| Predicted mutation | ||||||
|---|---|---|---|---|---|---|
| evidence | seq id | position | mutation | annotation | gene | description |
| RA | NC_000913 | 4,013,772 | +C | intergenic (‑53/‑246) | ysgA ← / → udp | hypothetical protein/uridine phosphorylase |
| Read alignment evidence... | |||||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
| seq id | position | ref | new | freq | score (cons/poly) | reads | annotation | genes | product | ||
| * | NC_000913 | 4,013,770 | 1 | . | C | 98.5% | 354.8 / ‑1.6 | 131 | intergenic (‑51/‑248) | ysgA/udp | hypothetical protein/uridine phosphorylase |
| Reads supporting (aligned to +/- strand): ref base . (1/1); new base C (58/71); total (59/72) | |||||||||||
| Fisher's exact test for biased strand distribution p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
| Kolmogorov-Smirnov test that lower quality scores support variant p-value = 1.00e+00 | |||||||||||
Only 100 of 147 total aligned reads displayed.
AACGATGGTCGAAGCGAGAGGC‑ATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑CC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTC > NC_000913/4013696‑4013839 | aaCGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑a < 1:979279/76‑1 (MQ=255) ccGAGGGTGGAAGCGAGAGGCGGTGCAGCAGGTGCCCAGCCAGATTGTTGTTTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑c < 1:831402/75‑1 (MQ=255) aCGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCCTGGTATTCTCCGT‑A‑c > 2:121054/1‑76 (MQ=255) cGATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑cc < 1:2260185/76‑1 (MQ=255) gATGGTCGAAGCGGGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑ccc < 1:5698577/76‑2 (MQ=255) gATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑ccc < 1:250939/76‑2 (MQ=255) gATGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑ccc < 2:4209006/76‑2 (MQ=255) aTGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑ccct < 1:260926/76‑3 (MQ=255) tGGTCGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATGGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTGTCCGT‑A‑ccctt < 2:791744/76‑4 (MQ=255) cGAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaa > 1:1297728/1‑76 (MQ=255) gAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaa < 1:1934974/76‑1 (MQ=255) gAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaa < 2:1481556/76‑1 (MQ=255) gAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaa > 1:5282044/1‑76 (MQ=255) gAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaa > 2:3203476/1‑76 (MQ=255) gAAGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaa > 1:2791574/1‑76 (MQ=255) aaGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCCGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaaa < 1:1224137/76‑1 (MQ=255) aaGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaaa < 2:299599/76‑1 (MQ=255) aaGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaaa > 2:747607/1‑76 (MQ=255) aGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaaaa < 2:4719208/76‑1 (MQ=255) aGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaaaa > 2:1008813/1‑76 (MQ=255) aGCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATaaaaa < 1:802022/76‑1 (MQ=255) gCGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAAt < 2:3491319/76‑1 (MQ=255) gCGAGAGGCGATGCAGCAGGGGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAAt > 1:1249086/1‑76 (MQ=255) cGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATg > 2:1597425/1‑76 (MQ=255) cGAGAGGCGATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATg > 1:346773/1‑76 (MQ=255) gagaGGCGATGCAGCATGTTCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCTATGGTATTCTCCCT‑ACCC‑TTATATAAATGt < 1:1035332/76‑1 (MQ=255) 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(MQ=255) gcagcaGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGt < 1:3682187/76‑1 (MQ=255) cagcagGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGtt > 1:2714832/1‑76 (MQ=255) cagGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAAc < 1:4883695/76‑1 (MQ=255) agGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACt > 2:3607656/1‑76 (MQ=255) agGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACt < 2:1423052/76‑1 (MQ=255) ggTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACta < 2:1263414/76‑1 (MQ=255) tGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACgata > 2:5809123/1‑76 (MQ=255) gCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAg < 1:938048/76‑1 (MQ=255) gCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAg < 1:3879329/76‑1 (MQ=255) 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tCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGc < 1:3497624/76‑1 (MQ=255) ccAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCa < 1:2530566/76‑1 (MQ=255) tggATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCAt < 2:5430725/74‑1 (MQ=255) cAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCAt > 2:5106437/1‑76 (MQ=255) cAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCAt > 1:403169/1‑76 (MQ=255) aGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATg > 2:3394206/1‑76 (MQ=255) gATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGc < 1:4546677/76‑1 (MQ=255) tgttgtgttgTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGcaac > 2:2940365/1‑76 (MQ=255) tgttgtgttgTTGCCATGGTATTCTCCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGcaac < 2:1717886/76‑1 (MQ=255) 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tcCGT‑ACCC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTc > 2:240431/1‑76 (MQ=255) | AACGATGGTCGAAGCGAGAGGC‑ATGCAGCAGGTGCAAATCCAGATTGTTGTGTTGTTGCCATGGTATTCTCCGT‑A‑CC‑TTATAAAAATGTTGCGCAATGTTAACTATAGTCAGCATGCAACAAATCACATTGCCTGAATCGGCTC > NC_000913/4013696‑4013839 |
| Alignment Legend |
|---|
Aligned base mismatch/match (shaded by quality score): ATCG/ATCG < 3 ≤ ATCG/ATCG < 10 ≤ ATCG/ATCG < 24 ≤ ATCG/ATCG < 40 ≤ ATCG/ATCG |
Unaligned base: atcg Masked matching base: atcg Alignment gap: ‑ Deleted base: ‑ |