| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 3,979,535 | +G | coding (1036/1386 nt) | yifK → | putative amino acid/amine transport protein |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 3,979,534 | 1 | . | G | 98.0% | 407.5 / 2.1 | 153 | coding (1035/1386 nt) | yifK | putative amino acid/amine transport protein |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (3/0); new base G (85/65); total (88/65) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 2.62e-01 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 8.71e-01 | |||||||||||
Only 100 of 161 total aligned reads displayed.
GGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑GCTCATGCCTGGAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCT > NC_000913/3979459‑3979605 | gcggcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑g > 1:1430191/1‑76 (MQ=255) gcggcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑g < 2:4776319/76‑1 (MQ=255) gcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑ggct < 2:4296342/76‑4 (MQ=255) gcAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑ggct < 2:4893822/76‑4 (MQ=255) aTGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCAt < 1:3167989/76‑1 (MQ=255) gCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGcc < 1:2267375/76‑1 (MQ=255) cGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCt > 1:3364511/1‑76 (MQ=255) cGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCt < 1:2927319/76‑1 (MQ=255) aaaGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCTga < 1:4740241/76‑2 (MQ=255) ttCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAc < 2:2126134/76‑1 (MQ=255) tCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTCATTGGCTCATGCCT‑GAACTAca < 1:3054351/76‑1 (MQ=255) tCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAca < 1:3873509/76‑1 (MQ=255) ccGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatc > 1:2483780/1‑76 (MQ=255) ccGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAAATAcatc > 1:4865528/1‑76 (MQ=255) cGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatca > 2:797783/1‑76 (MQ=255) cGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatca > 1:3646940/1‑76 (MQ=255) cGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatca < 1:4964857/76‑1 (MQ=255) cGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatca > 2:2653612/1‑76 (MQ=255) ggcACGGCGTGCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGGTAATTGGCTCATGCCT‑GAGCTAcatcat < 2:5601398/74‑1 (MQ=255) gTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAcctcat > 1:534568/1‑76 (MQ=255) gTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAcatcat > 1:3026202/1‑76 (MQ=255) tCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCAtt < 2:3985232/76‑1 (MQ=255) aCGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTcc < 1:1383282/76‑1 (MQ=255) aCGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTcc < 1:1320514/76‑1 (MQ=255) aCGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCC‑CGAACTACATCATTcc > 2:4985602/1‑76 (MQ=255) cGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTccc < 2:5500096/76‑1 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCTGG‑ACTACATCCTTCCCa > 2:2334126/1‑76 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCCTTcccc > 1:20562/1‑75 (MQ=255) ggCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCa > 1:2982860/1‑76 (MQ=255) cGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTCCATCATTCCCAAt > 1:4001610/1‑76 (MQ=255) cGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAAt > 1:5847866/1‑76 (MQ=255) gTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCCTGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATc > 2:3069779/1‑76 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATTCCT‑GAACTACATTCTTTCCaaccc > 2:5693946/1‑73 (MQ=255) tACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATcc < 2:603608/76‑1 (MQ=255) aCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACCTCATTCCCAATCCg > 2:5258784/1‑76 (MQ=255) aCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCg > 1:729792/1‑76 (MQ=255) aCCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAAACCg > 2:2873776/1‑76 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGcc > 2:1631497/1‑75 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCa < 1:1045581/76‑1 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCa > 1:1290441/1‑76 (MQ=255) cGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCACTCCCAATCCGCa > 1:1117338/1‑76 (MQ=255) ggTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAg < 1:4626834/76‑1 (MQ=255) ggTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAg > 1:1381285/1‑76 (MQ=255) ggTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAg < 1:2605128/76‑1 (MQ=255) ggTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTAATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAg > 1:4714979/1‑76 (MQ=255) gTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGc < 1:5629840/76‑1 (MQ=255) ttGCGGGTGTGGCAGGATCGATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCg > 2:2356787/1‑76 (MQ=255) tGCGGGTGTGGCGGGATCTAGTGATATTCTGCTAACTGGCGCATGCCT‑GAACCAGAAGATTCCCAAACCGCACCgt > 2:707763/1‑76 (MQ=255) tGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgt > 1:4503558/1‑76 (MQ=255) gCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtg > 2:2527435/1‑76 (MQ=255) gCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtg < 1:2835137/76‑1 (MQ=255) gCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtg < 2:5361182/76‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACCTCATTCCCAATCCGCAGCgtgt > 2:2781866/1‑76 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgt > 1:2182922/1‑76 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgt < 2:3688562/76‑1 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgt > 2:3365114/1‑76 (MQ=255) cGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgt > 1:1659445/1‑76 (MQ=255) gggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgtg < 2:1093474/76‑1 (MQ=255) ggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgtgt < 1:1936001/76‑1 (MQ=255) ggTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCgtgtgt < 1:5242424/76‑1 (MQ=255) gtgtGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGtt > 1:4466172/1‑76 (MQ=255) tgtgGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGttt < 1:1331239/76‑1 (MQ=255) gtgGCATTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTg < 2:5500624/76‑1 (MQ=255) ggCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtc < 1:2165799/76‑1 (MQ=255) cAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtcta < 1:629816/76‑1 (MQ=255) aGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac > 2:2762915/1‑76 (MQ=255) aGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac > 2:4695606/1‑76 (MQ=255) aGTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctac > 1:736339/1‑76 (MQ=255) gTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacg < 2:1430191/76‑1 (MQ=255) gTATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacg > 2:3943017/1‑76 (MQ=255) tATCTATTGCTATTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTgtctacgt > 2:1933323/1‑76 (MQ=255) 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aTTCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCa < 2:847240/76‑1 (MQ=255) ttCTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAg < 2:2271094/76‑1 (MQ=255) cTGCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTAGATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCg < 2:5212831/76‑1 (MQ=255) gCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTg < 1:5035056/76‑1 (MQ=255) gCTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTg > 2:1872301/1‑76 (MQ=255) cTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGc < 2:4001119/76‑1 (MQ=255) cTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGc < 1:2733654/76‑1 (MQ=255) cTAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGc < 1:2695057/76‑1 (MQ=255) tAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGttt > 1:3628060/1‑50 (MQ=255) tAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGttt < 2:3628060/50‑1 (MQ=255) tAATTGGCTCATGCCT‑GAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCt > 1:2712386/1‑76 (MQ=255) | GGCGGCAATGGCGAAAGTTTCCCGTCACGGCGTACCGGTTGCGGGTGTGGCAGTATCTATTGCTATTCTGCTAATT‑GCTCATGCCTGGAACTACATCATTCCCAATCCGCAGCGTGTGTTTGTCTACGTCTACAGTGCCAGCGTGCT > NC_000913/3979459‑3979605 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 9 ≤ ATCG/ATCG < 20 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |