| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
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| RA | NC_000913 | 325,394 | G→A | intergenic (‑30/+183) | ykgH ← / ← betA | putative inner membrane protein/choline dehydrogenase, a flavoprotein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 325,394 | 0 | G | A | 95.7% | 1517.2 / 32.4 | 460 | intergenic (‑30/+183) | ykgH/betA | putative inner membrane protein/choline dehydrogenase, a flavoprotein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (12/8); new base A (197/243); total (209/251) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.51e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 460 total aligned reads displayed.
AGAAACAACAGCACCATAGCCATACATATAGCCATAATAAAAAGGATAACACGAATCTTTTTCTTCAGATAAAATAAAATCTCAATCAGATCGATATCCTGTTTGATTTGTTCACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAGATAAGGTTGTATTAATAGTCTGTATCAGGAATGTTCGGGTTAAATATCAGCAAAAAGCCCGCATCATGAATACTGGATATGAAGCATGAGAGTTACCTCAGTGTTTATATAAGGATTCGGTCCCCCTCTCTGGAACGGTAACTCTCAAT > NC_000913/325246‑325543 | aaaCAACAGCACCATAGCCATACATATAGCCATAATAAAAAGGATAACACGAATCTTTTTCTTCAGATAAAATAAAATCTCAATCAGATCGATATCCTGTTTGATTTGTTCACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAAATaa < 4:1062159/151‑1 (MQ=255) acaacaGCACCATAGCCATACATATAGCCATAATAAAAAGGATAACACGAATCTTTTTCTTCAGATAAAATAAAATCTCAATCAGATCGATATCCTGTTTGATTTGTTCACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAAATAAgg > 8:206905/1‑151 (MQ=255) aacaGCACCATAGCCATACATATAGCCATAATAAAAAGGATAACACGAATCTTTTTCTTCAGATAAAATAAAATCTCAATCAGATCGATATCCTGTTTGATTTGTACACGCATAATATATCCAGAGAATAAAATCTGTCGCAAATAAGGtt < 3:1173931/151‑1 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |