| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 1,674,771 | 0 | G | . | 38.2% | 489.0 / inf | 213 | coding (859/1035 nt) | tqsA | pheromone AI‑2 transporter |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base G (56/75); new base . (50/31); total (107/106) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.07e-02 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 2.39e-01 | |||||||||||
Only 100 of 217 total aligned reads displayed.
CGAATATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTGGGGCTTTCCACATTGGTGGTATTTTTGTCGTTGATTTTTTGGGGATGGTTGTTAGGACCGGTGGGTATGCTGCTTTCCGTGCCGTTGACAATTATTGTCAAAATTGCGCTTGAACAAACAGCGGGAGGTCAAAGCATCGCCGTTC > NC_000913/1674622‑1674921 | aaTATTGGTTCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGc > 5:1373903/1‑151 (MQ=255) tGGTTCAGGCCTCGCGGCAATCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATGATGGGGCGTGGGCTggg < 3:1260762/150‑1 (MQ=255) tCAGTCCTCGCGGCAATCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGCGGCGTGGGCTGGGGCttt > 6:758606/1‑151 (MQ=255) ccTCGCGGCAATCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGTGCGTGGGCTGGGGCTTTCcac > 7:828984/1‑150 (MQ=255) cTCGCGGCAATCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGTTGTTTAATGGCTTCTACGAAGAGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATATGGTCTTAGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTGGGGCTTTCCACAt > 1:1303106/1‑151 (MQ=255) cgcgGCAATCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTGGGGCTTTCCACATtg < 2:728033/151‑1 (MQ=255) cgcgGCAATCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTGGGGCTTTCCACATtg < 1:1099534/151‑1 (MQ=255) aTCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTGGGGCTTTCCACATTGGTGGTAt > 5:524088/1‑151 (MQ=255) aTCCCCCCTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGCGATATCTGCTGATTAATCTGCTCTTCGGCAATATTCTGGAGCGGCGTATCATGGCGCGTGGGCAGGGGCTTTCCACATTGGTGGTAt > 4:226789/1‑151 (MQ=255) cccTATCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGTCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGTGATAGCTTCTGATTCATCTGGTCTTCTGAAATATTCTGGAGCCGCGTATCATGGGGCGTGGGCTGGGGCTTTCCACATTGTTGGTATTTTTg < 2:1248749/151‑1 (MQ=255) aTCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGGGCTTTCCACATTGGTGGTATTTTTGTCGTTGATTTTTTggg > 4:1028552/1‑151 (MQ=255) aTCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGGGCTTTCCACATTGGTGGTATTTTTGTCGTTGATTTTTTgg < 5:1082371/150‑1 (MQ=255) tCGCTCAGGTACTGGTGTTTAATGGCTTCTACGAAGCGTTGCTGGTGCTGGCGGGATATCTGCTGATTAATCTGGTCTTCGGCAATATTCTGGAGCCGCGTATCA‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑‑TGGGGCTTTCCACATTGGTGGTATTTTTGTCGTTGATTTTTTgggg > 1:298554/1‑151 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 14 ≤ ATCG/ATCG < 27 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 36 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |