| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 331,879 | G→A | intergenic (+383/‑492) | betT → / → yahA | choline transporter of high affinity/c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 331,879 | 0 | G | A | 96.9% | 1631.0 / 24.8 | 488 | intergenic (+383/‑492) | betT/yahA | choline transporter of high affinity/c‑di‑GMP‑specific phosphodiesterase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (5/10); new base A (261/212); total (266/222) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.16e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.29e-01 | |||||||||||
Only 100 of 489 total aligned reads displayed.
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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |