Predicted mutation | ||||||
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evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
RA | NC_000913 | 3,870,631 | Δ1 bp | coding (610/1764 nt) | dgoA ← | 2‑oxo‑3‑deoxygalactonate 6‑phosphate aldolase |
Read alignment evidence... | |||||||||||
---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
* | NC_000913 | 3,870,630 | 0 | C | . | 99.4% | 797.8 / ‑2.7 | 178 | coding (611/1764 nt) | dgoA | 2‑oxo‑3‑deoxygalactonate 6‑phosphate aldolase |
Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/1); major base . (84/91); minor base G (0/1); total (84/94) | |||||||||||
Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 |
Only 100 of 186 total aligned reads displayed.
TCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGA > NC_000913/3870555‑3870701 | tCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATCTTGGTGATTTTCATTGCAc < 1:3495595/76‑1 (MQ=255) tCGGTTTCGATTTTCGCGAGCGTCCAGCGGGGCGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCActgc < 2:5664021/76‑4 (MQ=255) ggTTTCAATTTTCAGGAACATCCCTCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCct < 1:5374958/76‑1 (MQ=255) ggTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCct > 2:5016921/1‑76 (MQ=255) gTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCctc > 2:2485165/1‑76 (MQ=255) tttCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATAAGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCctct > 1:508290/1‑76 (MQ=255) ttCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCtctc > 2:433461/1‑76 (MQ=255) cAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGa < 1:4103940/76‑1 (MQ=255) ttttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATat < 1:1352496/76‑2 (MQ=255) ttttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATAc < 2:4833524/76‑1 (MQ=255) ttttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATAc < 1:3952270/76‑1 (MQ=255) tttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACg < 1:2960114/76‑1 (MQ=255) tttCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACg < 2:1211031/76‑1 (MQ=255) tCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGcc < 2:5322792/76‑1 (MQ=255) cAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCt < 1:1630929/76‑1 (MQ=255) aGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCtt < 1:3678469/76‑1 (MQ=255) aGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCtt > 1:3491738/1‑76 (MQ=255) ggAACATCCAGCGGGGAGGTGAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGTCTTa > 1:237823/1‑76 (MQ=255) ggAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTa > 1:4187948/1‑76 (MQ=255) ggAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTa > 1:4126423/1‑76 (MQ=255) aaCATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAAc < 1:2337407/76‑1 (MQ=255) aCATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACa < 2:4760736/76‑1 (MQ=255) aCATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACa > 1:3045690/1‑76 (MQ=255) cATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACaa > 2:2133602/1‑76 (MQ=255) cATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACaa > 1:1718144/1‑76 (MQ=255) tCCAGCGGGGAGGTACACGATACGTGTTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAt < 1:1147555/76‑1 (MQ=255) ccAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtg < 1:411773/76‑1 (MQ=255) ccAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtg < 1:2781763/76‑1 (MQ=255) cAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgc < 1:602142/76‑1 (MQ=255) cAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgc > 2:2422126/1‑76 (MQ=255) cAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgc > 2:890939/1‑76 (MQ=255) aGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgct > 1:213347/1‑76 (MQ=255) aGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgct > 1:4717535/1‑76 (MQ=255) cGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgc > 1:5671404/1‑76 (MQ=255) cGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgc > 1:1716097/1‑76 (MQ=255) ggggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgct > 1:1428300/1‑76 (MQ=255) ggggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgct < 1:2995185/76‑1 (MQ=255) gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgctg > 2:4554767/1‑76 (MQ=255) gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgctg > 2:1904710/1‑76 (MQ=255) gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAt > 1:5220977/1‑69 (MQ=255) gggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAt < 2:5220976/69‑1 (MQ=255) ggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgctgc < 2:3734252/76‑1 (MQ=255) ggAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAAtgctgctgc > 1:711032/1‑76 (MQ=255) gAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcc > 1:2261922/1‑76 (MQ=255) gAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcc < 2:1706538/76‑1 (MQ=255) gAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATATTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcc < 1:5048595/76‑1 (MQ=255) aGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcct > 1:191652/1‑76 (MQ=255) aGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcct < 1:5587761/76‑1 (MQ=255) aGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcct > 2:2659192/1‑76 (MQ=255) gTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgc < 1:4644889/76‑1 (MQ=255) tAAACGATGCGTGGTATTTTTTGTGATTTTCATGGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTACCAAATGctgctgcctgct < 1:1866495/76‑1 (MQ=255) tAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgct < 1:4905128/76‑1 (MQ=255) tAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgct > 1:2059763/1‑76 (MQ=255) tAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgct > 1:4333813/1‑76 (MQ=255) aaaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctg > 1:4296840/1‑76 (MQ=255) aaaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGccgctgaatgctg > 1:2707976/1‑76 (MQ=255) aaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctgc > 2:362591/1‑76 (MQ=255) aaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctgc < 2:2860162/76‑1 (MQ=255) aaCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctgc < 2:646049/76‑1 (MQ=255) aaCGATACGTGGAAATTTTGGGGATTTTCATTGAA‑CTGCCTCTCGATACGCATTAACAAATGcttctgcctcctgc > 2:3791088/1‑76 (MQ=255) aCGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTgcg < 2:4506228/76‑1 (MQ=255) cGATACGTGGTATTTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTgcgc < 2:1876449/76‑1 (MQ=255) cGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTgcgc > 2:5184762/1‑76 (MQ=255) gATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGcgcg < 1:4980461/76‑1 (MQ=255) aTACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCgg > 2:5040693/1‑76 (MQ=255) aTACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCgg > 1:1520208/1‑76 (MQ=255) aCGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTg > 2:1548007/1‑76 (MQ=255) cGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAANNCTGCTGCNTGCTGCGCGGTnc < 1:2684214/76‑1 (MQ=255) gTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcg > 2:40754/1‑76 (MQ=255) gTGGCATTTTTGGTGATTTGCATTGC‑CCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcg < 1:4396065/76‑1 (MQ=255) tGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcgc > 1:2928577/1‑76 (MQ=255) aggTAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTgcgc > 2:2045852/2‑76 (MQ=255) tAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctct < 1:1146075/76‑1 (MQ=255) tAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctct < 1:4787894/76‑1 (MQ=255) tAATTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctct < 2:2237898/76‑1 (MQ=255) tAATTTTGGGGGTTTTCGTTGC‑GCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGctct < 2:5170422/76‑1 (MQ=255) aTTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTAc > 2:4890234/1‑76 (MQ=255) aTTTTGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTAc < 1:1976529/76‑1 (MQ=255) ttttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACg < 2:2851744/76‑1 (MQ=255) tttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACgg < 2:1596736/76‑1 (MQ=255) ttGGTGATTTTCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGa > 2:3737933/1‑76 (MQ=255) 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tttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGCGCGCTCTACGGCTCGccccg > 2:5705646/1‑74 (MQ=255) ttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctg < 2:4680491/49‑1 (MQ=38) ttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGctgctgcctgctg > 1:4680492/1‑49 (MQ=38) ttCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgc > 2:2681026/1‑76 (MQ=255) tCATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcg < 1:1539199/76‑1 (MQ=255) cATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcgc < 1:2276168/76‑1 (MQ=255) cATTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGgcgc < 1:3563143/76‑1 (MQ=255) aTTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGcgcg > 1:3960296/1‑76 (MQ=255) aTTGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGcgcg < 2:2928577/76‑1 (MQ=255) ttGCA‑CTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGa < 1:2534710/76‑1 (MQ=255) | TCATCGGTTTCAATTTTCAGGAACATCCAGCGGGGAGGTAAACGATACGTGGTAATTTTGGTGATTTTCATTGCACCTGCCTCTCGATACGCCTTAACAAATGCTGCTGCCTGCTGCGCGGTGCGCTCTACGGATTGCCCGGCGCGA > NC_000913/3870555‑3870701 |
Alignment Legend |
---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 22 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |