| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 2,103,891 | G→A | P207S (CCA→TCA) | wbbK ← | lipopolysaccharide biosynthesis protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 2,103,891 | 0 | G | A | 96.7% | 1611.9 / 28.1 | 483 | P207S (CCA→TCA) | wbbK | lipopolysaccharide biosynthesis protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (8/8); new base A (231/233); total (240/243) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.01e-01 | |||||||||||
Only 100 of 485 total aligned reads displayed.
ACATTATCCAGTCCTTCTGCAAGACTGATAATATATTTTGCATACGCATTTTCTGTACCACTGATAGTAAGCAGAAATTTAATATTGGATTGTTCTTTCAATTTCCTTGCTGCACTAATAATAAGCTCGTAATTTTTAAATACTCGTGGAACAGCAGGGTAAAATATTGTCAACTCAGAAGGGTTATTCTTAAATTGAGAATCATCATCAGTAAGTTGGCTTTTATCAGATAATTTAATTTCTGGCCGACTGACAATGATGTTATTTATAGAATATTTCTTGATAAATTTTTCTT > NC_000913/2103743‑2104037 | aCATTATCCAGTCCTTCTGCAAGACTGATAATATATTTTGCATACGCATTTTCTGTACCACTGATAGTAAGCAGAAATTTAATATTGGATTGTTCTTTCAATTTCCTTGCTGCACTAATAATAAGCTCGTAATTTTTAAATACTCGTGaaa < 6:681981/151‑1 (MQ=255) aaTTATCCAGTCCTTCTGCAAGACTGATAATATATTTTGCATACGCATTTTCTGTACCACTGATAGTAAGCAGAAATTTAATATTGGATTGTTCTTTCAATTTCCTTGCTGCACTAATAATAAGCTCGTAATTTTTAAATACTCGTGAAAc < 4:1037852/150‑1 (MQ=255) aTTATACAGTCCTTCTGCAAGACTGATAATATATTTTGCATACGCATTTTCTGTACCACTGATATTAAGAAGAAATTTAATATTGGATTGTTCTTTCAATTTCCTTGCTGCACTAATAATAAGCTCGTAATTTTTAAATACTCGTGGAAca < 5:509260/151‑1 (MQ=255) tATCCAGTCCTTCTGCAAGACTGATAATATATTTTGCATACGCATTTTCTGTACCACTGATAGTAAGCAGAAATTTAATATTGGATTGTTCTTTCAATTTCCTTGCTGCACTAATAATAAGCTCGTAATTTTTAAATACTCGTGAAAcagc > 8:1076509/1‑151 (MQ=255) aTCCAGTCCTTCTGCAAGACTGATAATATATTTTGCATACGCATTTTCTGTACCACTGATAGTAAGCAGAAATTTAATATTGGATTGTTCTTTCAATTTCCTTGCTGCACTAATAATAAGCTCGTAATTTTTAAATACTCGTGAAAcagca < 6:258769/151‑1 (MQ=255) aTCCAGTCCTTCTGCAAGACTGATAATATATTTTGCATACGCATTTTCTGTACCACTGATAGTAAGCAGAAATTTAATATTGGATTGTTCTTTCAATTTCCTTGCTGCACTAATAATAAGCTCGTAATTTTTAAATACTCGTGAAAcagc < 6:1528108/150‑1 (MQ=255) tCCAGTCCTTCTGCAAGACTGATAATATATTTTGCATACGCATTTTCTGTACCACTGATAGTAAGCAGAAATTTAATATTGGATTGTTCTTTCAATTTCCTTGCTGCACTAATAATAAGCTCGTAATTTTTAAATACTCGTGAAAcagc > 2:1343151/1‑149 (MQ=255) tCCAGTCCTTCTGCAAGACTGATAATATATTTTGCATACGCATTTTCTGTACCACTGATAGTAAGCAGAAATTTAATATTGGATTGTTCTTTCAATTTCCTTGCTGCACTAATAATAAGCTCGTAATTTTTAAATACTCGTGAAAcagc > 1:753745/1‑149 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |