| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 88,571 | G→A | V182M (GTG→ATG) | cra → | transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 88,571 | 0 | G | A | 96.8% | 1434.2 / 22.5 | 433 | V182M (GTG→ATG) | cra | transcriptional repressor‑activator for carbon metabolism |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/6); new base A (200/217); total (210/223) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 5.91e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 7.99e-01 | |||||||||||
Only 100 of 433 total aligned reads displayed.
TTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGGTGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGAAA > NC_000913/88423‑88718 | tttttATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATg > 2:1278197/1‑151 (MQ=255) ttttATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATg < 8:1217036/150‑1 (MQ=255) tttATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCt > 3:1253436/1‑151 (MQ=255) ttATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCtt > 4:1620169/1‑151 (MQ=255) aTCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCttt < 8:50815/150‑1 (MQ=255) aTCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCttt > 8:1697308/1‑150 (MQ=255) aTCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTa < 8:1002867/151‑1 (MQ=255) cGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTg < 7:352125/151‑1 (MQ=255) cTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGt > 1:733750/1‑151 (MQ=255) gggCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTgc < 1:333691/151‑1 (MQ=255) tAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCt > 5:419358/1‑150 (MQ=255) aCGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTAcc < 8:809236/151‑1 (MQ=255) aCCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGa < 3:1035141/151‑1 (MQ=255) ccGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGc < 8:657981/151‑1 (MQ=255) cGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGCCGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCt > 8:1442950/1‑151 (MQ=255) cGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCt > 7:472530/1‑151 (MQ=255) cGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCt < 7:150582/151‑1 (MQ=255) gTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCtt > 3:726739/1‑151 (MQ=255) 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tCCCGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTGCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTGTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCa < 6:529090/150‑1 (MQ=255) cccGCCGAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGt > 6:1594639/1‑151 (MQ=255) ccgccgAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGtt < 2:431027/151‑1 (MQ=255) cgccgAGACGGTGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGtt > 3:961687/1‑150 (MQ=255) cgccgAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGtt > 2:112503/1‑150 (MQ=255) gccgAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTAt > 1:946639/1‑151 (MQ=255) ccgAGACGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTAtt < 8:590042/151‑1 (MQ=255) gagaCGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCg < 4:1017030/151‑1 (MQ=255) agaCGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGa < 6:917528/151‑1 (MQ=255) agaCGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTACCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTAGTCg > 2:1419654/1‑150 (MQ=255) gaCGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGaa < 3:1543282/151‑1 (MQ=255) aCGATGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGaa > 4:638988/1‑150 (MQ=255) | TTTTTATCAACGCTGGGCTAACGACCCGTTCCCGATTGTCGCGCTGGACCGCGCCCTCGATCGTGAACACTTCACCAGCGTGGTTGGTGCCGATCAGGATGATGCCGAAATGCTGGCGGAAGAGTTACGTAAGTTTCCCGCCGAGACGGTGCTTTATCTTGGTGCGCTACCGGAGCTTTCTGTCAGCTTCCTGCGTGAACAAGGTTTCCGTACTGCCTGGAAAGATGATCCGCGCGAAGTGCATTTCCTGTATGCCAACAGCTATGAGCGGGAGGCGGCTGCCCAGTTATTCGAAA > NC_000913/88423‑88718 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |