| Read alignment evidence... | ||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
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| * | NC_000913 | 2,551,265 | 0 | C→A | 10.6% | 35.1 ‑47.3 0.0 | 539 | intergenic (‑49/+12) | yfeY/yfeZ | RpoE‑regulated lipoprotein/inner membrane protein |
| Rejected: Polymorphism prediction not supported by minimum number of reads on both strands. | ||||||||||
| Reads supporting (aligned to +/- strand): new base (0/57): ref base (287/194): total (288/251) | ||||||||||
| Fisher's exact test strand distribution p-value = 2.93e-21 | ||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support polymorphism than reference p-value = 1.00e+00 | ||||||||||
Only 100 of 542 total aligned reads displayed.
CATCGGCAATGGCTTGTTCTTGCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGG‑TTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTTATTCTTTTACTTCATAAAAACAAGCGCGTAAACGTCGATTGGTCAGCAGCCAGATTAACGCCACAATATCCGCCACTACCAGCGCCAGACCGATACCGCTAACGGATTCACCGTTCAGCCACAGCCACGGTTGCCAGCAAAGTAAAACCACCTGCGCCAACAGCAACAGAAAATAGAGTACACGCCAGGTGCGAGGAAACGTAGCCCGCCGACCGCTCAACAAAAACGCCAGCAC > NC_000913/2551030‑2551513 | ggCTTGTTCTTGCAGTGGTGTGGACGCCGTTAATTCACCCACGCCCTGCTCGCTCACTTTGGTGGACGACCCAAACCAGTTCCACGGGTTAGCGGCAGACCAGTTAACTGACGACATCGTGGAACAGCCGGTCAGCATCAATGGCATAGCGCATAACATTAAACGCAGCGATTTCATGTCACTTCCTTTGG‑TTATTCAATAACGTTGCTTGGAGTGCAAATTCACCAAAAAGTGCCGTTATTCTTTTACtt > 1:5815453/1‑251 (MQ=255) 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| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 8 ≤ ATCG/ATCG < 13 ≤ ATCG/ATCG < 32 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |
| Reads not counted as support for junction |
| read_name Not counted due to insufficient overlap past the breakpoint. |
| read_name Not counted due to not crossing MOB target site duplication. |