATGATGAAGCTGCGTATGCTGAACGGCAGCCACTCTTTTCTGGCGt > 3:472902/1‑150 (MQ=255) gCGAACCGTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGCAGACGTTGTGCCGTTCGAAATGATGAAGCTGCGTATGCTGAACGGCAGCCACTCTTTTCTGGCGt < 2:412786/150‑1 (MQ=255) 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gTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGCAGACGTTGTGCCGTTCGAAATGATGAAGCTGCGTATGCTGAACGGCAGCCACTCTTTTCTGGCGTACCTCGGt > 3:765383/1‑151 (MQ=255) gTTTCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGCAGACGTTGTGCCGTTCGAAATGATGAAGCTGCGTATGCTGAACGGCAGCCACTCTTTTCTGGCGTACCTCGGt < 4:1421311/151‑1 (MQ=255) | CGCAGCTGGCGGCATGGATTGAAGAAAATGTCACCTTCCCGTGCACCATGGTTGACCGCATCGTTCCGGCGGCGACGCCAGAAACCTTACAGGAAATTGCTGACCAGCTGGGTGTTTACGACCCGTGCGCCATTGCCTGCGAACCGTTCCGTCAGTGGGTGATTGAAGATAACTTCGTTAATGGTCGCCCGGATTGGGATAAAGTGGGCGCACAGTTCGTTGCAGACGTTGTGCCGTTCGAAATGATGAAGCTGCGTATGCTGAACGGCAGCCACTCTTTTCTGGCGTACCTCGGT > NC_000913/4553523‑4553818 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |