Read alignment evidence... | |||||||||||
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* | NC_000913 | 736,686 | 0 | G | T | 48.5% | 137.6 / inf | 414 | intergenic (+2/‑139) | ybfQ/ybfL | pseudogene, H repeat‑associated protein/pseudogene, DDE domain transposase family;putative factor; Not classified; putative receptor protein |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (92/121); new base T (94/107); total (186/228) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.90e-01 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 3.79e-03 |
Only 100 of 419 total aligned reads displayed.
TGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTCGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAA > NC_000913/736536‑736836 | ttGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTCGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCCAGGGa < 2:460214/150‑1 (MQ=35) gACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTCGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAATCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGACAGAGTTGTATCCCAGGTaa > 5:854966/1‑149 (MQ=255) aCTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTCGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCCAGGGaa > 7:1375210/1‑148 (MQ=37) 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gCCAGAGTTGTATCCCAGGTAAAGATCACGTTAAGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAg < 7:836469/150‑1 (MQ=255) gCCAGAGTTGTATCCCAGGTAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAgg > 3:557655/1‑151 (MQ=255) ccAGAGTTGTATCCCAGGTAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGt > 7:225312/1‑151 (MQ=255) cAGAGTTGTATCCCAGGTAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTg > 6:1558755/1‑151 (MQ=255) agTTGTATCCCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAAc < 8:474869/151‑1 (MQ=255) 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cAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTAATAGCTTATACATGATCAAATACTCATTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACt > 1:1321186/1‑151 (MQ=255) gAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTaaa < 6:124383/151‑1 (MQ=255) | TGTTGACTATTTGTGCCGTTATTTCTGGTGCAGAAGGTTGGGAAGATATAGAGGATTTCGGGGAAACACATCTCGATTTTTTGAAGCAATATGGTGATTTTGAAAATGGTATTCCTGTTCACGATACCATTGCCAGAGTTGTATCCCAGGGAAAGATCACGTAACGCTACTTTTTTGTACTAAATAATTCGCATTTTATGTTTAAAAATTGAGATATTCCTTATTACCTAAAGCTGTTTTTCATAGCTTATACATGATCAAATACTCCTTACATAAATAAGGTGAACAAATGGAACTTAAA > NC_000913/736536‑736836 |
Alignment Legend |
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Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |