| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,930,677 | +G | intergenic (+175/‑264) | kup → / → rbsD | low affinity potassium transport system/RbsD |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,930,676 | 1 | . | G | 97.6% | 326.6 / 1.5 | 126 | intergenic (+174/‑265) | kup/rbsD | low affinity potassium transport system/RbsD |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (2/1); new base G (67/55); total (69/57) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 9.94e-01 | |||||||||||
Only 100 of 143 total aligned reads displayed.
CCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑GCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGCGTG > NC_000913/3930601‑3930745 | ccGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑c < 1:4939002/76‑1 (MQ=255)ccGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑c > 1:1478189/1‑76 (MQ=255)ccGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑c > 1:4868133/1‑76 (MQ=255)ccGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑c > 2:5063200/1‑76 (MQ=255) cGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑g < 2:1513737/76‑1 (MQ=255) gCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑gg > 2:4123484/1‑75 (MQ=255) gCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑gg < 1:3357659/76‑2 (MQ=255) gCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑gg > 2:4034192/1‑75 (MQ=255) cTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑ggc > 1:1531757/1‑74 (MQ=255) tGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑ggta > 1:327568/1‑73 (MQ=255) tGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑ggca < 2:2248934/76‑4 (MQ=255) tGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑ggca > 1:272768/1‑73 (MQ=255) tGCGGTCTGGAAGGATTAAGTGGCCGGAAGATGGAAAACACCTTCATTATGTCGCATCAGTCGTTGATCCT‑C‑ggca > 2:4346496/1‑73 (MQ=255) gggcTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAAc < 2:5432795/73‑1 (MQ=255) ggTCTGGAAGGATTGAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAAc > 1:4408355/1‑76 (MQ=255) ggTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAAc < 2:2417311/76‑1 (MQ=255) ggTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAAc < 2:1687327/76‑1 (MQ=255) ggTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAAc > 2:1577106/1‑76 (MQ=255) ggTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAAc < 2:1244872/76‑1 (MQ=255) gTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACg < 1:3066250/76‑1 (MQ=255) cTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGcc > 2:3912750/1‑76 (MQ=255) cTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGcc < 2:4291739/76‑1 (MQ=255) tGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAAc < 2:1880066/72‑1 (MQ=255) aaGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTg < 2:3635371/76‑1 (MQ=255) aaGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTg > 2:3821675/1‑76 (MQ=255) ggATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGt < 2:5745593/76‑1 (MQ=255) gATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGtt > 2:5148648/1‑75 (MQ=255) gATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGtt > 2:5162590/1‑75 (MQ=255) gATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTa > 1:2915194/1‑76 (MQ=255) gATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTa < 1:1577106/76‑1 (MQ=255) aTTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGCGGTAt > 2:2634538/1‑76 (MQ=255) ttAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGCGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTAtt > 2:3104248/1‑76 (MQ=255) tAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCACACGCCCGTGGTAttt > 2:2062773/1‑76 (MQ=255) tAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTAttt > 1:1988076/1‑76 (MQ=255) tAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTAttt > 2:2043529/1‑76 (MQ=255) aGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGc < 2:766361/76‑1 (MQ=255) gTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCg < 1:3827646/76‑1 (MQ=255) tGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTc < 1:843024/76‑1 (MQ=255) gCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCt > 2:2987882/1‑76 (MQ=255) ccGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTg < 1:3182785/76‑1 (MQ=255) cGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTgc < 2:1304365/76‑1 (MQ=255) cGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTgc > 1:5034535/1‑76 (MQ=255) cGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTgc > 1:3307016/1‑76 (MQ=255) ggATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAAc < 1:1183308/54‑1 (MQ=255) ggATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAAc > 2:1183308/1‑54 (MQ=255) gatgagGAAAACCTCCTCATTTATGTCGAATTGGTCGTTGATCCTGG‑GCAAGTGCCCGTGGTATTTGCGTCTgcgc < 1:2211092/76‑1 (MQ=255) atgttgGAAAGCTCCTCCTTAACGCCGGCGGAGTCGTTGATCCG‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGcgcg > 2:4929668/1‑76 (MQ=255) atgatgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGCCTGcgcg > 2:5646478/1‑76 (MQ=255) tgatgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTTTTTGCGTCTGcgcgc > 2:5655812/1‑75 (MQ=255) tgatgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCgg < 1:5033991/76‑1 (MQ=255) tgatgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCgg > 1:5667926/1‑76 (MQ=255) gatgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGc > 1:2558898/1‑76 (MQ=255) gatgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGc > 1:5801326/1‑76 (MQ=255) atgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCa > 2:2477309/1‑76 (MQ=255) atgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCa < 1:4095714/76‑1 (MQ=255) tgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCaa > 1:3692838/1‑76 (MQ=255) tgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCaa > 1:4673195/1‑76 (MQ=255) tgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCaa < 1:3754923/76‑1 (MQ=255) tgGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCaa > 2:1876804/1‑76 (MQ=255) gAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGCCTGCGCGGCAAGc > 2:3347533/1‑76 (MQ=255) aaaCCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCt < 1:5470955/76‑1 (MQ=255) agcctcctTCTTTATTTCTCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAATCGCCCGTGGTTTTTGCGTCTGCGCGGTAAGCtt < 2:613118/74‑2 (MQ=255) aCCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGt < 2:3307016/76‑1 (MQ=255) aCCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGCATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGt > 2:1395047/1‑76 (MQ=255) ctcctTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTAc > 2:3050163/1‑76 (MQ=255) ctcctTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTAc > 1:3702380/1‑76 (MQ=255) tcctTCTTTCTGCCGCCTGAGGCGTTAATCAT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCACGCTGTACt < 1:3696419/76‑1 (MQ=255) tcctTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACt > 2:5381906/1‑76 (MQ=255) cttcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtg > 1:1945165/1‑76 (MQ=255) cttcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtg > 2:2768759/1‑76 (MQ=255) cttcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtg < 2:327568/76‑1 (MQ=255) ttcttTATGTCGCGTGAGTCGTTGAGCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgc < 2:2369731/76‑1 (MQ=255) ttcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgc > 1:853797/1‑76 (MQ=255) ttcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgc > 2:311238/1‑76 (MQ=255) ttcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgc < 1:5077912/76‑1 (MQ=255) tcttTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgct > 1:4037391/1‑76 (MQ=255) tttATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgc > 1:14189/1‑76 (MQ=255) tttATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgc < 2:487027/76‑1 (MQ=255) ttATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGTAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTtgctgct > 2:1097714/1‑76 (MQ=255) tGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCa < 1:5543749/76‑1 (MQ=255) gTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCACGCTGTACTTGCTGCTGCaa > 2:1978835/1‑76 (MQ=255) gTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCaa > 1:3374548/1‑76 (MQ=255) gTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCaa > 2:3176064/1‑76 (MQ=255) gTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCaa > 2:5112369/1‑76 (MQ=255) tCGCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAAc > 1:1878230/1‑76 (MQ=255) cgcgTGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACg < 2:378452/76‑1 (MQ=255) gCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGt > 1:60457/1‑76 (MQ=255) gCATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGt < 1:3912751/76‑1 (MQ=255) cATGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTa < 1:3865907/76‑1 (MQ=255) aTGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTCGCTGCTGCACCGGaa > 2:526419/1‑76 (MQ=255) tgcgTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAAt < 1:3104248/73‑1 (MQ=255) tGAGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAAt < 1:311238/76‑1 (MQ=255) tGAGTCGTTGATCCT‑CAGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAAt < 1:1625622/76‑1 (MQ=255) aGTCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATgc < 1:4558631/76‑1 (MQ=255) gTCGTTGATCCT‑CGGCAAAAGCCCGTGGGATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAAtcac > 2:4977874/1‑73 (MQ=255) tCGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTCCAACGTACTgcgc > 2:74105/1‑76 (MQ=255) cGTTGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCt < 2:2531806/76‑1 (MQ=255) ttGATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGc > 1:5836815/1‑76 (MQ=255) gATCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGCGt < 2:1338365/76‑1 (MQ=255) aTCCT‑CGGCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGCGTg < 1:5672457/76‑1 (MQ=255) | CCGCTGCGGTCTGGAAGGATTAAGTTGCCGGATGATGGAAACCTCCTTCTTTATGTCGCATGAGTCGTTGATCCT‑C‑GCAAACGCCCGTGGTATTTGCGTCTGCGCGGCAAGCTGTACTTGCTGCTGCAACGTAATGCGCTGCGTG > NC_000913/3930601‑3930745 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 21 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |