| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,951,166 | +C | coding (35/1818 nt) | ilvD → | dihydroxyacid dehydratase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,951,166 | 1 | . | C | 86.8% | 211.2 / 32.3 | 92 | coding (35/1818 nt) | ilvD | dihydroxyacid dehydratase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (11/1); new base C (25/54); total (37/55) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.09e-04 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
AATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑G‑‑‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC > NC_000913/3951093‑3951231 | aataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGT‑g‑‑g‑‑‑gg > 1:246450/1‑75 (MQ=255) ataacGTAGGCCTAAGTCCCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑g‑‑gcgc < 2:2837871/76‑4 (MQ=255) ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑g‑‑g‑‑‑ggc > 1:3338266/1‑74 (MQ=255) ataaaGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCCCGTGCGCCGT‑g‑‑gcgc > 2:4547052/1‑73 (MQ=255) ataaaGGAGGCCTAGGGGGCGGTCCGCCACCACCACTCGTGGTGGGAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑g‑‑gcgc < 2:4243/76‑4 (MQ=255) aTGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCCTGCCGCGT‑G‑‑G‑‑‑Gc‑c‑‑ccccccc > 2:907197/1‑73 (MQ=255) gCCTAAGTACCGTGCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGa < 2:2577079/76‑1 (MQ=255) ccTAAGTACCGTCCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGaa < 2:2275969/76‑1 (MQ=255) ccTAAGTACCGTCCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGaa < 1:3348697/76‑1 (MQ=255) aaGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGa < 2:1370389/76‑1 (MQ=255) aGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAc < 1:4064661/76‑1 (MQ=255) gtcccGTCCCCCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAcc < 2:1777903/73‑1 (MQ=255) gccccGTTCCCCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGAcc < 2:5831407/73‑1 (MQ=255) tcccGTCCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCg < 2:1203785/74‑1 (MQ=255) tACCGTCCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGG‑‑CACCGGAATGACCg < 2:4192007/76‑1 (MQ=255) ccggTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:5526582/73‑1 (MQ=255) cccGTTCCGCCCCCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 2:5299247/75‑1 (MQ=255) cccGTCCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGa < 1:1166889/75‑1 (MQ=255) ccGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CACCGGGATGAACGAc > 1:3536070/1‑76 (MQ=255) cGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCCGAATGACCgccc > 1:1835039/1‑73 (MQ=255) gtcccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGc < 2:411285/73‑1 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCCGGATGACCGACGc > 1:2925591/1‑76 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGc > 1:2340145/1‑76 (MQ=255) gTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCCGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGCCTGACCGACGc > 2:2874703/1‑76 (MQ=255) tcccGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGcc < 1:4478849/74‑1 (MQ=255) tCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCg < 2:4084214/76‑1 (MQ=255) ccGCCCCCACCTCTCATGGTCGTAATAGGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGa < 1:3466486/76‑1 (MQ=255) gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAtt < 2:1698447/76‑1 (MQ=255) gCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCCGGATGACCGCCGCCGCtt > 2:4364198/1‑76 (MQ=255) ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAttt < 1:1274035/76‑1 (MQ=255) ccaccaccaCTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGAttt < 1:4310875/76‑1 (MQ=255) ccccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTc < 1:5510897/74‑1 (MQ=255) caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGGGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCGGGAAGAACGACGCCGAnttt > 1:4348252/1‑75 (MQ=255) caccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCCCCCCCCATTTc > 1:2065393/1‑76 (MQ=255) accaccacTCATGGTCGTAATGTGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGCTTTCg > 1:4091545/1‑76 (MQ=255) accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGTGGGCTGT‑GGCG‑‑‑GG‑C‑‑CCCCCGAATGACCGACGGCGATTTCg > 1:1982334/1‑76 (MQ=255) accaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGATTTCg > 1:3672105/1‑76 (MQ=255) ccaccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCgg < 1:2422018/76‑1 (MQ=255) caccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGt < 2:3119328/76‑1 (MQ=255) cccacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTa < 2:5572862/75‑1 (MQ=255) accacTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑G‑‑‑GG‑CGGCCCCGGAATGACCCACCCCCGTTTCGGTa > 1:2649028/1‑76 (MQ=255) cgcTCATTGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 1:5101290/74‑1 (MQ=255) cacTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAg < 1:2429851/76‑1 (MQ=255) acTCATGGTCGTAATATGGCGTGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 2:2909650/76‑1 (MQ=255) acTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGc < 2:1025977/76‑1 (MQ=255) acTCATGGTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GGGCGC‑C‑‑CCCCGGAA‑GACCCACGCCGCTTTTGGGAAgg > 1:3615311/1‑75 (MQ=255) tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGGTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGACTTCGGTAAGCCg > 2:4010536/1‑76 (MQ=255) tCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGGGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCg < 2:3671179/76‑1 (MQ=255) cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 1:677167/76‑1 (MQ=255) cATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGa < 1:455680/76‑1 (MQ=255) aTGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 1:2586050/76‑1 (MQ=255) aTGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAt < 1:5082729/76‑1 (MQ=255) tGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGAtt < 2:782532/76‑1 (MQ=255) gTCGTAATATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGTGG‑‑G‑‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACGCCGGTTTTGGTGAGGCGGTTAt > 1:5229260/1‑76 (MQ=255) tCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:4364199/76‑1 (MQ=255) tCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATc < 1:5222443/76‑1 (MQ=255) tCGTAATATGGCGGGGGGTCGTGCGCTGG‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGGATGACCGACCCCCGTTTTGGTAAAGCGATTAtt > 1:3930809/1‑75 (MQ=255) gTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTTTGTAAGCCGATTATcgc > 1:949511/1‑76 (MQ=255) gTAATAGGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgc < 2:5244440/76‑1 (MQ=255) ctAATATGGCGGTTGCTCGTGGGCTGT‑GT‑C‑‑‑GC‑GT‑CACCGGAATGCCCGACGCCGATTTCGGTAAGGCGATTATcgc < 2:2219313/75‑1 (MQ=255) tAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATcgcg < 1:1055146/76‑1 (MQ=255) aaTATGGCGGGGGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCgg < 2:4973827/76‑1 (MQ=255) atatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGt > 1:4960406/1‑76 (MQ=255) atatGGCGGGTGCTCGTGAGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACAGGAATGACCGACGCCGATTTCGCGAAGCCGATTATAGCGGt > 1:30131/1‑76 (MQ=255) tatGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑TCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGtt < 1:380530/76‑1 (MQ=255) atGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtg < 2:3264656/76‑1 (MQ=255) tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 2:1928397/76‑1 (MQ=255) tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgt < 2:5229259/76‑1 (MQ=255) tGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGGtgg > 1:629795/1‑75 (MQ=255) ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg > 2:2644272/1‑76 (MQ=255) ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTtgtg > 2:1320452/1‑76 (MQ=255) ggCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTAACGCGGTtgtg < 1:3701123/76‑1 (MQ=255) gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa > 1:2378324/1‑76 (MQ=255) gCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGa < 1:1162960/76‑1 (MQ=255) ggggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa < 2:2600434/75‑1 (MQ=255) cGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGaa > 2:5206173/1‑76 (MQ=255) gggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 2:3537152/76‑1 (MQ=255) gggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc < 1:1005863/76‑1 (MQ=255) gggTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAAc > 1:3198377/1‑76 (MQ=255) 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cTCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGtt < 1:796741/76‑1 (MQ=255) tCGTTCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCTC‑‑CTCCGGAATTGCCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCTTTc < 1:2975304/76‑1 (MQ=255) tCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGGACTCGTTc > 2:361189/1‑76 (MQ=255) tCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc < 1:2560324/76‑1 (MQ=255) tCGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTc > 2:1820191/1‑76 (MQ=255) cGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCa < 1:40876/76‑1 (MQ=255) cGTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGGAACCCGATTATCGCGGTTGTGAACCCCTTCa > 2:4446849/1‑76 (MQ=255) gTGCGCTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CCCCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAACCGATTATCGCGGGTGGGAAAGCGTTCAc > 2:4395995/1‑76 (MQ=255) gcgcTGT‑G‑‑GC‑‑GCGC‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCAccc > 2:2685544/1‑76 (MQ=255) | AATAAAGTATGCCTAAGTACCGTTCCGCCACCACCACTCATGGTCGTAATATGGCGGGTGCTCGTGCGCTGT‑G‑‑G‑‑‑GC‑C‑‑CACCGGAATGACCGACGCCGATTTCGGTAAGCCGATTATCGCGGTTGTGAACTCGTTCACCC > NC_000913/3951093‑3951231 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 5 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 39 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |