| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,077,514 | Δ1 bp | intergenic (‑165/+149) | cmtB ← / ← tktA | PTS system mannitol‑specific enzyme IIA component/transketolase 1 isozyme |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,077,513 | 0 | C | . | 98.6% | 307.5 / ‑4.0 | 69 | intergenic (‑164/+150) | cmtB/tktA | PTS system mannitol‑specific enzyme IIA component/transketolase 1 isozyme |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base C (0/0); major base . (37/31); minor base G (0/1); total (37/32) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 4.64e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
CCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCT > NC_000913/3077438‑3077583 | ccGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAc < 2:5259040/76‑1 (MQ=255)ccGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAc > 1:3536156/1‑76 (MQ=255) cGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcg > 1:1055650/1‑75 (MQ=255) cGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcg > 2:2893578/1‑75 (MQ=255) cGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcg > 2:4213587/1‑75 (MQ=255) cGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcg > 1:2726503/1‑75 (MQ=255) ggTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATAcgc > 1:5396071/1‑74 (MQ=255) ttttGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCatat < 2:5278035/76‑1 (MQ=255) ttttGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCatat > 2:4654869/1‑76 (MQ=255) tttGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATc < 2:4538065/76‑1 (MQ=255) tttGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATc > 2:535134/1‑76 (MQ=255) tttGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATc > 1:3800552/1‑76 (MQ=255) ttGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCg > 1:2880707/1‑76 (MQ=255) tGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGt < 2:490756/76‑1 (MQ=255) aaaCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAATATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGAt < 2:805495/76‑1 (MQ=255) aaaCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGAt > 2:916579/1‑76 (MQ=255) aaaCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGAt < 1:1434317/76‑1 (MQ=255) aCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGc > 1:3039663/1‑76 (MQ=255) aCAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGc > 1:3672526/1‑76 (MQ=255) aGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCat > 2:4472821/1‑76 (MQ=255) aGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCat < 2:46811/76‑1 (MQ=255) aGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCat > 1:3090602/1‑76 (MQ=255) aGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCat < 1:1739677/76‑1 (MQ=255) gAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATAtt < 1:4594764/76‑1 (MQ=255) attattAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTAc > 1:3618415/1‑76 (MQ=255) attattAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTAc < 1:1605778/76‑1 (MQ=255) attattAATTTCTTATATAACATTGAG‑‑ATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACAt < 1:3389500/76‑1 (MQ=255) tattaATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACAt > 2:3143981/1‑76 (MQ=255) tattaATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACAt > 1:3945995/1‑76 (MQ=255) attaATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATa < 2:5705542/76‑1 (MQ=255) attaATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATa < 2:3672526/76‑1 (MQ=255) aaTTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAAtt < 1:1482967/76‑1 (MQ=255) aaTTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAAtt < 1:1446700/76‑1 (MQ=255) aaTTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAAT‑GCGCATATCGTGATGCATATTACATAAtt < 2:3689963/76‑1 (MQ=255) tCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGata > 2:1078346/1‑76 (MQ=255) ttATGTAACATTGAGTTATATATATAACAACAACTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtatt < 1:4373416/76‑1 (MQ=255) ttATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtatt < 1:2334336/76‑1 (MQ=255) ttATATAACATTGAGTTAGAGATATATCAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGTTGCATATTGCATAATTGatctg < 2:689329/76‑4 (MQ=255) atataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtattta > 2:93860/1‑76 (MQ=255) tataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtatttat > 1:148584/1‑76 (MQ=255) tataACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGAtatttat > 1:452101/1‑76 (MQ=255) taACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTg > 1:3393060/1‑76 (MQ=255) aaCATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGc > 2:3149115/1‑76 (MQ=255) aaCATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGc < 2:1643512/76‑1 (MQ=255) aaCATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGc < 1:5290367/76‑1 (MQ=255) aTTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCata < 2:377119/76‑1 (MQ=255) ttGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGAGGCATATTACATAATTGATATTTATTGCatat > 2:2647695/1‑76 (MQ=255) gAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaa > 2:4042366/1‑76 (MQ=255) aGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATaaa < 2:3393060/76‑1 (MQ=255) ttATAGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAata < 1:4387108/76‑1 (MQ=255) tataGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAatat > 2:953569/1‑76 (MQ=255) taGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAttt < 1:5298819/76‑1 (MQ=255) taGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAttt > 1:3694154/1‑76 (MQ=255) taGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAttt > 2:568599/1‑76 (MQ=255) taGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATAttt < 2:3114416/76‑1 (MQ=255) aGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTtg > 2:1589057/1‑76 (MQ=255) aGATATAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTtg < 2:5396070/76‑1 (MQ=255) atatAACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTtgtg > 2:5185782/1‑76 (MQ=255) ataACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGAt < 2:3846669/76‑1 (MQ=255) taACAACAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATc < 2:3090602/76‑1 (MQ=255) aacaacAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCt > 1:907286/1‑76 (MQ=255) aacaacAAATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCt < 2:3068182/76‑1 (MQ=255) aacaacAAATGTCAATA‑CGCATATAGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATATGTGATCt > 1:1270641/1‑76 (MQ=255) caacaaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTac > 2:4043888/1‑76 (MQ=255) aacaaATGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTaca > 1:2515528/1‑76 (MQ=255) aaaTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTacaaca > 2:257821/1‑76 (MQ=255) aaTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAacac > 1:4379824/1‑76 (MQ=255) aaTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAacac > 2:5712128/1‑76 (MQ=255) aaTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAacac < 1:365771/76‑1 (MQ=255) aTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACg < 2:2187641/76‑1 (MQ=255) aTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACg > 2:5114575/1‑76 (MQ=255) aTGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACg < 2:1772899/76‑1 (MQ=255) tGTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATGTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGc > 1:1152076/1‑76 (MQ=255) gTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGcc > 2:1473760/1‑76 (MQ=255) gTCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGcc > 1:1005834/1‑76 (MQ=255) tCAATA‑CGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCt > 1:492658/1‑76 (MQ=255) | CCGGTGTTTTGAAAACAGTGAATTATTAATTTCTTATATAACATTGAGTTATAGATATAACAACAAATGTCAATACCGCATATCGTGATGCATATTACATAATTGATATTTATTGCATATAAATATTTGTGATCTACAACACGCCT > NC_000913/3077438‑3077583 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |